Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0006900
Sequence Length
1477 nt
GC Content
0.4462
UCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-399.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -425.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 427.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((((...................(((((....)))))((((((((............))))..)))).(((......))).......(((.....(((............)))...)))....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))))))))))(((((((((((..................((((((..(((((.....((((....)))).)))))))))))((..(((((((.((((....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...(((..((.(((..((((((......(((((((((.(((.........))).)))))))))....((((...(((((((.((((....)))).)).)))))....))))((((((((......((((..((((..........(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....((((((((((.....))))))..)))).))))..))))........))))))))......(((((.....))))).......))))))..)))))..)))...)))).)))))))..))))))))))))).....((((..(((.....((((.(((.((((((.((((((.........))))))))))))..((.((((((((((((((((.(((..((...........))..)))...)))))((((.((((((.((((((....................((((.....))))..((..(((((((......))).....))))..))...))))))))))))..))))...(((((......))))).....))))))))....))).))...............))).)))).....)))..))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((((({{{{(.,.,{{.............{((((..,,||}}}{|||{{|{...,.,|,|.|.|||,.,)))).(((......))).......{{{.....{{{......,.,...}}),..}},....(((((((.,,....,,...)))))))....,,,.,{((({((((.(((.....))).)))).))))}})}||))}))))))}||(((((((((((.(({.{{,(,,...,,.,}}|}))...({.{{{....,(((,,((((((.(((((((({.((.(((((((((((({....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....((((((,,(((((((...))))},,,.,}}..)))))}...,((((..(((((..,...((((((((.((((((((..,{{{({....,,)),,,.))))..))))))))...))))...)))))..))))..,.}},})))}}})))).)).}))}}})))).)))))))))}..,.}}}.}}(((((.{((({{..,,|...,(..,,||{.{||....||||||{..((({,{((,,,,{{(|{{.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),))))))}.|||}}}}}}},,|||||,||{|,...{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{((((..,.{{,((({,..,....||,,{.......,}|)))})|,,.((((...))))......|||,,,..{((..((((((..(((....))).)))))).||}{((({{(,,((..,,}}..}}}}}}}..,||..|(((((((.........)))))))|{.||,|.......,)))},),))}}))))),..,)))}))|||.,,.,{|{|||,|||,,,..}})))||.}},,,{{....}},...,...))))))))))))...)))))},)))))),...,,,..}}}...)}})}|{|,{.,,}},))}}}}}}}}.))))))))))))))))},...||{{,,{{|.,...,(((,{((,{{{(({.(((({{......,,,|)))}}||||||}||||,||{{{{(({{(((({.(((..((...........))..)))...))))}({((.(({(((,({{{{{.......,,},,.,,.,,..((((.....))))...,,.,{(({{,......,}}.....||},|||,,..)))})))}}))}.,)}}},,||,||||.|...))}}),,.}}))))},},..{{((..{......,..})}}...}}},})}}...,,)}}..))))....
Back