Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LMO7_0011600

Sequence Length

2288 nt

GC Content

0.4406

GUUUUGAAAGUGACACAGAUUCGGAAUUUACAUUUAAGAUGCAGGAUUAUAAUAAAGAUGAUAUGUCGUAUCGAAGGAUUUCGGCUGUUGAGCCAAAGACUGCGUUACCCUUCAAUCGUUUUUUACCCAACAAAAGUAGACAGCCAUCCUAUGUACCAGCACCUCUGAGAAAGAAAAAGCCAGACAAACAUGAGGAUAACAGAAGAAGUUGGGCAAGCCCGGUUUAUACAGAAGCAGAUGGAACAUUUUCAAGUAAUCAGAGGAGGAUUUGGGGCACCAAUGUGGAGAACUGGCCAACUGUACAAGGAACUUCAAAGUCCUCUUGUUAUUUGGAAGAGGAAAAAGCAAAGACAAGAAGCAUACCCAACAUUGUAAAGGAUGAUCUUUAUGUGCGCAAGCUCAGUCCAGUCAUGCCAAACCCAGGGAAUGCUUUUGAUCAGUUUCUUCCCAAAUGUUGGACCCCAGAAGAUGUGAACUGGAAAAGAAUAAAAAGGGAAACUUAUAAGCCAUGGUAUAAAGAAUUUCAGGGAUUCAGUCAGUUUUUACUGCUUCAGGCCCUCCAAACAUACUCUGAUGACAUCUUGUCUUCUGAAACACAUACCAAAAUUGAUCCCACUUCUGGCCCAAGGCUCAUAACCCGCAGGAAGAAUCUCUCUUAUGCACCAGGCUAUAGAAGAGAUGACCUCGAGAUGGCAGCCCUGGAUCCUGACUUAGAGAAUGAUGAUUUCUUUGUCAGAAAGACUGGGGCUUUCCAUGCAAAUCCAUAUGUUCUCCGAGCUUUUGAAGACUUUAGAAAGUUCUCUGAGCAAGAUGAUUCUGUAGAGCGAGAUAUAAUUUUACAGUGUAGAGAAGGUGAACUUGUACUUCCGGAUUUGGAAAAAGAUGAUAUGAUUGUUCGCCGAAUUCCAGCACAGAAGAAAGAAGUGCCGCUGUCUGGGGCCCCAGAUAGAUACCACCCAGUCCCUUUUCCCGAACCCUGGACUCUUCCUCCAGAAAUUCAAGCAAAAUUUCUCUGUGUACUUGAAAGGACAUGCCCAUCCAAAGAAAAAAGUAAUAGCUGUAGAAUAUUAGUUCCUUCAUAUCGGCAGAAGAAAGAUGACAUGCUGACACGUAAGAUUCAGUCCUGGAAACUGGGAACUACCGUGCCUCCCAUCAGUUUCACCCCUGGCCCCUGCAGUGAGGCUGACUUGAAGAGAUGGGAGGCCAUCCGGGAGGCCAGCAGACUUAGGCACAAGAAAAGGCUGAUGGUGGAGAGACUCUUUCAAAAGAUUUAUGGUGAGAAUGGGAGUAAGUCCAUGAGUGAUGUCAGCGCAGAAGAUGUUCAAAACUUGCGUCAGCUGCGUUACGAGGAGAUGCAGAAAAUAAAAUCACAAUUAAAAGAACAAGAUCAGAAAUGGCAGGAUGACCUUGCAAAAUGGAAAGAUCGUCGAAAAAGUUACACUUCAGAUCUGCAGAAGAAAAAAGAAGAGAGAGAAGAAAUUGAAAAGCAGGCACUUGAGAAGUCUAAGAGAAGCUCUAAGACGUUUAAGGAAAUGCUGCAGGACAGGGAAUCCCAAAAUCAAAAGUCUACAGUUCCGUCAAGAAGGAGAAUGUAUUCUUUUGAUGAUGUGCUGGAGGAAGGAAAGCGACCCCCUACAAUGACUGUGUCAGAAGCAAGUUACCAGAGUGAGAGAGUAGAAGAGAAGGGAGCAACUUAUCCUUCAGAAAUUCCCAAAGAAGAUUCUACCACUUUUGCAAAAAGAGAGGACCGUGUAACAACUGAAAUUCAGCUUCCUUCUCAAAGUCCUGUGGAAGAACAAAGCCCAGCCUCUUUGUCUUCUCUGCGUUCACGGAGCACACAAAUGGAAUCAACUCGUGUUUCAGCUUCUCUCCCCAGAAGUUACCGGAAAACUGAUACAGUCAGGUUAACAUCUGUGGUCACACCAAGACCCUUUGGCUCUCAGACAAGGGGAAUCUCAUCACUCCCCAGAUCUUACACGAUGGAUGAUGCUUGGAAGUAUAAUGGAGAUGUUGAAGACAUUAAGAGAACUCCAAACAAUGUGGUCAGCACCCCUGCACCAAGCCCGGACGCAAGCCAACUGGCUUCAAGCUUAUCUAGCCAGAAAGAGGUAGCAGCAACAGAAGAAGAUGUGACAAGGCUGCCCUCUCCUACAUCCCCCUUCUCAUCUCUUUCCCAAGACCAGGCUGCCACUUCUAAAGCCACAUUGUCUUCCACAUCUGGUCUUGAUUUAAUGUCUGAAUCUGGAGAAGGGGAAAUCUCCCCACAAAGAGAAGUCUCAAGAUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-609.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -651.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 709.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((....(((.((((((((((..(((...(((((((.(((.........(((((((((.((..(((.((.((..(((.((((....)))))))..)).)).)))....)))))))))))..........(((((..((.(((((...((((........(((((((........((((((.(((((((((.........((((((.((((((....(((.....((((((((((((...............(((((((((((.(((((((((.....(((.(((((((((..........(((((((......(((((((.(.....).))))))).........((..((((((((.(((....(((....(.(((((.....((.((....)).)).....))))).)))).....))).))))))))..)))))))))((((...((((.....((((..........)))).....))))....))))...(((((........))))).((((((...)))))).))))))))))))))))))))).)))))........))))))..)))).)).))))))........)))....))).))).))))))((((...)))).......((.(((....((((((.((((((.....)).)))).))))))..)))))..((((.((((((((.(((((((..(((((.......)))))..)))))...))))))))))..)))).....(((((.(((.((((((((((((..........))))))))(((..(((........((((((((..........)))))))))))..)))..((((((.((..(((((((((.(((((...(.(((.........))).)...)))))((((...........))))..((((((((....))))))))......(((((((((((((.((((...(((((.......)))))...((((((....((......))