Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LPHN3_0004200
Sequence Length
2351 nt
GC Content
0.3535
AAUGAGUAGGACAUUCAUUACCAGACCCCUUGACUGUCUCAAACCUUUAGGUUGUUGACUCAGUGUGCUUAUUGGAGGUAGGUAACCAGUAUUCUCUUACUCCAUUGACAAACAUGGGUUCUCAUUUGUUGGGAAAAAAGAGAGGAAAGUCUUUGUACCAAAGACUUACACCAAGAGGAAUUGUUGUCUGAUUUCCAAACAGGCCAGGGAAUAUACUGUGUUGCAGGAUCCCCUUGGGUAUUCAUUAAAGCAUAGUGACUGUGUCACAGGGGUGAGAGCCUAGAGAGCUGACAUGGACCUAUUUUGUAAUAUGUGCACAACUUUGUUUGUAUGUUCAGUUCCACACACACACACACACACACAUAUAUACAUAUAUAUAUAGGAUUAAGUAUAUUUAUAGCCUUUCCAAUCAAUACCAUUUGUAUUACAAAUUUAUUUCUAGAAUUACUUUGUACUUUAUAAUGAAAGUGAGCUUCAAAGGCUUUGAAAUUUUGCAUAUAAGUUAGUAAAUUGUUAUCUCUGUGAGAGUUGCACCAGAUGAUCUCUAAAUGCUCUUGCAGCUCUAAAUCCCUAUGAUUCUGUGAACCACGAUUAUUUUUUCCCAAAUUAAGCCUCCACCUAUAUGAUUUUUGGCCUUUGCUUAAUUCUGAGUGUAUACAUCUUUAUCAAAAUACUGUACAAGCAGUCAAGUCGCAUUAUCAAUAAUCAGUAGUUGAGAAAAAGAAAGCUUGCUAAUUUGGGCUUUUUUCAUAUUAACCACUGCUCAAACUCAUUAUGCAUUAUUUCUUUUUCAGUUAGAGGAGUUCAUUUACAUUCAGCAUCUUUGGGUUAAGUCAAGGUGAAAAAGCAUUCACCGUACAGUCCCCAAUUCACUUCCAUCUUCUAGAAUUGUGAGUCAUUUUUUUAGAAGUUUUAAAAUGGGGAUUGUAAACUCAGAAGCCUCAUGGGUCAGGUAGGUGUCAUUAAUGAGUUAGGGAUAUAGUGUGUAAAUGUUGCCAGAACCUCACAUUAUUUUUUAAGAAACUAUUAGUCCAGAUUUUUCUUAUGAAAGUUUCUACCUUCUUAGUGCUAUUUGAAAUUAUUUUAAAAUCUUGAAUGCUAAAGAGAUAAAUAAAUAAGAAUGACAUGACUGUGCAUGACCAGGUCUCUUCAUUCUUUAACUUCUACCUGAAAACCAGGCAUACUCUUCAACAUCAUGCUGCUAGAUAUUCUGUUGUGAAUCACUUACCCUUAUAGAUCCCUCCUCUUGGGGAUUUCCACUUACUCCCUCACUGCACGGUUGUACAAGUGUGAACAUGCCUGGAAACUAUAAUUAUCUGUGGAUUUUGACAAAAGAUCCUCAGUAGUUGUUACCAUGCUUAUUAAGUUCCCGAACAAAUUUUUAUCUCCUAAAUUAACAUCAGGUUGACAGGCAUCCAGGAUGGAUGCUGAUUCUCUGGUUAUCUGCACACUCGAAACUUAGUUUUAUCAGUCAUUUUUCUUCCUUGUGGAUCACCUCAGAACCUUUUACAUUUUUUCCAGUUUAUUUUUUGUCUUUCAGUAUCAUCCCUGCUGUUGACCCAGUGCACACCACAGCACCAAUGGCUUCCUUCAUUCUUAUGUCUUUUAAUUUUUUUUCAAGUAAUUUCAUAAUAUGACACUCUUGUACUUUUUUCAUCACUGAAAGAAUAGGAUGGAUAAUGUACACAAACUAACUCAAAUUGCAGCAUAAAUAUCAUGAACAUACAUUAGAUUAAAAGAUGUUGCUAUGGCUGACAUUAGAAUGACAUCUCCUGACUGCUAAAUUCAUUUGUUGCUGACAGUCAGGGUUGGUUGAUAUCCCGUUGUUCUUGAACACAGACUUGCUCACUUCAGUGAAAAUUUUAAGGCAGAAAGUUCUCAAGAGCUGCUGUCUGAAGCAAAUCUUAUGGCCAGAAGUUAUAGUAUAUUCAGACUGAUGCGCUAGAGUUUUCGAAAUGAUUCAUUUGGUCUUCUUAUGAAAUAGUUUUGAGAUUCUUCUUAGUAAACAUUGGCUUGAUUUUGUUUCUGUAAAAUUUUUUUUUCUUCUCCGCUGUAUGGAGAAGACUGUCAUGAGUGAACUUGGCAAUUGCCUUGUUAAAACCAGUUGGACGUUAUCUUCCACAUUGCGAAGCUAUACAUGUCUGAUAUGUUCUGAAAGAAUAGAAUUUAUAGUUAGAUAUACUAUUUUUGAUUAUUUACUCAGAAGGAGACAUGUAAUUAUUCUUAUGUUGUCAUGAAAAUCUAUUAAAUGCAUUUAUAUUUCACAUCAAUGUUACGAAAUUCCAUUAUUAUUAUUUUACAGAGGGGAAGCCAAGAUACAGGAGUGGAAAUUACUUGGCCACAUCGCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-559.