Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LPAR1_0001100
Sequence Length
2783 nt
GC Content
0.4053
GUGGACGUCUGAUUUAUGAAGCUCCCCAUCCACCUAUCUGAGUACCUGACUUCUCAGGACUGACACCUACAGCAUCAGGUACACAGCUUCUCCUAGCAUGACUUCGAUCUGAUCAGCAAACAAGAAAAUUUGUCUCCCGUAGUUCUGGGGCGUGUUCACCACCUACAACCACAGAGCUGUCAUGGCUGCCAUCUCUACUUCCAUCCCUGUAAUUUCACAGCCCCAGUUCACAGCCAUGAAUGAACCACAGUGCUUCUACAACGAGUCCAUUGCCUUCUUUUAUAACCGAAGUGGAAAGCAUCUUGCCACAGAAUGGAACACAGUCAGCAAGCUGGUGAUGGGACUUGGAAUCACUGUUUGUAUCUUCAUCAUGUUGGCCAACCUAUUGGUCAUGGUGGCAAUCUAUGUCAACCGCCGCUUCCAUUUUCCUAUUUAUUACCUAAUGGCUAAUCUGGCUGCUGCAGACUUCUUUGCUGGGUUGGCCUACUUCUAUCUCAUGUUCAACACAGGACCCAAUACUCGGAGACUGACUGUUAGCACAUGGCUCCUUCGUCAGGGCCUCAUUGACACCAGCCUGACGGCAUCUGUGGCCAACUUACUGGCUAUUGCAAUCGAGAGGCACAUUACGGUUUUCCGCAUGCAGCUCCACACACGGAUGAGCAACCGGCGGGUAGUGGUGGUCAUUGUGGUCAUCUGGACUAUGGCCAUCGUUAUGGGUGCUAUACCCAGUGUGGGCUGGAACUGUAUCUGUGAUAUUGAAAAUUGUUCCAACAUGGCACCCCUCUACAGUGACUCUUACUUAGUCUUCUGGGCCAUUUUCAACUUGGUGACCUUUGUGGUAAUGGUGGUUCUCUAUGCUCACAUCUUUGGCUAUGUUCGCCAGAGGACUAUGAGAAUGUCUCGGCAUAGUUCUGGACCCCGGCGGAAUCGGGAUACCAUGAUGAGUCUUCUGAAGACUGUGGUCAUUGUGCUUGGGGCCUUUAUCAUCUGCUGGACUCCUGGAUUGGUUUUGUUACUUCUAGACGUGUGCUGUCCACAGUGCGACGUGCUGGCCUAUGAGAAAUUCUUCCUUCUCCUUGCUGAAUUCAACUCUGCCAUGAACCCCAUCAUUUACUCCUACCGCGACAAAGAAAUGAGCGCCACCUUUAGGCAGAUCCUCUGCUGCCAGCGCAGUGAGAACCCCACCGGCCCCACAGAAGGCUCAGACCGCUCGGCUUCCUCCCUCAACCACACCAUCUUGGCUGGAGUUCACAGCAAUGACCACUCUGUGGUUUAGAACGGAAACUGAGAUGAGGAACCAGCCGUCCUCUCUUGGAGGAUAAACAGCCUCCCCCUACCCAAUUGCCAGGGCAAGGUGGGGUGUGAGAGAGGAGAAAAGUCAACUCAUGUACUUAAACACUAACCAAUGACAGUAUUUGUUCCUGGACCCCACAAGACUUGAUAUAUAUUGAAAAUUAGCUUAUGUGACAACCCUCAUCUUGAUCCCCAUCCCUUCUGAAAGUAGGAAGUUGGAGCUCUUGCAAUGGAAUUCAAGAACAGACUCUGGAGUGUCCAUUUAGACUACACUAACUAGACUUUUAAAAGAUUUUGUGUGGUUUGGUGCAAGUCAGAAUAAAUUCUGGCUAGUUGAAUCCACAACUUCAUUUAUAUACAGGCUUCCCUUUUUUAUUUUUAAAGGAUACGUUUCACUUAAUAAACACGUUUAUGCCUAUCAGCAUGUUUGUGAUGGAUGAGACUAUGGACUGCUUUUAAACUACCAUAAUUCCAUUUUUUCCCUUACAUAGGAAAACUGUAAGUUGGAAUUAUCUUUUGUUUAGAAAGCAUGCAUGUAAUGUAUGUAUGCAGUAUGCCUUACUUAAAAAGAUUAAAAGGAUACUAAUGUUAAAUCUUCUAGGAAAUAGAACCUAGACUUCAAAGCCAGUAUUUGUUUAGGUCAUGAAGCAAACAAUGCUCUAAUCACAAUAUUAACUGUUUAAUUAAAAUGUUGUAACAAGUAUAAAACAGGGAAUGUAAGUUUAUUACCAAAGUGAUAUGUAUUCCAAAAAAGUCAUAGAAGAUGAAGCACUAUAAUAUUGUUCCCAUAUAUUUAAAAUACCCAAGUACAUUCUAAUUACCAGUAUAUCAGAGGAAAAUUUUCGUAGUCUUUGUAAAAUAAUAUACUCAUCAUAGAAAACUUGAAAAAUGCAGAAAUGUAUAAAAAAGCAAAAAUGAUUACUGAUAAUAUCACAACCCAGAAGUAACCACCUUUAAAAAGCAACCCCCAUGUAUGCCUAUAUGUGUAUUGUAUACUUUUUUUACAUAAUUGGAGUCAUACUGUAAACAGUUUUAUAAGUAGAUCUUUUUCAUUGCAAAAUUGCCACAUUUUCUUAUGGCAUUAAAAAUUUUACAAAAACAUAAUUUUAAUGGCUAUAUUAUAUUCCAUUUAAUGGAUGCAACUCAGUUUAUUUAACCAUUCCCAUGUUGUUAACUAUUUAGGUUGUUUCUAAUUUUCAUUAUUAUAAAGUUGCAGAAAUUUGGUGUACAUAAAACUGUCUCCAUAUAAUUGAUUAUUAGGAUAUAUUCCCAUGAAGGAUUCUUUUUUUAAAAAAAUGUGAAAUGUCAUCUUGUACUUACACCUUUCAUGAAAAGGGAUUUCCUGCUUUUGUACUGCAUGGGUGGCAGUUGUGAGGAAAAGCCAGUCAAAUGACCUUUUUACAAAAGAAAUGCAGUGGUCACUUCAGUUGAGAGUGACUUUUUAAUACAACAAGAUCAACUAGAAGAAUUCAACUGUCUCAAGAAUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-711.