Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LMO7_0013700

Sequence Length

2030 nt

GC Content

0.4473

UCAGUUUUUACUGCUUCAGGCCCUCCAAACAUACUCUGAUGACAUCUUGUCUUCUGAAACACAUACCAAAAUUGAUCCCACUUCUGGCCCAAGGCUCAUAACCCGCAGGAAGAAUCUCUCUUAUGCACCAGGCUAUAGAAGAGAUGACCUCGAGAUGGCAGCCCUGGAUCCUGACUUAGAGAAUGAUGAUUUCUUUGUCAGAAAGACUGGGGCUUUCCAUGCAAAUCCAUAUGUUCUCCGAGCUUUUGAAGACUUUAGAAAGUUCUCUGAGCAAGAUGAUUCUGUAGAGCGAGAUAUAAUUUUACAGUGUAGAGAAGGUGAACUUGUACUUCCGGAUUUGGAAAAAGAUGAUAUGAUUGUUCGCCGAAUUCCAGCACAGAAGAAAGAAGUGCCGCUGUCUGGGGCCCCAGAUAGAUACCACCCAGUCCCUUUUCCCGAACCCUGGACUCUUCCUCCAGAAAUUCAAGCAAAAUUUCUCUGUGUACUUGAAAGGACAUGCCCAUCCAAAGAAAAAAGUAAUAGCUGUAGAAUAUUAGUUCCUUCAUAUCGGCAGAAGAAAGAUGACAUGCUGACACGUAAGAUUCAGUCCUGGAAACUGGGAACUACCGUGCCUCCCAUCAGUUUCACCCCUGGCCCCUGCAGUGAGGCUGACUUGAAGAGAUGGGAGGCCAUCCGGGAGGCCAGCAGACUUAGGCACAAGAAAAGGCUGAUGGUGGAGAGACUCUUUCAAAAGAUUUAUGGUGAGAAUGGGAGUAAGUCCAUGAGUGAUGUCAGCGCAGAAGAUGUUCAAAACUUGCGUCAGCUGCGUUACGAGGAGAUGCAGAAAAUAAAAUCACAAUUAAAAGAACAAGAUCAGAAAUGGCAGGAUGACCUUGCAAAAUGGAAAGAUCGUCGAAAAAGUUACACUUCAGAUCUGCAGAAGAAAAAAGAAGAGAGAGAAGAAAUUGAAAAGCAGGCACUUGAGAAGUCUAAGAGAAGCUCUAAGACGUUUAAGGAAAUGCUGCAGGACAGGGAAUCCCAAAAUCAAAAGUCUACAGUUCCGUCAAGAAGGAGAAUGUAUUCUUUUGAUGAUGUGCUGGAGGAAGGAAAGCGACCCCCUACAAUGACUGUGUCAGAAGCAAGUUACCAGAGUGAGAGAGUAGAAGAGAAGGGAGCAACUUAUCCUUCAGAAAUUCCCAAAGAAGAUUCUACCACUUUUGCAAAAAGAGAGGACCGUGUAACAACUGAAAUUCAGCUUCCUUCUCAAAGUCCUGUGGAAGAACAAAGCCCAGCCUCUUUGUCUUCUCUGCGUUCACGGAGCACACAAAUGGAAUCAACUCGUGUUUCAGCUUCUCUCCCCAGAAGUUACCGGAAAACUGAUACAGUCAGGUUAACAUCUGUGGUCACACCAAGACCCUUUGGCUCUCAGACAAGGGGAAUCUCAUCACUCCCCAGAUCUUACACGAUGGAUGAUGCUUGGAAGUAUAAUGGAGAUGUUGAAGACAUUAAGAGAACUCCAAACAAUGUGGUCAGCACCCCUGCACCAAGCCCGGACGCAAGCCAACUGGCUUCAAGCUUAUCUAGCCAGAAAGAGGUAGCAGCAACAGAAGAAGAUGUGACAAGGCUGCCCUCUCCUACAUCCCCCUUCUCAUCUCUUUCCCAAGACCAGGCUGCCACUUCUAAAGCCACAUUGUCUUCCACAUCUGGUCUUGAUUUAAUGUCUGAAUCUGGAGAAGGGGAAAUCUCCCCACAAAGAGAAGUCUCAAGAUCCCAGGAUCAGUUCAGUGAUAUGAGAAUCAGCAUAAACCAGACGCCUGGGAAGAGUCUUGACUUUGGGUUUACAAUAAAAUGGGAUAUUCCUGGGAUCUUCGUAGCAUCAGUUGAAGCAGGUAGCCCAGCAGAAUUUUCUCAGCUACAAGUAGAUGAUGAAAUUAUUGCUAUUAACAACACCAAGUUUUCAUAUAACGAUUCAAAAGAGUGGGAGGAAGCCAUGGCUAAGGCUCAAGAAACUGGACACCUAGUGAUGGAUGUGAGGCGCUAUGGAAAGGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-559.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -598.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 431.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((....))))...(((.((((((.....((((((..(((.(((..((((((((....((((((((..(((..(((((.((((.(((...((........))...((((((.((((((.....(((((((((......(((.....)))...((((.((((((((.(((((((..(((((.......)))))..)))))...))))))))))..)))).......(((.(((((...((((((((..........))))))))...)))))..))).((((((...(((((.(((((.(((((..(......)..))))).))))).))).((((((((..((.(((......))).))..))))))))..)))))))).......(((((...(((((.((((((.(((........(((((((((((((.((((...(((((.......)))))...((((((....((......))...)))))).(((........)))...(((..((.(((((.........))))).))..)))...)))).)))))...........(((((..(....)..)))))...)))..))))).......(.((((((((((..(((((....(((((.(......).)))))...))))).))))))))))))))..)).))))..)))))...))))).......))))..))))))))))).))))))...........))).)))))))))...)))...)).)).)))).....)))))))).......((((((.(((((((.(((((((..((((.((((..((.((((((..............((((((((..(((...(((((.