Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LIN54_0005600

Sequence Length

983 nt

GC Content

0.4222

UGCCUGAUCAACUUUCUAGCGGGAGAACGAUCAUGGAGGUGGUGCCAGCUGAGGUGAAUAGUUUGCUUCCAGAGGAAAUAAUGGACACUGGUAUAACUUUAGUGGAUGAUGAUAGUAUUGAGGCUGUUAUUGUUUCAUCCCCAAUUCCCAUGGAGACAGAACUGGAAGAAAUUGUCAACAUAAAUUCUACUGGUGACUCUACAGCCACGCCCAUUUCCACGGAACCAAUCACAGUGUACAGUAACCACACUAACCAAGUUGCAGUGAAUACCACAAUUACUAAAGCAGAUUCUAAUACCACAGUGAAACCAGCUUUUCCAAGUGGCCUUCAAAAACUUGGUGCUCAGACUCCUGUGACUAUAUCAGCCAAUCAGAUUAUUUUAAACAAAGUAUCACAGACAUCUGAUCUUAAACUUGGCAAUCAGACCCUUAAACCAGAUGGACAGAAGUUAAUUUUAACAACUUUGGGCAAGUCUGGUUCACCAAUUGUUUUAGCACUACCCCAUAGCCAACUACCCCAGGCUCAGAAAGUUACAACUCAGGCCCAGUCAGGAGAUGCUAAGUUACCACCGCAGCAAAUUAAAGUAGUUACCAUUGGAGGGAGGCCAGAGGUGAAACCUGUCAUUGGUGUCUCAGCAUUGACCCCAGGAAGUCAACUGAUUAAUACUACAACUCAGCCCUCUGUGUUACAGACCCAACAGUUAAAAACAGUACAGAUUGCUAAGAAGCCUCGAACGCCAACCUCUGGUCCAGUAAUCACGAAGCUGAUCUUUGCAAAACCAAUUAAUAGUAAAGCAGUUACAGGACAGACAACUCAAGUUUCACCACCAGUUAUUGCAGGUAGGGUUCUUUCACAGUCUACUCCCGGAACUCCAUCAAAGACCAUAACAAUAUCUGAAAGUGGUGUUAUUGGAUCAACUUUAAAUUCUACAACACAGACACCAAAUAAAAUAGCCAUCUCACCUUUGAAAUCGCCAAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-216.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -236.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 248.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((..((((((((((((((((.......((((.((((((((.(((...((((((((((((((..((((((.......((..(((((((.(((.....(.(((((((((((((......))))))).....)))))).)..((((..((((((......(((........((((.((..........)).)))).......)))......)))))).))))....((((((.((..(((..........((((((((....((((..((((.......(((((...(((............)))....))))).....))))..))))..)))))))))))...))..))))))........(((((((((((((((((....))))))........)))))))........))))..........))).))))).))..))...((((....))))..))))))))))).)).)))))))....)))...))))))))))))......)).)))...))).)))))))).....))))))(((((..((...((((.((((..(......)..))))..))))....))))))).((((...(((((((((...((((..((((((((((((..(((((........)))))))).............((.(((..((((((((...(((......)))...)))...)))))..))).))..((.......)).......(((((((((((((..(.(((((..((((((..............))))))))))).)..)).((((.......))))(((((((((.(((((..(((.(((((((................)))))))........)))....))))).)))...)))))))))))))))))...................))))))))).....)))).....)))))))))...)).)).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((..(((((((((((((({{.......((((.((((((((.(((...((((({((((((({,,(((({(,,,....{(,.(((((({.,....,,.||(((((((((((((......}}))}))}}|}|}}}}}},,..,|||..|||||{,,|.|{(((.{({{.{(((,...}}}}.}}}).,}}|},,},.,,},}}}}...,,,}}}))}.})},.....,.,{(|{{..,,,....},}},.((((((((....((((..((((.......(((((.{.(((............)))....))))).....))))..))))..)))))))),.,{{{|...||||||........{{{{{{{{{{{((((({....}))))),,,,,,..}))))),.......,))))...........,..|||||,|}..|},,,(((,....}}}}..))))))})}}),))))))))))....)))...))))))))))))......}}.)))...))).)))))))).....)))))){{,{,..{({({((((,.{{{........,},.,.{{{,|||,,,,.,,.,,||,((,.{{{{{(((((((...({({..{(((((({((((..{((((........))))})))}............{(.(((..((((((((...(((......)))...}}},..}))))..))).}}..}|}}}....)}}..,,}}|((((((((({,,..,.(((((..((((((..............))))))))))).}.,|}.,{{,.......))},(((((((((.(((((..{{{.{((({((,....{{,,,..,...))}})}},......,}}}....))))).)))...))))))))))))))))},,,,,,...,,,.......,))}}}},,.....,)))..,},))}}}}}))...,,.})......,