Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0008700
Sequence Length
2043 nt
GC Content
0.4048
GCUGGAGUACAGUGGCUAUUUACAGGUGCAGUUGCAGCACAGUGUAGUUUUGAACUCCUGGCCUCAAGUGAUUAUCCUGCCUCAGCCUCCUGAUAUAUCUGGGACUAUAGGCAGGUACCACCACAUCCAGCUUUAAAUGCUUAUUUUUAAAAAUGUCCUCAUUUUAUGAGGUUGUGGUUUUAUUUGUAUAUGUAUAUUUAUAUAAUGUAGAAAUAUGUGUAGCUUGUUUUAAUUAAUAUAUCAUUUUAAAACACAUUUUUUUCUACCCCUCGACUAUCUAAAACAUACUUCUAAAAAUUUUCUCAUUUAGGACUUAUUAGAUAUAAUUUAUCCUUAAAUUAUGUUUUUACUCAAUUUAAUUCAGGUAUAUAUUACUAAAUAAUCCUUAUUCUUAUGCUAGCCCAUUUUAUACUAUAGUCUUACAAGGAUGGAAUGAACAUAAUAAACGAUGGAGAUACUAUUUUACAUCAUGAAUAUGAAACAUUAGCAUAUUUUGUCCUUUUUAAAAGAUACAGUGUUUUGGUGUCAAAAGUGUUCAAACCUUGGGUGAAACAUAGUUAAACAGUUUAUAUGCACAUAUAGUUAUAUUUUCUCGGACAUCACAUUUUUAACAGUUAAUUUUUAACAGUUAAGAUGCCUUAACUGGGAAAAAAGUGACCAUUUUUUCUGUAACUUUAUUUUCUUCCAGUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-526.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -565.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 542.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((.((((((..((..((((.......)))).))))))))))).))))).)))((...((..(((.((((((..(((((((.((((((..((((((((((((((((((..((((((..((..((((((........))))))..)).((((((...)))))).))))))..))))))).((((((....))))))..(((((((...((((.....(((((((.............)))))))))))...)))))))......................(((((((..........)))))))......((((((((((((....)))))))))))).................((((((.......................)))))).............)))))))))))((((((((.......))).......((((..((......))..)))).(((((((...(((((((.(((((.((((..........)))).))))).))))))).....)))))))..)))))((.((((...((((..((((.....(((........(((((.(((((((((......((((((.(((.(((((...))))).)))))))))......)))))))))..)))))))).....))))))))....))))..))..((((.((((((.(((((((((.((.(((((((((((((....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...)))....((((((..(((((((...)))).....)))..))))))....((((..(((((......((((((((.((((((((.....((.......))....))))..))))))))...))))...)))))..)))).......)))).)))))).)).))).)))))).))))))))))...((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))......)))))).)))))))..((((...))))......(((....((((..((((((..(((....))).))))))...)))))))(((((.((((...((((((...))))))(((((((.........)))))))((.((((........)))))).)))))))))....)))))).)))..))((((((((((.....))))))..))))(((....))).......((((((..((((((((((((((.....((((((...(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((..........(((((........))))).........))))).)))(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..)))))).....))....)))))....))))))))))))))).......))))).))))))..............((((((..........))))))((((((.....)))))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((.((((((..{(..((((.......)))).}}))))))))).))))).)))((...{({.,{{.(((((({.(({{(((.(({{{,,|,||||,,,,|||||||{{..((((((..{({{,,,,,,.}}}....,,}}||,,||.{({({|...}})))).))))))..}}}||||,(((({{....))))))..(((((((.,.((({....,(((((((.............)))))))))))...)))))))........{{{(({{.......(((((((..........)))))))....}}}||||,,,,,{{,,.,||||||||{||{{{{{{{{,.........((((.....}}}}..,,,,,,,|,.,..,{{{{,{{..,{{{,,,...||,},}}.,,...})}}}||.,||,,|||.......((((.,((......)),.)))).{((((((...(((((((.(((((.((({.{{....,)})))).))))).))))))).....)))))))..,,}}}}}}}}}}}}}}}}}...,,{..,{|{{|...,,},,{{{{{.{{{((({((......((((((((((.(((({...})))).)))))))))..,,,,)))|||}}|,,||}}}.,,.....||||||||||,|}|||{||}}}||}}|||{(({.(((((((((,{(,((({((((((({,....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....((((((,,({(((((...))))}.,,.,)}..))))))....((((,,({({(,{{,,,(((({{((,((((((((...{||||....,||}{||{|}}|,,|}},}}}}...)))),..)))))..)|||..{,||,||||||,||}|,|},|}},}}}))).}|||||}|||,.,{{{{.{|((({{(((((((...{{....({.(((((.(((....(((((((..(((({{{{.,,,,{|}||.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),}}})))).)))))))...,.)))))))).)}...})..))))))).{{...(((.....))),,..,}...................,.,,..)))))..}})).(((........)))......})}})).)))))))..((((...))))......,{{....{{{{..((((((..(((....))).)))))).}}))}}))}|||||.{|||,,.(((({(...))))}}(((((((.........)))))))||,||||.,.,}},}))}}}),))})))))},,..))}})),}}},,}}(((({{{{{{.....)))))),.))}},||....},}.......((((((..((((((((((((((.....((((((.{,(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((...,,.....(((((........))))).....,,,.))))).)))(((((((((..((((((.((((.(({(({(((((((((.(((..((...........))..)))...)))),,,((.{(,((({(,,,,,.......,}}},.,,.,,..((((.....))))...,,.,,,,{{,......}}}....,||,.{{|....))),))),)))).})))),.)).)))).))))))..))))))))).......{(((..{......,..}}}}..,{.{{((,(((.(((...{((((.((........))....)))))..))).))).,)))},,.....))....))))).,}.))))))))))))))).......))))).))))))......,,,,,.,,||||||,,,,......,,))))||||||....,}}}}}..))
Back