Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0013200

Sequence Length

490 nt

GC Content

0.4735

GUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-131.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -138.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 123.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........))))))))).).((((...))))..............(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..))))))).(.((..((((((((.........))))))))..)).)((((............))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{((((((((,,{((((,{{((((((((((((...{{....{{.(((((.(((....(((((((..(((({{{,.{{{{{|}||.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),}}})))).)))))))...,.)))))))).)}...})..))))))).{{...(((.....))),,..}}...................,,},..)))))..)))).(((........))).,,.......}}}))}}||.,.((((...))))......,||.....(((..((((((..(((....))).)))))).))){((((((..((....)),.))))))).,.||..|{((((((.........)))))))|{.||,{...,....))}}}},.})))