(((..........))).)))))............((((.........))))......(((((((((((((.........((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))(((((((.(((...)))...((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..((((..((.((..(.....)..)))).))))...(((.(.(((.................))).).)))....(((((((((((............((((.(((.....)))..)))).((.(((((.....))))).))...((......)).........)))))))))))...)))))))((((((.(((((........))))))))))).(((((.(.(((.((.......((((.....(((((((((((((.(((((.((((((.((((((.....((((...))))..)).)))).)))).)).....(((((.(((((((.........))))))).....(((((.(((....(((......)))))))))))))))).........))))).)))).))))))...)))...)))).......(((((((.....))).)))).)))))))))))......((((((............))))))..(((((..(((((..((.(......).)).....))))))))))...........)))))).)))))))...(((((..((((...........)))).....))))))))..)))))))))))))).)).)))).))))......(((((....))))).....(((....))).(((((((((((....((((((((..(.(((.(((((.....((((....)))).....))..))).))).)..)))).......))))....))))))))))))))))))..))))))).)))))).....(((((((((((.(((.(((....))).))).)))))).)))))..............(((.......)))))))))..)))))))))))...(((((((...(.((((....(((((....)))))........)))).))))))))...).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((({...((((((((((((((.....((((((..(((.(((.,((((((((....((((((((..,((,.(((((.((((.(((...,({{{.....,({.(((,...{(((((((,,,((.....)},}})}.})))))..})))}.,((((.((((((((.(((((((..(((((,......)))))..)))))...))))))))))..)))){{,,{{,{{(.(((((...((((((((,{,....}}.))))))))...)))))..}})}}},|||||||,,{,.,,{,,,|||||,|{,,.,,,}.{|||||{|||||,|||,({{{{{||,.,..{{{......)}},)),,))}}}}})|.{(((,,.........||||{.{{((((({,,,,||}|||}}...,,,(({(({,{{{((((,.{,...(((((.......)))))...,||..{{{...(((((((((.....(({{,(((........,,....,.....,.,...,|||,.....,..))})))}))))..,..)))),,))))..,,....|((((..{....)..))))}{{{|||,,,,||}.....}}|.((((((((((..(((((....,((((.(......).))))}...))))).)))))))))),,))}})).}|||..}}},}...))),}..,,,,}}}))).})})))}}}|}.|||}}}...,},.,,..))).))))))))).,,),,...)).))},))).....)))))))),......((((((.(((((((.(((((((,.((((.((((...,.{{{{{,............{(((((((((..(((.(((((((.{{{,{.....,,.,||,||}}}......,.....||||.},}}}.,.,.,,......(((((((((((((.........((((....((((((..((((.((((...)))).)))).))))))....))))(((((((.(((...})}...((((((((..((((.((((........))))..))))..))))))))..||{{,,((,((..(....,|..}},}||,},...(((.(.(((.................))).).)))....(((((((((({......,,||||||,..|||.....|}},.,}}}.{{.(((((.....))))).))...{{......,}{{,...,}})))))))))))...)))))))(((((,,(((((........))))))))))).((((({(.(((.((.......((((.....(((((((((((((.(((((,({((((.((((((.,...{(((...))))}.))},))).)))).)).....(((((.(((((((.,,...,,.))))))).....(((((.(((....(((......)))))))))))))))).........))))).)))))))))))...)))...)))).......{((((((.....))).)))}.))))))))))),{{{..,,||||,,..{{{.....))),,),.((((({{((,{,.{((........)})......))))))))))...........)))))).)))))))...,,,,,..((((...........))))...,,))))))))..)))))))))),))).,}.)))).})))......(((((....))))).....(((....))).{((((((((((...,((({{{{{,.(,,{{,{{,,,.,...((((....))))..,,,||,,},},))),},,)},).......)))),,..))))))))))))))))))..))))))).)))))).....(((((((((((.(((.(((....))).))).)))))).)))))..............|||........,.))))))..)))))))))))..))).))}....)))...}))))))}})(((((..{.((((.(((...))))))).)..))).))