Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0004500

Sequence Length

379 nt

GC Content

0.4037

UGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-83.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -90.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 71.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(((((.(.((((((.(((((((......(((.(((...(..((((((((.(((..(((((((((..((((.........))))..))))).)).))..))))))))))).)))).))).......)))))))........(((((....)))))(.((((.....)))).)........))))))).))))).)))))(...((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).(((.((((........))))))).............)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.(((((.{.((((((,((({{((.{{{..,,|}|{{...,..((((((({{(((..,,(((((((..((((,......,.))))..))))).)).}}..))))))))))).,|},.},...,.,..}}}}}}}........{((((....})))}|}|||{,....)))),}.,....,.))))))}.))))).)))))(...((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).(((.(({(,,...,,.,)),))).............)