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -766.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 825.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(.((((((..(((((.((.............(((.((((((((......(((.......)))......)))))))).))).............)))))))....)))))))..((((......))))......((.(((((((..(((..(((((.(((.((((((((((..(((((.((((....(((...........((((......))))..........((((((.((..(((((((.((((((((((..((.((..................))))..)))).)))))).((((((((((((((...((((((((....((((((.((((.((((.......((((..............((.((((((((((..(((...(((((((.....)))).))))))((..(((.((..(((((........)))))..))..)))..)).(((((....))))))))))))))).))...............)))))))).)))).))).)))...))))))))...).)))(((.(((.....)))))).((.(((((((((((((.(((((((((((((((......))))..........(((..(((.....(((....)))..)))..)))....)))))))).....))).)))))..)))).)))).)).(((((((..((..((((((........(((((((((.((((...)))).((((((....((.........)).....))))))..))))))))).....(((.((((.......))))..)))))))))..)).....)))))))))))))))))..))))))).(((((((.....(((((((.......)))))))......((((...)))))))))))....(((..(((((((....((....))....(((((((((((..(((....)))........(((((((.......((.((.(((.....(((..((((((.......((((((((((((((....)))))).)))).)))).......))))))..)))...)))..)).)).......((((((.((((.....((((((.((.............))))))))........))))))))))..(((.(((((....)))))))).........))))))))))))))))))..)))).)))..)))................)).)))))))))....)))).)))))..)))))))))))))...(((...((((((((((.........((((((((((((((........)))))(((((((...((((....)))))))))))...)))))))))...((((((.....)).)))).........(((..((((.....))))..)))....((((.((.(((((...........))))).)).)))).....)))))))))).)))(((...(((((.......))))).))).((....))((((((((((.(((......))).)))).))))))..((((((((.......................)))))))))))))..((((((((....))))))))(((((......)))))............(((((((.(((((..((((((...((((((((.(((((((((((((.....(((((......)))))..((((((....(((.(..((...(((((((((((....(((((((((..((((((........))))))........))))))))).....)))))))).(((((((((.....)))))))))(((((.((((..((((.....)))))))))))))............((((((........)))))).((((..(((............)))..)))))))..))..))))..))))))(((((..((((((.((.....(((....)))...)).))))))..)))))..))))))))....))))).))))))))...))))))...)))))..))))).))...((((((((......(((((........(((((...(((((......(((((((((((((.............)))))).......))))))).....))))).)))))....(((((....)))))..........)))))......)))))))))))..))))))).)).))))(((.............(((..((((.......(((((...)))))........))))..))).(((.(((((((((....))))).)))))))(((((((.(((((..((((((((.......(((((((((((((.................))))))).))))))......(((((...))))).((((((.....((.(((((.((......)).))))).))....))))))(((((((..(((..((((((..(..((((.....((.....)).....))))..)..)))))))))..))))))).......(((((.((((.((((((((((..(((.(((((...............)))))..)))..))))))))))..))))((....))....)))))))))))))))))))))))))...(((....)))(((((...)))))....