Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LMO7_0007600
Sequence Length
2335 nt
GC Content
0.4244
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-615.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -658.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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