Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0029300

Sequence Length

885 nt

GC Content

0.3910

GCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAGAAUGGUAGCUGAGUGGAGGUUGUCUCGAGGUGUUGAAGAACAGACACAAGCUUUCUUUGAAGGCUUUAAUGAAAUUCUUCCCCAGCAAUAUUUGCAAUACUUUGAUGCAAAGGAAUUAGAGGUCCUUUUAUGUGGAAUGCAAGAGAUUGAUUUGAAUGACUGGCAAAGACAUGCCAUCUACCGUCAUUAUGCAAGGACCAGCAAACAAAUCAUGUGGUUUUGGCAGUUUGUUAAAGAAAUUGAUAAUGAGAAGAGAAUGAGACUUCUGCAGUUUGUUACUGGAACCUGCCGAUUGCCAGUAGGAGGAUUUGCUGAUCUCAUGGGGAGCAAUGGACCACAGAAAUUCUGCAUUGAAAAAGUUGGGAAAGAAAAUUGGCUACCCAGAAGUCAUACCUGUUUUAAUCGCCUGGACCUGCCACCAUACAAGAGCUAUGAGCAACUGAAGGAAAAGCUGUUGUUUGCCAUAGAAGAAACAGAAGGAUUUGGACAAGAGUAACUUCUGAGAACUUGCACCAUGAAUGGGCAAGAACUUAUUUGCAAUGUUUGUCCUUCUCUGCCUGUUGCACAUCUUGUAAAAUUGGACAAUGGCUCUUUAGAGAGUUAUCUGAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-215.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -234.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 225.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.......(((((((((........))))))))).((((((((((...........((.(((......))).)).(((((((((...))))).))))((((((...(((((.(((.((((.....(((......))).....)))))))))))))))))).(((((.((((((((.(((....((.(((.....))).))....))))))...((..(((....)))..))...(((((.......)))))......))))).))))).)))))))))).((.((((.(((.((((..(((((....(((((((....((((((((...))))))))........(((((.((((((((...)))).....(((((((((...(((((.(.(((((.....(((....(.((.(((((.......(((((((((((......)))))......))))))..........(((((((....((...((((.(((((((.(((((((.....)))))))..(((((.........))))).((((.....))))....)))))))..))))....))...)))))))))))).)).)..)))..))))).)...)))))))))))))).....)))).)))))...(((((.......)))))...)))))))...)))))))))..))).)))).)))))))..(.((.((((....(((.((((((((((((...((.(((((((((..(((...(((((((.........((((..(((((.(((....))))))))..)))).........)))))))...)))..))))).....)))).))....)))))))))))).)))....))))..)).)..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((,{(((.(((((((((........))))))))).{(((((((((......,..{{{{|{,,...{{.,|||||.(((({((({...})))}.))))||||{{...(((({,(((.((((.....(((......))).....))))))))))))}|||},,((({{.{{{{{||||,{|,.,.,..{||,.,}}}},.}},,}}||}||,.,.{(..{((....))),,)}.,.(((((.......))))}......}}}}}.}}}}}.)))))))))}.{{.(((({(({..,,{(.(((((.,..(((((((....((((((((...))))))))........(((((.((((((,....{|||,...,{((((({||..,{{{{{.|.(((((,,...{{(,...{.((.{{{{{||.,,,.(((((((((((......)))))......))))))..,}},,,,.(((((((....((...((((.(((((((.{{{({,{{..{{|||||,...(((((.........))))).||||},.}},}},,)),)))))))..))))....))...)))))))})))}.||.|,,}}}.,|}}}}.},..,,))))))))})},...)))))).)))))...(((((.......)))))...))))))).,.))))).)))}),)))))){((((((.(((((.(((((...((......))...)}}})))))))..{.(((((..(((...(((((((.,,......((((..(((((.(((....))))))))..))))...,..,,.)))))))...)))..))))).,...)))))))....)))))},.))).{{{{{((......)))))).