Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LMO7_0012100

Sequence Length

1403 nt

GC Content

0.4326

GUUUUGAAAGUGACACAGAUUCGGAAUUUACAUUUAAGAUGCAGGAUUAUAAUAAAGAUGAUAUGUCGUAUCGAAGGAUUUCGGCUGUUGAGCCAAAGACUGCGUUACCCUUCAAUCGUUUUUUACCCAACAAAAGUAGACAGCCAUCCUAUGUACCAGCACCUCUGAGAAAGAAAAAGCCAGACAAACAUGAGGAUAACAGAAGAAGUUGGGCAAGCCCGGUUUAUACAGAAGCAGAUGGAACAUUUUCAAGUAAUCAGAGGAGGAUUUGGGGCACCAAUGUGGAGAACUGGCCAACUGUACAAGGAACUUCAAAGUCCUCUUGUUAUUUGGAAGAGGAAAAAGCAAAGACAAGAAGCAUACCCAACAUUGUAAAGGAUGAUCUUUAUGUGCGCAAGCUCAGUCCAGUCAUGCCAAACCCAGGGAAUGCUUUUGAUCAGUUUCUUCCCAAAUGUUGGACCCCAGAAGAUGUGAACUGGAAAAGAAUAAAAAGGGAAACUUAUAAGCCAUGGUAUAAAGAAUUUCAGGGAUUCAGUCAGUUUUUACUGCUUCAGGCCCUCCAAACAUACUCUGAUGACAUCUUGUCUUCUGAAACACAUACCAAAAUUGAUCCCACUUCUGGCCCAAGGCUCAUAACCCGCAGGAAGAAUCUCUCUUAUGCACCAGGCUAUAGAAGAGAUGACCUCGAGAUGGCAGCCCUGGAUCCUGACUUAGAGAAUGAUGAUUUCUUUGUCAGAAAGACUGGGGCUUUCCAUGCAAAUCCAUAUGUUCUCCGAGCUUUUGAAGACUUUAGAAAGUUCUCUGAGCAAGAUGAUUCUGUAGAGCGAGAUAUAAUUUUACAGUGUAGAGAAGGUGAACUUGUACUUCCGGAUUUGGAAAAAGAUGAUAUGAUUGUUCGCCGAAUUCCAGCACAGAAGAAAGAAGUGCCGCUGUCUGGGGCCCCAGAUAGAUACCACCCAGUCCCUUUUCCCGAACCCUGGACUCUUCCUCCAGAAAUUCAAGCAAAAUUUCUCUGUGUACUUGAAAGGACAUGCCCAUCCAAAGAAAAAAGUAAUAGCUGUAGAAUAUUAGUUCCUUCAUAUCGGCAGAAGAAAGAUGACAUGCUGACACGUAAGAUUCAGUCCUGGAAACUGGGAACUACCGUGCCUCCCAUCAGUUUCACCCCUGGCCCCUGCAGUGAGGCUGACUUGAAGAGAUGGGAGGCCAUCCGGGAGGCCAGCAGACUUAGGCACAAGAAAAGGCUGAUGGUGGAGAGACUCUUUCAAAAGAUUUAUGGUGAGAAUGGGAGUAAGUCCAUGAGUGAUGUCAGCGCAGAAGAUGUUCAAAACUUGCGUCAGCUGCGUUACGAGGAGAUGCAGAAAAUAAAAUCACAAUUAAAAGAACAAGAUCAGAAAUGGCAGGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-352.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -381.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 427.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((..((((..(((((((((((....((((...)))).(((((......(((((((((.((..(((.((.((..(((.((((....)))))))..)).)).)))....)))))))))))......................)))))..((((.((((((((((((.....(((((((.((..((((((.((((......((((((.((((((....(((.....((((((((((((...............(((((((((((.(((((((((.....(((.(((((((((..........(((((((......(((((((.(.....).))))))).........((..((((((((.(((....(((....(.(((((.....((.((....)).)).....))))).)))).....))).))))))))..)))))))))((((...((((.....((((..........)))).....))))....))))...(((((........))))).((((((...)))))).))))))))))))))))))))).)))))........))))))..)))).)).))))))........)))....))).))).))))))((((...)))).......((.(((....((((((.((((((.....)).)))).))))))..)))))..((((.((((((((.(((((((..(((((.......)))))..)))))...))))))))))..))))....)))).)))))).)).).))))))......))))))...(((((((.(((((((...(((........)))....)))))...)).)))))))))))..)).)))))))))))))))........((((((.(((.((((((....((((.(((((.........(((((...(((((.((((((.(((........(((((((((((((.((((...(((((.......)))))...((((((....((......))...)))))).(((........)))...(((..((.(((((.........))))).))..)))...)))).)))))...........(((((..(....)..)))))...)))..))))).......(.((((((((((..(((((....(((((.(......).)))))...))))).))))))))))))))..)).))))..)))))...))))).........))).)).)))).....((((....)))).....)))))).(((((......))))).))).))))))((((((..(((((.........)))))..))))))........................))))..)))))).(.(..(.(((....))))..).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((((((,.((({..{,{{{{{{{{{{{{.,.,,,..|{{{{,|{|||,,....,,{{|{{|.{,,.|||,|{.{{..|||,((((....)))),}}..||{||{|,},,,,|,}||||||||{,,.,.,.....}}.,,..,,,{((({,{{({{.{{{,,,(((,.,..||,,{{{{{{.{{..{{{{({.({{{......((((({,((((((....(((.....((((((((((((...,,,{|||{{{{,(({({((((((.((((((({{,,..,(((,(({{{{{{{...}|.||||,||.,||},,,,,||||||{,|,,,,,),))}}|||,.,,{{...((..((((((((.(((.....,(,...(,(((((.....((.((....)).)).....))))).)).......))).))))))))..)).)))),}|||{..,{(((||,..(({(,,,....,,,||||....,|||,....||}|,.}||.,,..|,...})}},..{{{|||,..}))))).})))))))))))}}))))})).}})))...,,,..}})))),.))))}}).))))))........)))....))).,))})))))){(((...)))}.......((.(((....(((((({(,{,((.....)).}})).))))))..))))).}((((.((((((((.(((((((..(((((,......)))))..)))))...))))))))))..)))).,..}}}}.}}||||,,,.|,||||||.....,|}},}}}}}}||{{{|,|||..|,,,,,(({{{{{{..{....,..})))}}})},}}}}}}}||||,,|},}}}}||||||||||)|.,,,.||||,|,,.}||,||||||,,,|{{({.(((((.........(((((...(((((.(((({{.|||.|......{{{(({,{{,{((({.{,...(((((.......)))))...,||..{,,...(((((((((..,..(({{,(((........,,....,.....,.{,.,,,||,.....,,,))})))}))))..}..)))),,)))}..,,....|((((..{....)..))))),|,}}},}}}))).....,,|.((((((((((..(((((....,((((.(......).))))}...))))).)))))))))),})),,)).))))..)))))...))))).........))).)).))))}.,,.||||}}...}}}.,,.})))}},.|||||},,...})}}}.,,,.,,||}{((((((..(((((.........)))))..))))))},,,,}}.}}))),}.........))})..))}}}}.{.{..{.{{{....))))..).)