Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LPAR1_0006300

Sequence Length

1193 nt

GC Content

0.2674

AUAUUAAUGCAAGAAGGGAACUAGGACACCAGGAACAGCCACUGUUAACAUUCUCCUAUAAUUUCUGCCUGUUAUUCCUCUGCAAGACCUUUAUGAGAGCUGAAUGUAUUUUUGUUCUGUGUUUUAAAAUUUUAACAUUUAAAGGCAGUGCUUUCCUGUCACAUUGUAAGUCUCUGAAAACAUUGUAUAUAAAUAUAUAGAUAUAUUGCAUAUUUGUUUUCAAUUUUAAAGUGGGAUUUUCUUGCACAAAGGUUUGUAUACAAUUCUAUGGCCAACUGACCUAUCUAUGUAUCCAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUCCUAAUUAUGAAAUGAGAAAUGAAAAUAUGUAAAGUGUAAACUAUAUAAACAACAAAAACAAAUGAGAAUUUGUAAAAUAUAAAAAUCAUAGUAACUUAGCAUCCAUAAUAAAAUCUCUAUUAGUGUUUGUAAGUACCAAGUCUUUUCCCCUCCAUAUUUAGACAUAUAAUUUAUUCAAUUAUUGAUUAGAAAUUAUAGGUAAAAAUCAUCCAAAUCAUGCAAAUUCUGAAAAACUAGAAAUAGCAGCUGUUAACAGUAUUGGUAUAUGUCCCUUCAUAUACUCAAAUACAUAUAUAUAUGCCCAGUAUUAUUUUCUAUUAAUUUUUAAAUAACUUUUUUUACUAUAAAAGUGAUUCAUAUAUAAUUCAGAACCCCUGGAAAAUAUAAAAAUGUAAACAAAAAAUGGACUGAAAUAUUUCCACUCAAACAUAAACCAAUCAUUUUUACCAAUUCUUCCAAAUAUGUACACUUAUGUCUGUAAACCCCACACUUUUCAAAAAAUAAAAAUGACACAAGUAUAUAUUGCUUUGUGGCUUUUUAAAAAAUAUUUAGGAAUGUAUCAAACAUUUUUGUGUUAAUAAAUGCUCAAUAAAAUUUGUUUUGGUAUGAAUUUUUUUUUUUAAAUCUCAUUCCUGACUCUAAACCUCACUUUGAGAUUUCCCAUCUGUGCCUCUGUGUAAUUCGUUUGUAGUGAUGGUCCACUUUACUAAUUAUCUCUUCAGUUGCACUUAAUCAGCUGUAUUACUCACCUACUGAAUAUCUAAUUUGAAAUACUGUGUUUUUAUAUUUCUAGGAACCCUGUUUCUAUUUUUAUUUUAGGAACCCUGUUUACAUCUUCUUAAAAGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-205.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 335.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...)(((..(((((((((((.(((....((((((.(((.((((((.((((((((.(((((..(((((..(........).)).)))...))))).))...))))))...........(((((..........))))).....)))))))))))))))......((((((((((((((((((..((((...((((((....))))))..)))).))))))))..........))))....))))))...(((((.((...((......))....)).)))))............((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))).(((((((..((((((..((((((.......((((.(((....))).))))..........((((((....)))))).(((((((((((.((((((((((((.((..(((((((.......)))).)))..))))))).....((((................))))..((((((.....)))))).(((((((.(((.(((((.......................(((((......)))))...(((((((((((..(((((((((((((......))))))))..)))))........((((...)))).......................((((((........))))))(((((((((....(((((.....))))).(((((((((((((..........((((..........))))................(((((((((.............(((((......))))).(((.......)))............)))))))))((((((((.....))).)))))((((((((((.....)))))))).)).....)))))))))))))(((((((..........)))))))...))))))))).........((((((((....(((.........)))...)))))))).......((((..(((.((((((.((....((((......))))..)).)))))).....)))..)))))))).))))))).......)))))...))).))))))).....))))))))))))))))))..(((...)))))))))..)))))).))))))).)))))))...)))))))....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{...|(((..(((((((((((.(((....((((((.((,,((((((.,{{{(({(.(((((..(((((..(........}.))},))...)))))|)}|..|||||}.....,},,,.{((((..,.......))))).....)))))))))))))))...{.{{,{{{{{,,,((((((((..((({.,.((((((....}))))),.}))}.)))))))),,||,,.,|||{({,....,|{||,,.((({(,({...{|......))....}}.))))).....}}}},.,((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))}.{((((((..((((((..(((({{.....,,{(({.{((....))),))))..........((((((....)))))).(((((((((((.((((((((((({{((..(((((((.......))))},))..))))))).....((((................)))).{(((((({..((({...,}||,{{{|,|||}||{{{{{{{,(((((((({....{{{{,(((((......))))}..{(((,,(((((({,(((((((((((((......))))))),},)))))...,{{{{(({....|,||{{,.....,.,........||,.((((((........)))))).||,}}|||||,.(((((.....)))))..|||||,,{||{,...,.,,,,{(({,.{{{.,,,,,|||.......,,,........|||||||,...........,,{{|||,,...,},}}}.}},......................||||||.},((((((((.....)))}}}))),,|}}}}|.......,,||))}}|||.,,,.}))))))))))))}))}..)))}.......}}))))))))).)))},))}},......{(((((((....(((.........)))...)))))))}.......((((..(((.{{{(({.((...,((((......))))..)).)))}),.....)))..)))).,,.,|||,,|,.......},},,,}}),}.||,,,,,.},..)))))))))))))))))).,(((...}))))))))..)))))).))))))}.)))))))...)))))))....}))