Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0019700

Sequence Length

2152 nt

GC Content

0.4270

GAGAAUCGCUUGAACCUGAGAGGCAGAGGUUGCGGUGAGCCAAGAUCGCGCCAUUGCACUCCAUCCAGUCUGGGCAACAAGAGGGAAACUCUGUCUCCAAAAAAAAAAGAUAGGAAGUUAGUUGUGUUCUUGCGAAAAAUUGUGUGUGUGUGUUUUGUUUUGUUUUUUCGAGAUGGAGACUCACUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGUAUUGGCAUGAUCUCGGCUCACUGCAGCCCCCACCUCAUAGGUUCAAGCAGUUCUCCUGCUCAGCGUCCCGCGUAGCUGGGACUACAGAUCUGCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGCUUCACCCUGGUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUACUGACCUCAAGUGAUCCGCCUGCUUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUCACAGGUGUGUGAGCCACUGCACCUGGCCAAAAAGUGCUUUUUGAUAUCUGUCCAAAGCUAUAUAUUUAAUUUGUGUCCCUGUUAUGAUUGAAACAGUAAAAACAACAUUGAAAAGAAACUCAAAACUUAAUGACUGUUUGAGACUUACUCACUAAAUAUGUAUUGCAUUUUAAGAACCUGACUAAUGCAUCUUAUGAACUUUCAAGAAAUAAAUUUUUAGAAACAUUUCUCUUAAGUUCACUUACAAACUAUUUAAAAAUACAUAAAAGACUCCAGAUAAAUCAAAAGUAGUUUCUCAAGGUAAAAUAUUCUAUCUGUUUCACAAGUAUUUGUUGAAUUAGCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUCUGAUUUAGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGUAAGUGCAGGUCAAGAAUUAUGUUUACUUUGCUUAUUCAGCAAUACUAAAUUUUCUCUUAGGUGCCAUAACAGAUCAUAUGAGAGAAAGGGAAGUGGUUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUAUUUUUGAGACAGAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGACACGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCUUCCUGGACUCAGUCAGUUCUCCCGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUAGGAUUACAGGUGUGCGCCACCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAAGGGGUUUUGCUAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUAAUCCACCUGCCUCAGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUAUAAGUCACCGUGCCCAGCCAGGGAAGUGUUUUUUUGAGACAAAGUUUCACUUUUGUUGCCCAGGCUAGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCCCACCACAACCUCUGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-663.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -701.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 481.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.............)(((.(((((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((.(((((((((((.....((((((((((((.(((.....(((.((.(.(((((((...........))))))).).)).)))..((((((((.(((((.((((....(((.((....))))))))).)))))...((((...))))...(((((.....)))))...(((((((((((((.(((((.((((((.((.(((((((.....((((.((((((..((....))..))))))..))))......)))))))))((((((((..........))))....(((((((...((((((((....))))))))...)))))))(((((((((...))).)))))))))).......(((((..(((....))).)))))..........))))))))))).))))))..((((((((........((.((((...((((((....((((..(((.((((((((.(((..........(((((((((((((...((...))....)))))......(((((((...((((((..............))))))...))))))).................)))))))).))).)).))))))..))).)))))))))))))).))............)))))))).........((((((((((.....................)))))))))))))).)))..))).)))))..((((((((((.....))))))..))))))).))))))).)))))((((((..((((((((((((((.....((((((...(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((..........(((((........))))).........))))).)))(((((((((..((((((.((((.(((((((((((((((.(((..((...........))..)))...))))...((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))..........(((......)))....(((..(((....))).))).)))).)).))).)).)))).))))))..))))))))).......((((..(......)..))))..((.((((.(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..)))))).....))....)))))....))))))))))))))).......))))).))))))...(((.(((((((((...(((..(((...(((((((((..((......))..)))))))))...))).)))(((..((((((((((((.((((..(((((((((......((((((..((((((.....((.((((((((((((((((.......))))))))..((((...((.....))...)))).((.(((((........))))).))......)))).)))).))..))))))...))))))..........))))))))).)))).)))))..(((((((((((.....))))))..))))).))))))).........(((((..(((((.....)))))...)))))(((((((((.(((...........))).))))))))))))..))))))))))))....))))))))))).)))))).((((((((...)))))))).(((.((((((.((((.(((((..((((((((((.(((.......(((......(((((.....)))))........))).......))))))))))))).((((.((.((..((((.(((((((((((...........((((((((......)))))))).)))))))))))))))..)).)).))))(((((((((.....))))).(((((((((...))).)))))).....))))....))))).)))))))))).)))............)))))).)))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))).)))).))))))))))))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.............)(((.(((((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((((((.....(((((((((((((((((.((((((.((((((,(((((({((((((((((,....((((((((((((.(((,....,.{.({({({{((((((((((......))))))}})})).))).}{(({((({.(((((.((((...,(((.,{....}})}})))).)))))...((((...))))...(((((.....)))))..{{((((({{{{{||.|||||.{{|||{|{{.(((({{|...{|{{{{.,,{{{,{,{{,,,|||||||,,,.{((|.....)))}}}}||||||{,,((((..........))}}....(((((((...,(((((((....)))))))}...))))))){(((({{{{...))}.)))))))}}},......(((((..(((....))).))))),{{,,,,,{,,}}|||}}}}|,|||}},..,,{|||||,....,,.,..{(({..,{,,,{{|,,.{{,,..,,|.||||||||.|,,..,,,.,,,,||||||,((((((...,{...,}....)))))}.....(((((((...((((((...,,.....,...))))))...)))))))........,,,.,,,,,))))))}),}},.,|||||}||{{|||,|||,}},,,,,,|{{||{,.......}|.}}||||||{{{....,}||{|||||||,,}},................,)))))))|)})))..})}})))},}}}}..{((({(((((.....))))))..))})))).))))))),,))))((((((..((((((((((((((.....((((((.{,(((((....((.(((((...)))))..((((....)))).(((.(((((...,,.....(((((........))))).....,,,.))))).)))(((((((((..((((((.((((.(({(({(((((((((.(((..((...........))..)))...)))),,,((.{(,((({(,,,,,.......,}}},.,,.,,..((((.....))))...,,.,,,,{{,......}}}....,||,.{{{....))),))),)))).})))),.)).)))).))))))..))))))))).......{(((..{......,..}}}}..,{.{{((,(((.(((...{((((.((........))....)))))..))).))).,)))},,.....))....))))).,}.))))))))))))))).......))))).))))))..,,,..,{{{(,.(({{.((((((((,..(((((((((..((......))..)))))))))..,|,|,.{{((,..((((((((((((.((((.{(((((((((......((((((..((((((.....((.(((((({(((((((((.......))))))))},||||...||},||,,}...,}||.((.(((((........))))).)},..,..}))).)))).))..))))))...))))))..........})))))))),)))).))))),,,{{,,((((({.....}))))}.,}}}},,)))))}).........,||||,,||||{,,,..))))),,.,,,.,(((((((((.(((.,......,..))).))))))))))))}.,})))))))))))}))),,},))))))))))))..((((((((...)))))))).(((.((((((.((((.(((((..((((((((((.(((,......{{{,.....(((((.....)))))....,,..}}).......))))))))))))).((((.((.{{..((((.(((((((((((...........((((((({......}))))))).)))))))))))))))..,}.)).)))){{{,,,{({...,,|||||.(((((((({...})).))))))....}))))....))))).)))))))))).))).....})))))})))))).)))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))).)))).))))))))))))).)))