Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0009500
Sequence Length
2202 nt
GC Content
0.4301
UUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAGAAUGGUAGCUGAGUGGAGGUUGUCUCGAGGUGUUGAAGAACAGACACAAGCUUUCUUUGAAGGCUUUAAUGAAAUUCUUCCCCAGCAAUAUUUGCAAUACUUUGAUGCAAAGGAAUUAGAGGUCCUUUUAUGUGGAAUGCAAGAGAUUGAUUUGAAUGACUGGCAAAGACAUGCCAUCUACCGUCAUUAUGCAAGGACCAGCAAACAAAUCAUGUGGUUUUGGCAGUUUGUUAAAGAAAUUGAUAAUGAGAAGAGAAUGAGACUUCUGCAGUUUGUUACUGGAACCUGCCGAUUGCCAGUAGGAGGAUUUGCUGAUCUCAUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-604.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -644.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((.......))))).)))((..(((((.(((((.((((....(((((((...((......))...)))))))....))))..........((((((..(((((((...)))).....)))..))))))....(((((((.(.(((((((((((..(((((.((((....))))......((.(((((..(((((.........)))))..))))).))(((..(((((((((((.(((((.(((......))).)))))........((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........))).............)))))))..((((...))))...................((((((..(((....))).)))))).))))..))))))))..))))..((((((...))))))(((((((.........)))))))))))))).).)))))))..(((((((.((((.(((((((((((..((((((((..........))))))))..(((((((((...........((((((..((((((((((((((.....((((((...(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((..........(((((........))))).........))))).)))(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..)))))).....))....)))))....))))))))))))))).......))))).))))))..(((............)))....(((...(((((((((..((......))..)))))))))...))).(((((((......(((....)))...)))).)))(((((.....))))).(((((((..(((....((((.(((((((((.......))))))))).))))...))))))))))(((.(((((((......((((((((.(((((((((........((((.((((((.((((((((((..(((...((((((((((.((((((......)))))).((((((.....))))))(((...(((((.(((.(......(((((....(((........)))..)))))...).)))...)))))..))).(((((.(((((((((...))))).))))))))).........((((.((((.....(((......))).....)))))))))))))))))).(((((.((((((((.(((....((.(((.....))).))....))))))...((..(((....)))..))...(((((.......)))))......))))).)))))....)))..))..)))))).))))))))))))(((((........)))))((((((((...)))))))).......)))))))))..)).))))))))))))).)))....((((((........))))))..)))))))))(((....))).....(((((((((((......)))))......)))))).(((.(((((((.((.........))))))))).)))..(((((((.....)))))))..(((((.........))))).((((.....)))).))))))))).)).))))))))))).)))).).)))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..((((({.{{{{{||||,{|,|(({{(((((,({,,..((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).....,....((((((,,({(((((...))))},,,.,}}..}))))}...,((((,,({({(.,,,,,(((({{((,(({(((((...{||||....,||,{||{|}}|,{||},}}}}...)))),..)))))..)|||..{{||,||||||,||||,||,|}},}}}))).}|||||||||.,{({{(,{{((((((((((({...{{....{{.(((((.(((....(((((((..(((({{{,.{{{{{||||.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),}}})))}.))))))},,,,.))))))}}.}}...})..))))))}.{{...(((.....))),,,.,}.................,,}}},.,)))))..)))),(((........))).,,..,,...}}|))))}},..((((...)))).......,,.,...{{{..((((((..(((....))).)))))).)))|{{||||}}||..}})),.||||||,..}}|}}|(((((((.........)))))))|,,}}}},},}}.,})),.((((((,{((((.(((((((((((..,,,,(((({{{{{{....,)))))),.}|||{((....},........((((((..((((((((((((((.....((((((.{,(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((...{,.....(((((........))))).....,,,.))))).)))(((((((((..((((((.((((.(({(({(((((((((.(((..((...........))..)))...)))),,,((.{(,((({(,,,,,.......,}}},.,,.,,..((((.....))))...,,.,,,,{{,......}}}....,||,.{{{....))),))),)))).})))),.)).)))).))))))..))))))))).......{(((..{......,..}}}}..,{.{{((,(((.(((...{((((.((........))....)))))..))).))).,)))},,.....))....))))).,}.))))))))))))))).......))))).))))))...............((((((((((,,...(((((((((..((......))..)))))))))..,|||,{{(((((.{{((({,,.,,,..|||.|}|}.},}|,{||,,.,,)},,,.{{{{{{|,,|,|,,..((((.(((((((((.......))))))))).))})...}}}}))}))}(((.(((((((......((((((((.(((((((((........((((.(((({{{((((((((((..((({..((((((((((,({{(((,,{,,,}||||..((((({.....}))))}{((.,.(({((,{{((,,..{{{({(((.,,,(((........)))..}}}}}...,,}.}}}})))}}..))}.,{(({.(((((((({...})))}.}))))))|{{,.......||||.{{{{.,,,,|||,,..,.))).,,,,)}})),,,)))))))))).(((((.((((({{,{(((....{,.{((.....))).},....))))}}...{(..(((....)))..)).,.(((((.......)))))......))))).)))))..}.}))..))..)))))).))))))))))))(((((........)))))((((((((...)))))))).......)))))))))..))},)))))))))))).))).,,.{(((((........)))))},,}}}}}|||}({{....}}},,,,.(((((((((((......)))))......)))))).(((.{((((({.{{.........}}))))))}.))}..{((((({.....))))))}.,(((((.........))))).||,|}}))))))).))))))))).)).))))))))))).,}}).),)))))}}}}
Back