Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0004900
Sequence Length
2237 nt
GC Content
0.4287
GUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-602.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -641.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 710.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(....(((.((....)))))....)(((.(((((((((....(((((((((((((((((..(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....)))))))..)))).(((((((.....((((..(((((......((((((((.((((((((.....((.......))....))))..))))))))...))))...)))))..))))....(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....((((((((((.....))))))..))))(((....))).......((((((..((((((((((((((.....((((((...(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((..........(((((........))))).........))))).)))(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..)))))).....))....)))))....))))))))))))))).......))))).)))))).((.(.((.(((.....((((..((((((((..((((((.((((((((...((((((..(((.((...((((.((((.....(((((((.((((..(((((((((......((((((..((((((.....((.((((((((((((((((.......))))))))..((((...((.....))...)))).((.(((((........))))).))......)))).)))).))..))))))...))))))..........))))))))).)))).)))))))....))))..))))....)))))...))))))....))).))))).))))))...))))))))))))...))).)).).))...)))))))..))).)))))).))))......).)))))))).((((((...(((((.(((.((((.....(((......))).....)))))))))))))))))).(((((.((((((((.(((....((.(((.....))).))....))))))...((..(((....)))..))...(((((.......)))))......))))).))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({,.{{,|{(....|||||.....,((((((({{(((..,,(((((((,.((((,......,.))))..))))).)).}|..))))))))))},(((((({{{{(.,..{,.............{{(((..,,||}}|{||{{{|{...,.,|,{.{,|}},.,)))).(((......))).......{{{.....{{{......,.,...}}),..}},....(((((((.,,....,,...)))))))....,,,.{{(((,((((.(((.....))).)))).))))},)}}}))))))))))}|(((((((((((.{({.{{,(,,...,,.,}}|}))...{{.{,{....,(({.,((((((.(((((((({.((.(((((((((((({....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....{(((((,,(((((((...))))},,,,,)}..}))))}...,((((..(((((.,,...((((((((.((((((((..,{{{({....,})),,,.))))..)))}))))...))))...)))))..)}))..,,||,})))}}})))).)).}))}}})))).)))))))}}}..,.}}}.}}(((((.{((({{..,,|...,(..,,||{.{{|....||||||{..((({,{{(,,,,{{(|{{.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),))))))}.|}}}}}}}},,,|||||,||{},...{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{{{({..,.|{,((({,......,||,,,.......,}})))})},..((((...))))......|||,,,..{((..((((((..(((....))).)))))).||){{({{{(,,((..,,))..}}}}}}}..,||,.|(((((((.........)))))))|{.||,|.......,)))},),))}}))))},..})))}))|||.,,.,{|{|||,|||,,,..}})))}|.}},,{{{....}},.......))))))))))))...)))))},)))))),,,.,,,.,|}}...)}}}}|{{,{.,,}},))}}}}}}},.))))))))))))))))}...,,,..{{{{|.,....,,|}}||,{{{(({.((((((.........))))))})))))}||{|{{||,||,,{{((((((({{{{(((({{{,,,(({((((,.{(,(((({({,(({((,(((((............}||||,||{|,..((((.....)))).,,{((,,{((({,{.{{{{((({,,(((..{((,,..}||.|||,..{{.{.(((((((.,,({{{...,))))...})))))).}.,.,{{{..{,,,,..,..||,}..,,.||||.||{,|||.,,(((((,({..,,....||,,,.}}|||,,|||.|||,.}|}}}}.,..}}},.,)))},.{|||||{,|||||{{,,||}||.,,}||||.,,))}}..}|......{{{{{...{,(({..(({...(((((((((..((......))..)))))))))..,))}.))),|...}}}}}((({{{{.{{{{.|(((((((({......((((((..((((((.....((.(((((({(((((((((.......))))))))},||{{...||},,|.,,...}|||.{(.(((((........))))).)},.....)))).)))).))..))))))...)))))).........,)))))))))})))).))))))),,.,}}))),))))).,|)))}|,|}})))}})},|||.},.{{{,.{{{.{,||||}}}}}..,}}}..........,)},))))))}....}},.|((((.(((((((({...})))).))))))))|,.........}}}}||||}}}}}||{..,...,,}....,}}}}}}}}))}}}}}}}}}|||}|}||||}}}}|}{|..,,,..,||}..}},},.,...,,))),)}.})},..{||,,..)))}}))}}.(((((.......))))}....,}))))).,})}))))
Back