Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_KATNAL1_0004000

Sequence Length

1161 nt

GC Content

0.4393

GUCUCUGAAAGAAGAUGAAUUUGGCUGAGAUUUGUGAUAAUGCAAAGAAAGGAAGAGAAUAUGCCCUUCUUGGAAAUUACGACUCAUCAAUGGUAUAUUACCAGGGGGUGAUGCAGCAGAUUCAGAGACAUUGCCAGUCAGUCAGAGAUCCAGCUAUCAAAGGCAAAUGGCAACAGGUUCGGCAGGAAUUAUUGGAGGAAUAUGAACAAGUUAAAAGUAUUGUCAGCACUUUAGAAAGUUUUAAAAUUGACAAGCCUCCAGAUUUCCCUGUGUCCUGUCAAGAUGAACCAUUUAGAGAUCCUGCUGUUUGGCCACCCCCUGUUCCUGCAGAACACAGAGCUCCACCUCAGAUCAGGCGUCCCAAUCGAGAAGUAAGACCUCUGAGGAAAGAAAUGGCAGGAGUAGGAGCCCGGGGACCUGUAGGCCGAGCACAUCCUAUAUCAAAGAGUGAAAAGCCUUCUACAAGUAGGGACAAGGACUAUAGAGCAAGAGGGAGAGAUGACAAGGGAAGGAAGAAUAUGCAAGAUGGUGCAAGUGAUGGUGAAAUGCCAAAAUUUGAUGGUGCUGGUUAUGAUAAGGAUCUGGUGGAAGCCCUUGAAAGAGACAUUGUAUCCAGGAAUCCUAGCAUUCAUUGGGAUGACAUAGCAGAUCUGGAAGAAGCUAAGAAGUUGCUAAGGGAAGCUGUUGUUCUUCCAAUGUGGAUGCCUGACUUUUUCAAAGGGAUUAGAAGGCCAUGGAAGGGUGUACUGAUGGUUGGACCCCCAGGCACUGGUAAAACUAUGCUAGCUAAAGCUGUUGCCACUGAAUGUGGUACAACAUUCUUCAACGUUUCGUCUUCUACACUGACAUCUAAAUACAGAGGUGAAUCUGAGAAGUUAGUUCGUCUGUUGUUUGAGAUGGCUAGAUUUUAUGCCCCUACCACGAUCUUCAUUGAUGAGAUAGAUUCUAUCUGCAGUCGAAGAGGAACCUCUGAUGAACAUGAGGCAAGUCGCAGGGUCAAGUCUGAACUGCUCAUUCAGAUGGAUGGAGUUGGAGGAGCUUUAGAAAAUGAUGAUCCUUCCAAAAUGGUUAUGGUAUUGGCUGCUACUAAUUUCCCGUGGGACAUUGAUGAAGCUUUGCGAAGAAGGUUAGAAAAAAGGAUAUAUAUACCUCUCCCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-315.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -341.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 273.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.............((((.((((..(((((((..(.(((.(((.((...........)).)))))).).))))))))))))))).((((...))))((((((((..(((((((..((.......((((((....(((...(((......)))...)))...))))))((((....(((((.....(((((((.....................(((((((...((((((....)))))).))))))).))))))).....)))))..))))((.(((((...))))).))))..))))))).....))))))))((((((((......((...((...(((((((((..((.((.(....).)).))..))..)))))))..))...))......)))))))).)))))))((((.((..(((.......((((((...........((((((((....((((((.((.(((..((..(((.((((((.((((((......((((((...(((..((..((.((.(((((..((((.....))))..))))))).))..))..)))........((((((.....((((((((((((.((..(((((((..............((((((((.((((((((...(((...((.((((....)))).))...))).)))).)))).))))))))))))))).)).))))))).)))))))))))..(((.(((..((((.((........)).)))))))))).((((((......)))))).......(((((((((.....))))..)))))))))))..)))))).))))))..((((((.(((.....((((......))))))).)))))).(((((........))))))))..))))).)).)))))).....(((((.((((((((((((...)))))).)).)))).))))).((((((.....)).))))....(((((((((...(((......((((((((....)))).))))(((((((...(((.....)))...))).)))).((((.((((((.(((((......)))))...))))))..)))))))...))))))))))))))))).........)))))).....)))..)).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.............|{((,((((..(((((((..,.(,(((((,((...........,)})))))).,.))))))))))}))},{((((...))))|((((((,{.(((((((..((.......,(((((....(((...(({......}))...)))...)))))|((((....((((({{...(((((((.,,.,.......,.....,,.{((((((...((((((....)))))).))))))}.))))))),.,},)))))..))))|{.(((((...))))).},))..))))))).}.}}),)))||{((((((((......((...((...((((((({{..((.((.,....}.)}.))..)}..)))))))..})...))}}}}}})))))))),)))))))((((.((..(((.......((((((......,....((((((((....((((((.((.{((..{{..(((.((((((.((((((.....,,,,,(({{{{{..{({..{{.{{.(((((..((((.....))))..)))))}}.}},|||{,|,,.......,||{{{{.....((((((((((((.((..((((((({,...||,......((((((((.(({(((((...(((...((.{(((....)))}.))...))}.))))}}))),))))))))))))))).)).)))))))}}}))),}}||,..(((.(((..((((.(({{...}},}).)))))))))).||({{{......))))}},....},{({((((((.....)))))))},}}))))))..)))))),))))))...,,..((((({(({(((((..,{{{.((((....)))))})})))},,)))}.))))))))..}}})).)).)))))).....(((((.((((((((((((...)))))).},})))).))))).(((({{.....}}.))))....(((((((((,..(((,,,,,,,{{({{((....}))}|||||((((({(,{,{{{.....|}|,|,}}},,}},.,{{|}||||{|,{||||,,.,,.))))),,,)))))),.)}))))}...))))))))))))))))).........)))))).....)))..)).))))