...)))))).(((........)))...(((..((.(((((.........))))).))..)))...)))).)))))...........(((((..(....)..)))))...)))..))))).......(.((((((((((..(((((....(((((.(......).)))))...))))).))))))))))))))))))))..))(((((...(((((.((((...(((((..(((........(((((((...(((((....((((((.(((((...(.((((...((((((.(((((((..(((((.........)))))..))))))))).....(((............))).................))))...)))))..(((((.(((..........))).)))))......(((((((.((...((((((((((.....((((...................((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))........((((((..((..((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..))..(((((((((((...((..((..((......(((.(.(((.................))).).))).....))..))..))..))).))))))))..))))))........))))....)))))))....)))...))..)))))))..((((...))))))))))))))))))))...))))))).....)))))))))))))))))..)))))))))))))))...))).))))).....))))))))).(((((((......)))))))........((((...))))(((((....))))).((((.......)))).)))))))))))))...(((((..........)))))......)))).))))).)).)))))(((((.....((((((((((...)))))........))))).((((((((((..((..((..((.....))..))..)).......((((((............))))))..((((((.(((((...(((((..((((((...(((....)))....))))))...)))))....((((....))))....))))).))))))...)))))))))))))))....))))))))))..)))..)))))))))).....(((((....)))))..........))))))))))(...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((....(((.((((((((((..(((.{.(((((((.((({,,......{((((((((.{{..(((.((.((..(((.((((....)))))))..)).)).)))....}}))))))))},...........|||,.,,{{{(((,,.(((....||...(((,.,..,,,....||{,||...|||{{|||||......((((({.((((((....(((.....((((((((((((...,..{{{{{{{{{(({{{((((((.((((((({,{{..,(((,(({{{{{{{...}|.||||,||..||},,,,,||||||{,|,,,,,),))}}|||,.,,{{...((..((((((((.(((.....,(,...(,(((((.....((.((....)).)).....))))).)}.......))).))))))))..)),)))),}|||{..,{{((||,..(({(,,,..,,,,,||||....,|||.....||||,.|||,,,..|,.,,|}}},..{{{|||,..}})))).})))))))})))}}))))})).}})))...,,,..}}})}},.))))}}).))))))........)))....))).,))})))))){(((...)))}.......((.(((....(((((({({{{((.....)).}})).))))))..))))).}||||,((((((((.(((((((..(((((,......)))))..)))))...)))))))))),,|||}{{,.|||{{{.{(({(...((((((((,{,...,},.)))))))).,.))))}..,,,.,|((({((({,.{{,..,..||||||,|{||,{|||{{||{{{{||||||{{{{({{{{{{{..,..{{{......)}},}),,))}}}}}}|.{(((,,.........|{{|,.{{((((({,,,,||}|||}}......{{{{{{,,{,{{{{{.{,...(((((.......)))))...,||..{{{...{{{{{{{|{..,.,{{|{,(((........|,,...,.....,.{,,,,,||,.....,,,))}))}})))}..|,,)}}),,)}}}..,,...,|||{{..{....}..}}})|{{{|||,,,}||}.....,,|.((((((((((..(((((....,((((.(......).))))}...))))).)))))))))),,))}})),}|||..}}}}}...))),}......,||||}.|||}||{{{{{.{(({,,..,}}}.....{{({{{{{{({({{{...{{{{{,,(((,(({.(((((((..(((((.........)))))..))))))).,,.||,{{{{{{{,........,................{({((,{{,.{{{{,,(((((.{({.{.....,,.}}).)))))......||,.,,,))}.}})))||,,.........{{{{{,(((({,{.........((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))(((((((.(((,..}}|...((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..||{{,,((,((,.(....,|..||,}||,},...(((.(.(((.................))).).)))....{{{{{||{{||......,,||||||,..|||,,...||},.,}}}.{{.(((((.....))))).))...{{......,|{{,...,}})))))))))))...))))))){({{{..{,,,{.......}))))}))))))))))}}}}.}|||||||},..,||}}....,}}}})))))}||),}))))}|}||{{,|||{{{.|,..,(((...))))},)},,}}).)))).(({,...,,,,|}||{||||}}}}}})),},,||||{....,,,,,.)))))..,,|,,,,..}))))})},)))}}||||,.....{{{(({({({{{,|||}},..,,...})))}.,{{{{{((((..((..{{.,{{.....))..))..)),{(((....)))||,..{{{.....)))..),.((((((.(((((...({{{{..{{|{|{...{{|,,,.))),,..,}))))...))))),.,,||||,...,}))...,))))).))))))...)))}}))))))))),,.,})))))))))),,)))..)))))))))).....(((((....)))))..........))))))))))(...)