Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0014900
Sequence Length
2677 nt
GC Content
0.3990
GUUGGUCUCGAACUUCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCACCUCGGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGUGUGAGCCACCAUGCCCAGCCAGCUAAUUGCUUUUCAAAGCCAAUUGGUGGUGUUGGUUCCACUGACAAUUCUGUAUACUGUAUAGAUUUCCGGAUUGAUUUUCAAAAUCUAUUUUUAGUUUUAGCCUCACACUUUACUAAAAUAACUUAAACUUAUUAAAAUAAAUAAAAUAAACCGCCAGUACUAUUUUAGUAUGGCCCUGCUUCUCAAACUUUAGAGCACAUUAGAAUCACCUGGUUCAUUAGAUUUGGGGUGGGACUCAAGAUUUGCAUUUCUAACACAUUUCCAUGUGAUGCUGAUGCUGCUAGACCAGGGUCUACAUUUUGAGAACACAAUGGUUAGACACACACGUUUUUGCAAAUUAUAACUAUUCUGGGAAAUAAUAACAGAUAGUAAAAACAGACUUCUUAUAUAAUUUUUCAUUAUAUAAGAAGUCUGUUUCCCCAAAGUCCGAGCGUGCAGAAUUUGCUAGAACUGUCAAUCUGUCUUAAUUUCAUACCCUUUUGAGAGCUGCUUUGAAUCUUGUUUUUUUUGAACUGUUGUUUUUAUGUUUAUUAUUAGAAAAUAAUACGAUUGUUUUAAAAGAUGUAAAUUAAAUAGUGUGUAAAGUAAAAUGUAUAAAGCCUUAAUAGAAGAAAUAAUAUUUGACCUAAGACCUUAAAACAGAGCUAUAAACUGUAUAUGCAUGUCUUAGAGGAAUUGGAGGGAAGAAGGAAUUCUAAAUGGAAAGAAGAAAAACAAAGGUGGUGAGAAACACAGGUUGUUUUGUAGGAAAUCUUUAAUCAUAAUAUUUGGCUAAAGGUGCAGUAAUUUCAAGGGAGAAAUGGCAUUUGGUGAUUAGAAAGUAGAAUCAGUCAAUAUAUAUUUAUUUGCCUUUAUAUGAUAGACACUAUGCUCAACAUGUCUAUUCUUCCUUCAGUUAGUCCUUAAACGUUUAUGAGUUAGGUACUAUUGUCUCAUUUUUAUAGGUGAUGAGAAAACAAGCUUAGAAAGGGAAAGGAACUUGCUUGAGUUAAUAGCGUUAAGUGGGACAGUUGAACCUGGAACAGCCUUACCUUCAGAGCCUGAGCUCGUAACUAUCAUGCUUUACUGCCACCUGAAGUUGGGAUGAUAUACAAGUAAGUGCUUAGCCAUUAAUAAAUGUUAUUUUUAUUGUUAGAUAGGUUGGGACCAGAUGGAGGUUUGCAAGUAAAGACUUACGGAAUUUUUUUUUUUUAAAGGAAAGGAAUGUCUUUUAAAAUAAUUUGAUUUUGUUCUGUUUUGUUUUGUUUUAAGACUGAGUUUUGCUCUGUCGCCCAGAUGGGAAUGCAGUGACGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUUCAAGCAGUUUUCCUGCCUCAGCCUCCGAGUAGCUGGGAUUACAUGCGUGCACCACUAGACUUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUUGUGUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCUUCUUGGCCUUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCACGCCCAGCCUAAAAUAUUUGAACAGGAGAUUGUAUGAUCAGAACUCUGUAGGAAAAAAUAUUUUGACAGUGGUAUAUAGUUUGGAUUAUGUGGUGGUGAGUGAAGGUUGAAAGUCCUAUAUGGAAAUUUGUUACAAUAAUCUAUUGAGAGGUAACGAAGGCUAGAACUGAGGCAAUGAUGGUGGAAGAGUAGAGGGAGAAUGUGAAAGUGGGAUCAACAGGACUUAGAUACUGAGUGUCAAGAGGCACAGGGAGGAAAAAUGUAAAAUUGCCUGGGAAAGACAGCAGUAUCGUUCAUAGAACCAAAACCUAAGAAGGAAGGAAGACCAUAGGAAGAGAAUGUUUAGAGGGACGGGAGGACCUGGCAGGGCAUGGUGGCUAACACCUAUAAUCCCAGUGCUUUUUGGGAGGCCCAAGGGGAAGAUUGCCUCAGCCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGAGGGACAAAGCGAGACCCCAUCUCUACAUAAAAUAAAAAAUUAGCCAGGUGAGGUAGCAUGCUCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUAAGGCGGGAGGAUCCCUUGAGCCCAGGAGUUCAAAGUUGCAGUGAACUGUGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCUUGAGUGACAGAGCAAGACUCUUGUCUUUAAAAAAAGGAAGAAAGGGAGGGCCUUGGGAUGGGAGAGUUAUUCUAGAUCUCCUGCAUUUAGUUGAUAAUUUGAUACUAGAGGAUGGGAGUGAGAUAAAGAGUAGAGAUUGAUUUGGGAAUCAUUCUCUGAGAUAACCUUAGAAAUCAUGGAAUUUGAGAUCCUAGGGAAAAAUCUGUGGAGAAAGAAAAGGAGAACAAGAACACAAUCAUAGAGACCUAUAUUUAGUGGAUGGUAGGAAGAGGACAAACCAAAAAAGGGAUGAUGAGAAGUGGGAGUACAAGAUUACAAAAGCACUGUCACAGAAAUUAAGAGAAAAAUGUUCUUUAAAAGAUGGGACAUUUGGCCGGUGGCGGUGGCUCACUCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCGGAUCACUUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-936.