Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LMO7_0011800

Sequence Length

2733 nt

GC Content

0.4325

GUUUUGAAAGUGACACAGAUUCGGAAUUUACAUUUAAGAUGCAGGAUUAUAAUAAAGAUGAUAUGUCGUAUCGAAGGAUUUCGGCUGUUGAGCCAAAGACUGCGUUACCCUUCAAUCGUUUUUUACCCAACAAAAGUAGACAGCCAUCCUAUGUACCAGCACCUCUGAGAAAGAAAAAGCCAGACAAACAUGAGGAUAACAGAAGAAGUUGGGCAAGCCCGGUUUAUACAGAAGCAGAUGGAACAUUUUCAAGUAAUCAGAGGAGGAUUUGGGGCACCAAUGUGGAGAACUGGCCAACUGUACAAGGAACUUCAAAGUCCUCUUGUUAUUUGGAAGAGGAAAAAGCAAAGACAAGAAGCAUACCCAACAUUGUAAAGGAUGAUCUUUAUGUGCGCAAGCUCAGUCCAGUCAUGCCAAACCCAGGGAAUGCUUUUGAUCAGUUUCUUCCCAAAUGUUGGACCCCAGAAGAUGUGAACUGGAAAAGAAUAAAAAGGGAAACUUAUAAGCCAUGGUAUAAAGAAUUUCAGGGAUUCAGUCAGUUUUUACUGCUUCAGGCCCUCCAAACAUACUCUGAUGACAUCUUGUCUUCUGAAACACAUACCAAAAUUGAUCCCACUUCUGGCCCAAGGCUCAUAACCCGCAGGAAGAAUCUCUCUUAUGCACCAGGCUAUAGAAGAGAUGACCUCGAGAUGGCAGCCCUGGAUCCUGACUUAGAGAAUGAUGAUUUCUUUGUCAGAAAGACUGGGGCUUUCCAUGCAAAUCCAUAUGUUCUCCGAGCUUUUGAAGACUUUAGAAAGUUCUCUGAGCAAGAUGAUUCUGUAGAGCGAGAUAUAAUUUUACAGUGUAGAGAAGGUGAACUUGUACUUCCGGAUUUGGAAAAAGAUGAUAUGAUUGUUCGCCGAAUUCCAGCACAGAAGAAAGAAGUGCCGCUGUCUGGGGCCCCAGAUAGAUACCACCCAGUCCCUUUUCCCGAACCCUGGACUCUUCCUCCAGAAAUUCAAGCAAAAUUUCUCUGUGUACUUGAAAGGACAUGCCCAUCCAAAGAAAAAAGUAAUAGCUGUAGAAUAUUAGUUCCUUCAUAUCGGCAGAAGAAAGAUGACAUGCUGACACGUAAGAUUCAGUCCUGGAAACUGGGAACUACCGUGCCUCCCAUCAGUUUCACCCCUGGCCCCUGCAGUGAGGCUGACUUGAAGAGAUGGGAGGCCAUCCGGGAGGCCAGCAGACUUAGGCACAAGAAAAGGCUGAUGGUGGAGAGACUCUUUCAAAAGAUUUAUGGUGAGAAUGGGAGUAAGUCCAUGAGUGAUGUCAGCGCAGAAGAUGUUCAAAACUUGCGUCAGCUGCGUUACGAGGAGAUGCAGAAAAUAAAAUCACAAUUAAAAGAACAAGAUCAGAAAUGGCAGGAUGACCUUGCAAAAUGGAAAGAUCGUCGAAAAAGUUACACUUCAGAUCUGCAGAAGAAAAAAGAAGAGAGAGAAGAAAUUGAAAAGCAGGCACUUGAGAAGUCUAAGAGAAGCUCUAAGACGUUUAAGGAAAUGCUGCAGGACAGGGAAUCCCAAAAUCAAAAGUCUACAGUUCCGUCAAGAAGGAGAAUGUAUUCUUUUGAUGAUGUGCUGGAGGAAGGAAAGCGACCCCCUACAAUGACUGUGUCAGAAGCAAGUUACCAGAGUGAGAGAGUAGAAGAGAAGGGAGCAACUUAUCCUUCAGAAAUUCCCAAAGAAGAUUCUACCACUUUUGCAAAAAGAGAGGACCGUGUAACAACUGAAAUUCAGCUUCCUUCUCAAAGUCCUGUGGAAGAACAAAGCCCAGCCUCUUUGUCUUCUCUGCGUUCACGGAGCACACAAAUGGAAUCAACUCGUGUUUCAGCUUCUCUCCCCAGAAGUUACCGGAAAACUGAUACAGUCAGGUUAACAUCUGUGGUCACACCAAGACCCUUUGGCUCUCAGACAAGGGGAAUCUCAUCACUCCCCAGAUCUUACACGAUGGAUGAUGCUUGGAAGUAUAAUGGAGAUGUUGAAGACAUUAAGAGAACUCCAAACAAUGUGGUCAGCACCCCUGCACCAAGCCCGGACGCAAGCCAACUGGCUUCAAGCUUAUCUAGCCAGAAAGAGGUAGCAGCAACAGAAGAAGAUGUGACAAGGCUGCCCUCUCCUACAUCCCCCUUCUCAUCUCUUUCCCAAGACCAGGCUGCCACUUCUAAAGCCACAUUGUCUUCCACAUCUGGUCUUGAUUUAAUGUCUGAAUCUGGAGAAGGGGAAAUCUCCCCACAAAGAGAAGUCUCAAGAUCCCAGGAUCAGUUCAGUGAUAUGAGAAUCAGCAUAAACCAGACGCCUGGGAAGAGUCUUGACUUUGGGUUUACAAUAAAAUGGGAUAUUCCUGGGAUCUUCGUAGCAUCAGUUGAAGCAGGUAGCCCAGCAGAAUUUUCUCAGCUACAAGUAGAUGAUGAAAUUAUUGCUAUUAACAACACCAAGUUUUCAUAUAACGAUUCAAAAGAGUGGGAGGAAGCCAUGGCUAAGGCUCAAGAAACUGGACACCUAGUGAUGGAUGUGAGGCGCUAUGGAAAGGCUGGUUCACCUGAAACAAAGUGGAUUGAUGCAACUUCUGGAAUUUACAACUCAGAAAAAUCUUCAAAUCUAUCUGUAACAACUGAUUUCUCCGAAAGCCUUCAGAGUUCUAAUAUUGAAUCCAAAGAAAUCAAUGGAAUUCAUGAUGAAAGCAAUGCUUUUGAAUCAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-723.