Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0030900
Sequence Length
981 nt
GC Content
0.3741
GUGGGACAUGAGAAAGUUCUUUGUGUCUGACAGUGUCACACAUUACAGAACAGUUAGCGUUCCUGCCCCCUUCUAAUUAAAAUAUCUAGUAGCAUUACCAGUCAUUGAGACCAACAAUAAAUGCUUCCUAGGGAAAAGUAAUGAUCUUUUAAAAAACUGGUGUUUUUAUGAUCACUUUUCACAGCUAUCUCCAGCAGCAGGUAAAUGAGGGGCAAGUAUUUUAUGUUUAUACUUGUAUCUGUUUUUGUAAGGGUAUGCCCUACAGGACCUGUAAGUUCCAGCAUUAAUAAUAUGGAAUUCACUAGGAUAUUUACAUUUCACAAAGUUUUAUUAAUUCUGUAUUUAAAUCAAGUUUUAUUGUAGUUUCGUUAUUGUCUUUCAAACUACUAAAAUUAAGCUUUUUGUGUGUUCUUGUGUAAGCUUUUAUUAAUCAUAACAAUGUGUUAUUCCGGCUAAAGAAUGCUAGAUGAAACUGCAUUUUCUCCUUUGGGACUUAUAUUAACAAACUAUAGUCUUCAAACUUUUACACUUACCAGAAUCACCCGGAAGCUUGUUAAAGCACAUAUUGCUGAGCCUGACCCCUAGAGUUUCUUUUUUGUUUGUUGGUUGCUUUUGGGUUUUUUGGGUUUUUUUUUUUUUUUGGUUUUUUUUUUUUUGGUUUUUUUUUUUUUUGAGAUAGGGUCUCGUUCUGUCACCCGGGCGAGAGUGUAGUGGCGCAAUCUUGAGUCACUGCAACUUUGCUGCACAGAUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGUCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUACGCCACCACACUUGGCUAGUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUCAAGAUUCACCAUAUUGGCCAGGCUGAUCUUGAACUCCUGACCUCAAGUGAGCUGCCCACCUUUGCCUCUCAAAGUACUGGGAUAACAGACAUGAGCCACCACACCUAACCCAGAGUUUCUGAAUUAGUAAGAUGAUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-226.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -248.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 283.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((.(((....(((((..((((.((((...)))).))))...)))))..)))..)))))...((((((............(((((.((((((....(((.....)))........))))))..)))))(((((((...((((.....((((((....))))))..)))))))))))...(((......)))...........))))))(((((((.........))))))).......(((((((.(((....))))))))))(((((.(((((((............))))))).)).)))............)(((..(((((((((((((.............(((((((..(((((((.(...........)))))))))))))))((((((((.(.(((((((.(.(((((............((((((...))))))...((....(((((((.((......)))))))))..))(((((((((................)))).)))))........)))))))))).)))).))))))))(((..((((.....)))).)))..(((((..(((((..((............))..))))).)))))(((((((((............((((.............(((((..........)))))..((.((((((((((..((((((((((((.(((((((.(((..((((((((..((((.......))))..))))))))............(((((....)))))..(((((((.((((((.((..((((.......))))..)).)))))).))))))).(((.((((((((..((..........))..)))))))).))).....(((....))).)))))))...))))))))...)).)))))...))))).))))))))))).....))))))))).....)))))))))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({{(((({((({{..,,|||,,||||}|{||..,|}}}.))}},,,|||||..,,.,,}}}}}||{{(({{,............,((((.((((((....(({.....}}}........})))))..))))}(((((({..,((((.....((((((....)))))),.))))))))))).,.{{(,,,,..,}}.|,|}}},..,}})))|{((((((.........)))))))}.,}},,{((((({{(((....))))))))))(((({.(((((((............))))))).}).)))............,(((..(((((((((((((.,...........{((((({..(((((((.{...........,)))))))})))))|((((((((.(.(((((({,(,(((((,,.........,((({{,..,}))))}...||,...{((((((.{(......)})))))))..,,{((((((({,{{{.........})}))))},)))}........)}}}}})))).)))},))))))))|....((((.....)))),{{{{{(((((..(((((..({............))..))))).))))}.,,||||||,..........,||||,,........,||||.,........,,,||||.,{(({((((((({({..{{{|||||||(({((,(((({({,..((((((((..((((.......))))..))))))))......,,{{({(((((....))))),,}|,|}}}.|,,|{{,...,)))|,.,}}},||||,{{{,{|||,,.,,||||,.(((.(((((({{,,((..........)).})))))))).)))}}}}..,|,,,,})),))))}}},,,}}}})))),,,)}.}))))...))))).}})))))},,,...,.}}}}}})},...,.)))))))))))))..)))
Back