Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0007900
Sequence Length
1480 nt
GC Content
0.4486
UAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-409.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -436.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((((((......((((......))))((((((..(((.(((((.(((((.((((.((((((((((((((((((((..................((((((..(((((.....((((....)))).)))))))))))((..(((((((.((((....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...(((..((.(((..((((((......(((((((((.(((.........))).)))))))))....((((...(((((((.((((....)))).)).)))))....))))((((((((......((((..((((..........(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....((((((((((.....))))))..)))).))))..))))........))))))))......(((((.....))))).......))))))..)))))..)))...)))).)))))))..)))))))))))))))..)))..(((((........)))))..((....((((((....(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..))))))....))))))...)).((((..(((((((((....))).))))))..)))).)))).))))..))))).)))))((((........)))))))..)))))).))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(...,,{,,..{(((((.....,|||{(,,,.{{|||{{{,{,({{((({,(((({((((({({{({((((((((((((((((((((.(({.{{,(,,...,,.,}}|}))...({.{{{....,(((,,((((((.(((((((({.((.(((((((((((({....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....((((((,,(((((((...))))},,,.,}}..)))))}...,((((..(((((..,...((((((((.((((((((..,{{{({....,,)),,,.))))..))))))))...))))...)))))..))))..,.}},})))}}})))).)).}))}}})))).)))))))))}..,.}}}.}}(((((.{((({{..,,|...,(..,,||{.{||....||||||{..((({,{((,,,,{{(|{{.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),))))))}.|||}}}}}}},,|||||,||{|,...{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{((((..,.{{,((({,..,....||,,{.......,}|)))})|,,.((((...))))......|||,,,..{((..((((((..(((....))).)))))).||}{((({{(,,((..,,}}..}}}}}}}..,||..|(((((((.........)))))))|{.||,|.......,)))},),))}}))))),..,)))}))|||.,,.,{|{|||,|||,,,..}})))}|.}},,,{{....}},...,...))))))))))))...)))))},)))))),...,,,..}}}...)}})}|{|,{.,,}},))}}}}}}}}.))))))))))))))))))..))},.{{{{{......{{|||||,,{{(({.((((((....,,,,,||||},||||||}||||,{{{((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))}{{((.(({(((,({{{{{.......,,,,,.,,..,..((((.....))))...{{.,{(({{,......,}}.....||},|||,...)))})))})))).,)))),.}|,|||}.},,,))}}),,,}}))))}}},..{{{{..{..,......}},,..{{.{{((,({(.(((...{((((.{(........))....))))}..))).))).,)))},,.,..}))),}),,))}},}}))||}||))))))}.}||,,.,||||...))))}})})))).,))))),)))}),,.........}||||{,((((...})))},)))))
Back