Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0009400
Sequence Length
1879 nt
GC Content
0.4343
UUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-508.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -543.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 552.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((.((((((((.((((..((((((((.((((((((..((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).(((.......)))...))))))))...(((((((((.(((.........))).)))))))))........)))))))))))))))))..)))..))))))((........((((((((.((.((((((..(((((((((((((.(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....)))))(((((.....))))).....(((((((.((((.......((((((..((((((((((((((.....((((((...(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((..........(((((........))))).........))))).)))(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..)))))).....))....)))))....))))))))))))))).......))))).))))))........(((((.((((((..(((((((((..((((((.((((((((...((((((..(((.((...((((.((((.....(((((((.((((..(((((((((......((((((..((((((.....((.((((((((((((((((.......))))))))..((((...((.....))...)))).((.(((((........))))).))......)))).)))).))..))))))...))))))..........))))))))).)))).)))))))....))))..))))....)))))...))))))....))).))))).))))))...)))))))))...))))........)))))))...........(((((.(((((((((...))))).)))))))))....(((((.(((.((((.....(((......))).....))))))))))))((((..((((........))))..))))....))))..)))))))..))))))))......))))))...)).)))....(((((.......))))).....)))))........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,{((((((.(((((((((.((.((((((((((((,....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....((((((,,(((((((...)))),....,))..))))))....((((..(((((......((((((((.((((((((..,(,{({....,,)).,,.))))..))))))))...))))..,)))))..))))....}}.})))))})))).)).)))))})))).))))))))))..(((((,{.,((({.,{((,,..,,{,..{({,{{(({.{{{,...|(({(((,,(({{{(((,,,.,(({((.((((((........((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......))))))))..............,..)))))).))))}},,|||,,,,}}},{(((((.{{{,,..,{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{((((..,.{{,((({,..,....||,,{......,,||)))})|,,.((((...)))).....,|||.,...{((..((((((..(((....))).)))))).||}{{({{{(,,((.,,,|}..|}}|}}}..,||,.|(((((((.........)))))))|{.||,{.......,))),,),))}}||||}...})))}})|||.,..,{{{|||,|||,,,.,}})))}|.}},,{{{....}},.......))))))))))))...)))))}})))))),...,,}..}}}...))))}|(({{...))})}..||||,..})))).{{{.{{{({...,,.,...(((((........)))))..,.,||,,|||||.}}}..,,,|,,,,..,,)))),|||{{||},|..{((((((((,{{{(((({{{,,,(({((((,.{(,(((({((,(({((,(((((............,||||,||{|,..((((.....)))).,,{((,,{((({,{.{{{{((({{,(((..{((,,..}||.|||,..{{.{.(((((((,,,({{{...,))))...})))))).}.,.,{{{..{,,,,..,..||,}..,,.||||.||,,|||.,,(((((,({..,,....||,,,.}||||,,|||.|||,.}||}}}.,..}}},.,)))},.{|||||{,|||||{{,,||}||,,,}||||.,,))}}..}}......{{{{{...{,(((..(({...(((((((((..((......))..)))))))))...))}.))),|...}}}}}((({{{{.{{{{.|((({{{(({......((((((..((((((.....((.(((((({(((((((((.......))))))))},||{{...||},,|.,,...}|||.{(.(((((........))))).)},.....)))).)))).))..))))))...)))))).........,)))))))))})))).))))))),,.,}}))),))))).,|}||||,|}}}}}}})},|||.},.{{{,.{{{.,,||||}}}}}...}}}..........,)},))))))}....}},.{((((.(((((((({...})))).))))))))|,.........}}}}||||}}}}}||{..,,..,,}.....}}}}|}}}))}}||||}}||||}}}}},,}))))},|..|,,..,|}}.,}},,,.....,,))),),.))),..,})},..)))))))}),|||||,}...,.}}}},....,,)))}},}.))))).
Back