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -605.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 678.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((((.(((.............))).)))))..((((....))))....))))).(((((...(((((((((((((((.(((.(((((((..(((((........)))))((((((.....))))))........((.(((((((((...)))))))))...))))))))))))))))))).))))))))...(((((((..((.(((((((((...(((((((...))).)))).....)))))))))((.(.((((.((((((.(((((...((((((.....(((((((((..(((((((((((........(((.(((.(((........))).))).)))......))))))).)))).......)))))..........((((.(((((((....(((....((((.(((.((((((...((((...))))...))))))...)))))))....))).....))))))).))))..(((((.((.....)))))))..(((((((..(((.......))).))))))).))))...))))))...)))))..)))))).)))).).))...((((...(((((((((((((((((((((........(((((((((((((((((((((.....((((((...................(((((....))))).((((.(.(((..(((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((...................))))))....)))).)))...)))))))))).(((.(((((((..................((((((((.......((((((......)))))).(((((((((((............(((((((((..(((...)))..)))))))))........))))))))))))))))))).((((...((.(((((((((.((((((((.(((.(((((((((((((((.....(((.....)))..))))))))(((.(((((((..(((......))).))))))).))).))))))).))).))))))..........((((((.....((((........))))...))))))..((((((((...((((((.....))..))))...))))))))..)).)))))))))...))))))..)))))))))).))).)))))).)))....)))))..))))))))........((((((((......)))))))).)))))).....((((((...(((.(..(((((.((.....((.(((.....(((((((.(((.(((((((.....))))))).))))))))))..))).)).......((((..((((((.....((((..((((..........(((((((((.((....(((((.(((((((((((..(((.(((((((.....((((...................)))).....))))))).)))..))))................(((........)))....)))))))))))).)))))))))))..((((........))))............(((((((.(((((.......................((((...))))......(((((.((.((((((.(((......))))))))).)).)))))................(((((((....((((((......)))..)))......))))))).......))))).)))))))....((((((((((..(((......)))...).)))))))))))))..)))).....))))))..)))).)).)))))..)))).))))))........((((((..(((((....))))).)))))).)))))))......)))))))))))))).............((((.(((((((.(((((((((..(((((..(.....)..)))))...)))))))))...))).))))...))))))))))))))...(((((((((((.......(((((((((.....))))))))).....((((((((((..(((....)))..))).....((((((((.(....).)))).)))).(((....(((((((((....(.((((((..((((((.....(((((.......)))))......))))))..)))))).))))))))))....)))(((((....)))))..............)))))))((((((((....)))