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -982.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 634.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..........)))))((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((((..(((..(((.(((...(.((((((...((((.(((((((........)))))))....(((((((...)))))))(((((....(((((((((((.((.(((((((.((((...(((((....(((((((((((((.....(((((...........)))))......)))..)))))))))).((((((.(((.((...((((...(((((((((((((....)))))...(((((((((((((..((((((....(((((.....(((((....))))).....))))).........(((((.......((((((.((....((((.((((.....(((((.(((((((...(((((.(((...........))))))))..((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))).....................))))))).)))))))))))))))))))))......)))))))))))..))))))))))))).(((((((..((((.(((((..((((.((((....))))..)))).))))).)))).)))))))..........))))))))................(((((((((((.(((((((((((((...(((((((......((((.........))))........)))))))((((....(((((((((.....((((........))))..(((((((..(((........)))...))))))).......(((((((.(((.......))).)))))))......(((((......)))))((((..((((((((.((........)))))))........)))..))))........(((((((............))))))))))))))))......)))).....(((.(((.(((((((((((((((((((.((((..(((((((((....((.(((((((..((((.((((..((((((((((((...))).))))))))).(((......)))......)))).))))......))))))).)).....))))((......))))))))))).))))))))).........))))))))))))).)))))))))))))))).))))))...))))).(((((.......)))))(((((..(((((..((((((((...((.((((((((((........)))))))))).))...))))))))...)))))..)))))...(((((.(((((((((((((((((.(((...(((.(((((((.(((((((.(((.((((((((((......((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((...(((..((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((.(..((((...((((((.((.(((((((((((..((.((((((((((((...((((...(((((((((((((((((((((((.(((.((.((((((((.((((.(((((((((((((.....((((.(((......)))..))))........)))))))))).((.((.((((((((....)))))))).)).))..((((.(((.....(((((..(((...((((((((.....((....))...)))))))).(((....((.(((((((...........((((....(((..(((((........)).)))...)))...))))..(((((....)))))..................))))))).))......)))....((.(((.(((.........))).))).)).......))))))))....))).)))).(((..(....)..)))))).)))).)))))))).)).))).)))))))))))))..)))))))))).)))))))))))))))).))..))))))))))).)).))))))...))))..).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))..))).))))))...))))))))))))))))).))))))).))))))))))))..))))))))))))))......)))))))))).))).))))))).))))))).)))...))).)))))))))))))))))..))))).....))))...)).))).))))))(((((((((.....)))))))))...((((((.((((((............)))))).).))))))))))...)))).))))))).)))))))))))))((((((.((((..((((((...(((.......)))....))))))....))))..))))))......))))).......