Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0003700
Sequence Length
2163 nt
GC Content
0.4438
GGUCUUCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCAUAGCUCACUGCAGACUUGACCUCCUGGUUGGGGAGUGGUGGUGUGCACCAGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAGGACCCCCCCAGCCCGGGAGGCGCUCCAGAACACCCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGAAUCUUUCUCAAAAAAUAAAUAAGUAAAUAAAGUUGCUUGGGACAUGUUAUAUAGAUGCUAUUUAAAGCUAUCUGGAUAGGUAAUAUCCUCCAGUUUAUAAUCAUCUGUACCCCAUUGCGUGAUGGGGUGAUCAUUUUGUGAUCCACCCCACCCCAACUCAUGCAUGCUAACAGUUAUGUAUGCCUUUUCUCCAAUUUAUCUGCCUGCGUUUUGUCAGACGAUUUUCAGCGAACCUUCACUGGGCAAAGGGGAAGUCUUCUUUUGGCCCCUGUAUUACUAACAAGCAUUGACUUCUAAAUGGGUAAUUUGGUCAGGUGUGGUGGCUCACGCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAAGUCAGGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAAACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUGUCUCUACCAAAAAUUAAAAAAAUUAGGCGAGCAUGGUGGCACCCACUUAUAGUCUUACCUACUGGGGACUGGGUAAUAUCCUCAAGGGAAUGAGUGUAGAUAGAAUAGGGAACCAAGAACUAAGAUCUAGGAUAUGUUAGCGUUAAGAUAAUGGAGAAAAGGAAUCAUCAGAGGAUACUGAGAAGGAACAAUCUGUGUGGUAGGACACAAACCUGGAGAAUAUAUCUUGGGAACUGAAGGGAAGAAAGUAAAACAUGGAGGAGGGGAUGAACAGCCAUGUCAGAUUUUGCCAAUAAGUUAGGUAGGAUAAAGACUAGAAUUGAAAAUUGUGUUUAGUAAUGUAAAGGCCUUUGUUACAUGGUCUUCAGUAAUAAAUAGCCAGGUUAGCACUAUUUAUAUAUGUUUUUAAUGGGAAUUUUUGAUGUUUACAGUGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-674.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -716.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 449.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....((((((((((((((((((.((....(((.(((......((.....))........(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).)))))).))))))))))).)))....)).))))))))))))))))))((((((...))))))..........((((((......))))))(((........((((((((..(((..(((((....(((((.....)))))...)))))..))))))))))))))...(((((((((((((((((((...))))).))))))).......))))))).((..(((....)))..))((((((((.(((..((((((....((((((((.(.((.....(((.((.(((..(((((((..(((((..(........)..)))))...........((.(((((((........((((.((((((((...((((.(.((((((.((((((((((((((((.((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((.(((((((((((((.(((.((...((((.....)))).)).(((((((..((((((((.(((((.((...(((..((((((..........)))))))))....)).)))))..........((((((((......((((((.....(((((((((.....((((((..........((.((((......)))))).((((.((((((((((......))))...((.((((.....)))).)).(((...........)))..(((((((.((((((((((.......((((((((..((.((...........(((........)))..((((((((((((((.((((..((....(((.((((((((.((.....))))))))))..)))....))..))))...))))).))))))))))).))..))))))))......)))))))))).)))))))))))))))))...)))))).....))).)))))).))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....))))))).....))))))))))..))))))))))))).)).)))))))))))))((((....(((.((....)))))))))(((.....))))))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).)))))).))))))))(((..(((......))).)))(((........)))........)))).).))))....)))))))).))))...((((((.((..((((((.......((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......))))))))..........))).))).)).))))))))))))).))..(((((....((((....))))))))))))))))..))).)).))).))).)))))).))....................((((..(.(((((((...................)))))))))))).((((...))))..............(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))..))))))...))))))))))).......(((......)))..)))((........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,,..((((((((((((((((((.((....(((.(((.,,,..({,,...},.,...,},(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).))))))})}))))))))).)))....)).))))))))))))))))))((((({...}))))).........,((((((......))))))|{{.,,,{,..((((((((..{{{..(((((....(((((.....)))))...)))))..}},)))))))).}||,.{{|{|{{((((((((((((...)))))},)))))).,,,,..}||||||{((..,,|...,)))}})}((((((({,(((..((((((.,,(((({.,,,}}}}}....,(((.({..,,}}.}}|({(,{(((((....,}})))}},|))||{(({{,......,{,{{{{{.{,{,.....((((.((((((((...((((.(.(((({{.(((((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((...{,..(((((((((((((((.(((((((((((((.(({.{{...,,{{.....,,}}.)).(((((((..((((((((.(((((.((,..(((..((((((.,,.....,,))))))})),.,.)).)))))..........((((((((......((((((,,,,,((((({(((,....||||{{.,,.......{{.((((......)))},,.{,,....|}{((((,.....})))}..,((,({{{.....)))),)}..{{....{{,,{{.,.,..(((((((.{(((((((({..,....{{((((((..((.((......,,.,.|||.......,)}}..{(((((((({((((.{(((,.(({.,.(((.((((((((.((,...,))))))))))..)))...}),,,)}))},.))))).))))))))))).))..))))))))......}))))))))}.))))))),,|,))))))..||},}}),},,.))).)))))}.))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((,..((((((((((((....{,((,,,,...,,,,.....{((((....}))},,)))}}},{{{{{,((({(({,....,,,}.(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).{{{.{{,{,,......|||||||...,,.......((((....)))).,}))))))))))}.)))..)))))))))..,((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).......,.}))))))))))).....))))))).....)))))))}))..))))))))))))).))}))))))))))))).,((({..,{{{({....,,}).,,.)))}...}}.,.)))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).))))))})}))))}}(((..(((......))).))){((........)))........)))).).))))..,.)))))))).)))).,,})}}||}||.|||((({.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).......,.....{{{{{|,.||.,||||,,,||{|{{{(,,(({,,(((({....})))),}}|{{{{|{,...(((.{,..|||.{{|,,.....................,}..||{,,....,},(((,,......}||,,,.........,)),))}..,||||,,,))))......,,,,,...,,|..((((((..(((....))).))))))})),,||||||}}{{}}}}))..)))))),..)))))).,.))))))))))).......|((,..,,,}}}}.,)){(........))
Back