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -774.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 923.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...........(((((((((..(((...(((((((.(((.........(((((((((.((..(((.((.((..(((.((((....)))))))..)).)).)))....)))))))))))..........(((((..((.(((((...((((........(((((((........((((((.(((((((((.........((((((.((((((....(((.....((((((((((((...............(((((((((((.(((((((((.....(((.(((((((((..........(((((((......(((((((.(.....).))))))).........((..((((((((.(((....(((....(.(((((.....((.((....)).)).....))))).)))).....))).))))))))..)))))))))((((...((((.....((((..........)))).....))))....))))...(((((........))))).((((((...)))))).))))))))))))))))))))).)))))........))))))..)))).)).))))))........)))....))).))).))))))((((...)))).......((.(((....((((((.((((((.....)).)))).))))))..)))))..((((.((((((((.(((((((..(((((.......)))))..)))))...))))))))))..)))).....(((((.(((.((((((((((((..........))))))))(((..(((........((((((((..........)))))))))))..)))..((((((.((..(((((((((.(((((...(.(((.........))).)...)))))((((...........))))..((((((((....))))))))......(((((((((((((.((((...(((((.......)))))...((((((....((......))...)))))).(((........)))...(((..((.(((((.........))))).))..)))...)))).)))))...........(((((..(....)..)))))...)))..))))).......(.((((((((((..(((((....(((((.(......).)))))...))))).))))))))))))))))))))..))(((((...(((((.((((...(((((..(((........(((((((...(((((....((((((.(((((...(.((((...((((((.(((((((..(((((.........)))))..))))))))).....(((............))).................))))...)))))..(((((.(((..........))).)))))......(((((((.((...((((((((((.....((((...................((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))........((((((..((..((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..))..(((((((((((...((..((..((......(((.(.(((.................))).).))).....))..))..))..))).))))))))..))))))........))))....)))))))....)))...))..)))))))..((((...))))))))))))))))))))...))))))).....)))))))))))))))))..)))))))))))))))...))).))))).....))))))))).(((((((......)))))))........((((...))))(((((....))))).((((.......)))).)))))))))))))...(((((..........)))))......)))).))))).)).)))))(((((.....((((((((((...)))))........))))).((((((((((..((..((..((.....))..))..)).......((((((............))))))..((((((.(((((...(((((..((((((...(((....)))....))))))...)))))....((((....))))....))))).))))))...)))))))))))))))....))))))))))..)))..)))))))))(((((((((((....))))).....(((....)))((((((((((((....((((((((..(.(((.(((((.....((((....)))).....))..))).))).)..)))).......))))....))))))))))))......((((((((..((((((((...(((((((((((.(((.(((....))).))).)))))).)))))..........................(.((((....)))).)(((((..(((((((...(.((((....(((((....)))))........)))).))))))))....((.(((((((.(......).)))))))...))...((((((..........))))))...)))))....))))))))..)))))))))))))).)))))