...)))))............))))))))))))))))...)))))).....))))..))..))))))).....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,({(((((({...{{,..,,{,.{{(({{(((({(((.,.((((....))))...}||{((.(((((((.{(((((((((({((,,(((.(((((({.,|((({,,.....,)))))|(((({.....}}}}}},...,,,.{(.(((((((((...)))))))))...}}}))))))})))))}})).)))))))}..,||{{{(((,,..,,(((({{{|}||{{{{||,,,))|,,,,,....,))))))|)}},.,.))||,||||||,{{(((,{,{((((((,({,,{{,{{(({..(((((((((((........(((.(((.(((........)}),)}),)}}......))))))).)))).,,,.,,}}}}}.....,||,,{{{{.{((((({....(((....(({({({{.((((((...((({...))))...))))))...})}))))....))).....})))))).}}}}..,{{((.{{...,.}}))}},.,|||||||}}|||((((({{{{..{({..||......,},,))))))))))))..,,}))},}}))}|{||{...}}||,,,,,..,|||||{(((((((({.....,..,{{{{{{{{{||{{{{{||||,||,(((((((((.{,.{{(({,.,.....{((((....))))}....,.,.,...{{{{{.....,,.})))}((((((((((...(((((((((((((...................)))))),...,))).)))...)))))))))).,.}})))),}}.....}}))))))),...||{{{{|{.,,,...((((((......)))))).(((((((((((.{,.........(((((((((..(((...)))..)))))))))......}.))))))))))).,,,,,||{{{{...{|(((((((,((({({((((,,,((({((((((,((((((((.....(((.....)))..)))))))).|},,,(((((((.(({....{({....)))..})).)))))))..,,,.,,||||{{{((((((({{{{||,|||,...{({{(((({(((({(,((({(((((((((((((.,((.((((((((((((((..................((.((((((...((((((((..,,..{{{{{.,{({{{...||,}||,,}}},|,||...............,(((((((......)))))))|,{{({{{{..{{.........))..)),.,)))),))..)))))))).....,,{((((.(((.(((((((.....))))))).)))))))|||{.....((({...}))).....}}},,..,,.........,,,......)))))).)).,{(((((({...})))))))}}..,,)))))))..}))))).}}(((((...)))))..,,)))))))}}..,,,..,.||}.......,}}...................}})))))}..},))))).)))))}}..,,}||||,||}},,,((((........)))),,}}))),,,..,|||,,|,|||,,..,.......,,,,.})))))}}})}.}}}).).}}}}..(((((.({.((((((.(((......})))))))).}}.)))))....}}}}}}}}.,..(((((((....((({((,.....}}}..)}}......))))))).||{.,.}.))}.,}))))))))))}}))))||{..,,,.,...,},}}},)}))))}})))}}}}}}}},.,}),,,||||..,,}}}},,||,|||{((((....)))}........((((((..(((((....))))).)))))).})))))}..,,,,|||}}}}})))))),..,,,}}}..{{(,(({(,,((((,(((((((((..(((((..({....)..)))))...)))))))))})))||||,||,..,.||||||}}}}}|,.{(((((((((((.......{((((((({.....})))))))),,..,,{{||{{(((..(((....)))..))).....{{((((((.{....}.)))).}})).{{{....(((((((((....{.((((((..((((((.....(((((.......)))))......))))))..)))))).})))))))))....})){{(((....))))).,...........,.,,,,,.,||||||..,,,})}...},,,,............))))))))))))})))}||}}|.}}}}}},{||{..{...,,),,))}}..}))))))
Back