Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0005200

Sequence Length

1439 nt

GC Content

0.4496

GUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-405.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -430.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 388.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((...((((((.((...(((.((((((((.(((..(((((((((..((((.........))))..))))).)).))..)))))))))))((((((((((((...................(((((....)))))((((((((............))))..)))).(((......))).......(((.....(((............)))...)))....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))))))))))(((((((((((..................((((((..(((((.....((((....)))).)))))))))))((..(((((((.((((....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...(((..((.(((..((((((......(((((((((.(((.........))).)))))))))....((((...(((((((.((((....)))).)).)))))....))))((((((((......((((..((((..........(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....((((((((((.....))))))..)))).))))..))))........))))))))......(((((.....))))).......))))))..)))))..)))...)))).)))))))..))))))))))))).........(((((........)))))..((((.((((..(((........)))..))))..))))(((((..((((((........))))))..))))).)))..)).))))))((..((.((.(((((............))))).)).))..)))))))))((..(....)..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((..{({(({(|((,,.{{{.((((((({{(((..{{(((((((..((((,......,.))))..))))).)).}}..))))))))))}{(((((((((((...,{,.............{((((....|))}}{||{{{|{...,..,,{.|,}}},.,)))).(((......))).......{({.....{{{........,...}}),..}},....(((((((.,,....,,...)))))))....,,,.,{(((,((((.(((.....))).)))).)))))}),,,)))))))))))|(((((((((((.(({.{{,(,,...,,.,}}|}))...{{.{{{....,(((,,((((((.(((((((({.((.(((((((((((({....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....{(((((,,(((((((...))))},,,.,}}..}))))}...,((((..(((((.,,...((((((((.((((((((..,{{{({....}})),,,.))))..)))}))))...))))...)))))..)}))..,,}},})))}}})))).)).}))}}})))).)))))))))}..,.}}}.}}(((((.{((({{..,,|...,(..,,||{.{||....||||||{..((({,{{(,,,,{{(|{{.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),))))))}.|||}}}}}},,,|||||,||{},...{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{({((..,.{{,((({,..,...,||,,{.......,}})))})|,,.((((...))))......|||,,,..{((..((((((..(((....))).)))))).||}{((({{(,.((..,,}}..}}}}}}}..,||..|(((((((.........)))))))|{.||,{.......,)))},),))}}))))},..})))}))|||.,,.,{|{|||,|||,,,..}})))}|.}},,,{{....}},...,...))))))))))))...)))))},)))))),...,,,..}}}...)}})}|{|,{.,,}},))}}}}}}}}.)))))))))))))))),...{{{,,{{,,,.,,..,|||,{(({(({(({.((((((.........))))))}))))))))}|||||}}|{{{{{|{,,.,,|}}|}}}..,,,}}..))..)),}}})))|{..((.{{.(((((............))))).)).})..)))))))))((..{....}..))