(((..(((((((...(((((.((....))..)))))))))))).((((((((((...))))))..)))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({{,.,{,...|{{{{(((({..({{.{.,,,{((({(((({,,.....,{(((((((.{{..(((.((.((..(((.((((....)))))))..)}.)).)))....}})))))))}|,...........||,,...{{{(((,,.{((....||...(((,.,..,,,....||{,||...,||{{|||||......((((({,((((((....(((.....((((((((((((...,..{{{{{{{{{((,{{((((((.((((((({,{{..,(((,((,,{{{{{...}|.|||}.||..||}},,,,|||||||,|,,,,,),))}}|||,.,{{{...((..((((((((.(((.....,(,...(,(((((.....((.((....)).)).....))))).)).......))).))))))))..)).)))),}||||..,{{((||,..(({(,,,..,,,,,||||....,|||.....||||,.}||,,,..|,.,,|}}},..{{{|||,..}})))).})))))))})))}}))))})).}})))...,,}.,}}})}},.))))},).))))))........)))....))).,))})))))){(((...)))},......((.(((....(((((({({{,((.....)).}})).))))))..))))).}||||,((((((((.(((((((..(((((,......)))))..)))))...)))))))))).,))}}{|,.||||{|,|||{{...((((((((,,,...,}},)))))))),,.)))}}..,,,,,|((({{({{..{,,..,..}}||||}|,||,||||{({{{{{{{,{{,|{(({((((((((..,,.(((......))}.})..))}}}}})|.{{{{.,.........||||{.((((((((....))))))))......{{{(((,,{,{{{{(,{,,..(((((..,,,,,|||}}...,||.,{{{..,(((({{{((.,{,,((,,,(((........||,...,.....,.,..,{{||,..,,.,,,}}}}}}|}}}}..|,,||}},,}},,..,....,|||{{..{....}..}}}}|{{{|||.,,|||}.....}}|.((((((((((..(((((....,((((.(......).))))}...))))).)))))))))),,))}))),}|||,.|||,|,..}}},,..,...,|||||.|||||{{{{{{,{(({,,..,}}}.....{||{|{{{|{|||{|..,|||,||{{{{,{{|,{((((((..(((((.........)))))..))))))},,{,{{{{{{{{{{,........,,.............,.{((((,((,.((({,,(((((.{({.{.....,,.,}).))}))......|,...,,})}.}}))),|,,.........((((({((((({{.........((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))(((((((.(((...}}}...((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..||{{,,((,((,.(....,|..||,}||,},...(((.(.(((.................))).).)))....{{{{{||{{||......,,||||||,..|||,,...||},.,}}}.{{.(((((.....))))).))...{{......,}{{,...,}})))))))))))...))))))){({{{..{{{{{.......,))))}))))))}|||||||.|{{,{{||,,...||||.....|||||||||||||,|||||}||((((.((((((.,...{(((...))))}.)),,))).)))).||{....|||{|,{((((((.||...}}.))))))|.....|||||.|||,,..|||,,,,..}}}))})||}}}||||,,,.....,|||||{|||||,}|}}},..}},..,)))}..,,{||((((,,({..,{,}|{,}},.)),,)),,)),,{{{....}))||,..{{{.....))),,),.((((((,(({((.,{(,,,,..,,|||{...,,|}}},)))}}..,,}}}}...)))))}.}}|||}}...,}}}...{|||}}.}}}}}}..,))),,,}}))))))}}..))))))))))}}})}},,)))))))))}{{|,.(((((....))))).....(((....))),(((((((((((....((({{{{{,.{,,{{,{{,,,.....((((....))))..,||||,,,}}.))),)},}},}.......}))),...)))))))))))},|.,|,{(((((({..{((((({(.,.((({{{{{(((,(({.(({....))).))).)))))).)))))..............|||,,.......(.((((....)))).)|||||,,(((({((...(,{(({....{{|||....)))))..,,,.,,)))),))))})))...,|},|||||||}|........}))))}|||.}}...{(((({..........)))))}...,}}))...,))))))))..}}}))))},}))}}})}}}}{{{|,(((((((,..{((((.{{....},..)))))))))))).|||{{(((((...)))))),.})},.,})