(((((..((((....))))..)).)))..))))..)))))).)((..((......))..)).......((((.(((.(............).))).))))..............(((((((((.........)))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..........)))))((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((((..{(({.(((,(((((((((((....}))||))))))),|{|||||{{({{(({,....(((((((...})))))|{{((({{{,(((((((({{{{((.(((((((.((((,,.(((((..,,..................{((({......}}}},........((({,(((((...)))))))))...,..(((((..(((({(((((((((((.{((((.(((....,{{(({{(((({,,...}}},,|..}}.|}..))}}}.......))).))))}.)))))).)))).{{({{,,{({{.{{,,.||,},.},,,,))}})|||{......}}},..,{{{{{{{{.((((,{(((...........))))}))}..((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))).(((({.((((.,,,,{{,{{.,{{{|{,.|{{{{.{(|{((((((((({(((({........}}}}|,.,((((((.{{.{{{{{(((({,{,(({(((,,.{(((({(((,,,..|,,|,{||||,,,,))}))))}))})))}}}}}}...)))))}...,}))}.,,,,,}}.}}}}||{{{(((((.(((((((((((((,..(((((((......((((.........))))....,...)))))))((((,{{,(((((((((,....{(((....,,,.,,,,..(((((((..(((........)))...))))))).......(((((((.(((.......))).))))))).,....,{{{{,,,,.{|||||(||,.{((((((((..,......}}))),)))}....}}}}}.,}),))}}.....,{((((({...{{.....}})))))))))))))))),}}...)))).....,{{.(((.(((((((((((((((((((.((({.,(((((((((,...{(.{(((({(..((({.((((..((((((((((({...})).))))))))).({(......)))......)))).)))),.,,,,}))}})),)).....}}}}((......))))))))})).))))))))),........})))))))))))).}})))))))))))))).))))))}..}))))))})||}}}}}},)))))}}}}}}..,.,}},((((((((...{{.((((((((((........)))))))))).}}...)))))))){((.((((.((((.((({(((((.(((((((((((((((((.(((...(((.(((((((.(((((((.(((.((((((((((....,.((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((,,,{{{..((((((((((((((((((.,{(({{((((((((((((((((.(..((((...((((((.((.(((((((((((..((.((((((((((((...((((...(((((((((((((((((((((((.(((.((.((((((((.((((.(((.,,,,,,{((,,{({{,.{.((,{{{..{||,..||||{{,{{{..,,,,|||||.,((.((.((((((((....)))))))).)).)}.,|,||,||{.....||||||.,{{...((((((((.....((....))...)))))))).{({....,,..}}|.....,,,}.....,,}....,,,,..|,|||..}}},}})),,}...}}}}.(((((((..((((....,,(.(({(.{{.............}),)))},....)))).))))))){|||...}}}),....(((....,}}..||....))}},,},....,,)})))}.(((..(....)..)))))).)))).)))))))).)).))).))))))))))))),.,))))))))).)))))))))))))))).))..))))))))))).)).))))))...))))..).)))))))))))))))).})))))))))))))))))))))..))).))))))...))))))))))))))))).))))))).))))))))))))..))))))))))))))..,...)))))))))).))).))))))).))))))).)))...))).)))))))))))))))))..))))).)))},}))}},))}),)}})))),))))).,((((((.|{,...,},.)))))),,,.,}}}}}}})))))))..,))))))..)))))))))).,.)))).))))))).))))))))))))),||((({(({{..((((((|..(((.......)))..},))))))....}))),})}))},......},,}}.,...,.||,.,,,{{{{...,||||.,|},}})}}}}}},}}.......|{.,||......))..}}.,.,...((({.{((.|.....,.,....},))).)))}.....,,.......{((((((((.........)))))))))}}),}),))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))
Back