(((((((...((((((((((...((..............))...)))))).))))...)).)))))..........)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.,.,.,......,,.,.....,.)))))((.{{(({({{{{(((.,,{{,({(,,,,.,,|||,..|,.}}}}||||,.|(({......||}(((((((((((..,....{{{{(,,,.....})))).....,((.((((((((((((...((((((....(((((((((..(((,.((.((((((.........{{......((((.((((((...((((((.(((((((({{.((((,((((((,((({....,((((((((((((..({,...........((((.,((...))}.)))).{,.{{.....||,||,,.,}},,||||}||||}}}}}}}}.}}}}}}..}}.,,}})}}...((.((((((((((..(((...(((((((.....)))),,)))))((..(((.{(..(((((........)))))..))..)))..)).(((({....})))))))))))))).))........,,{({.{{{{||||}.}||,.,,,.,))...))),,))),.}}),}))}}},...{(((({(,{,....,,,,..,,||||}}}|(((.,.(((((((......))))))}}}}....{|||||||,....,||,,,.}}}..))}.,|||,,{,|,,||,,}|||..||,,}}}||{{|||{{{{||,,|,||{(..,..)))}}}))))))}}}}}|||||}}},}}})),)}})))))))))))))...)))))).)))).....}}.......)))))),)}.....(((.((((.......))))..))),{{((.........))))))))))))))))...))))))...,}}))),.....(((((((.......)))))))(((((((((({{.,{||{,|||,|{{{({(,.{({{,.},..))))),..},|||,||||((((((((..((((((((.,.((((((((((,..,,({{(,(((,.(((,,({(,((({(((((.((({....((((((((((((((....)))))).}))).))))..{(((((.....{{{.,((((((((,({.,.......((((((,(((,.....||||{{.,,......,,,.....,}}}))},,}.....,,,,))))))..(((.(((((....)))))))).((((((((,((({....,..|||,..,.,.,(((((.((((...((.(((((((...{(...((((.......))))...))......))))))).})...))}}.}))))..(((({.,.....,))}}},,..(((((........)))))..,,.,,....,|,..))))..)))))))),}})).))))))}}}}}....))))))......}}}}..}}}}}}}{{((|...,})}}}},))}..}|||{|||.,|||||,,,,.,,.....,||.,}|||||,,,..,,||,|||||{...{{{,,{((({(,...,.,))))).,})|({....}},{|||{{{||,|||...,..})},)})),))))),,||{{{{(((,,,||,.|{.......,}...,.))})))))))},},.((((((({....}))))))){((((......))))).,....,,,,,.{{(((((.{((((,,{(((({...((((((((.(((((((((((((..,,,{{(((......))}}|,,((({((,,..{((,{..{,...(({((((((((....(((((((((,{((((((........)))))}....,}).))))))))).....))))))),.(((((((((.....)))))))))(((((.((((..{{{{.....}}}})))))))))............((((((........)))))),.,,,.,|||,,,....}}}),))),.}}}})}}..},.,)))}..}}}}}}{((((..((((((.,{.....{{{....}}}...,,.))))))..)))))..)))))))}...,))))).)))))))),..}))))).,,))))),.))))).,}..,{{{,,|,...,,.}}},........)))))))))).....)))),}))).,.)))))))}..}}}}}}}}}}}}..|{{{......,.}}},,|||||.,....{{|.....(((((....)))))....}}}......||||...,,,,...}})}...))))))).)}.............,({{{....(({(((,,..}}}}}},|,,,}}}.......,..}}}},.))))))))))),|||...{{{{{{{{{|..({{,((({,{(((.{((((..,{(((((,.......{((((({(({(((,{,............}}))))))}||))))}......{((({...})))}.((((((.,,..,{.(((((.((......)}.))))).}}.,,.)))))),|||{{{..{{{..{{{{{{..{,,||||,,...{|,,.,,)),},,,))))..}..}}}}}}})}..))}})||.....,||{{{{.((((.((((((((({..{{{.,((({...{{{,...,}.},}},)),.)))..))))))))))..))))||,..,))},,})}))))))}))))),)))))},,}}...(((....))){{{{{,..,}}})....|{{{{|(,,,((((((((((..,||..............}}...)))))).))))...}}.,)))),}}.,)}....))
Back