Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LPHN3_0008200

Sequence Length

2162 nt

GC Content

0.3178

CAGGCUAAGUGGCUCUAUGUAAGCCUGUCCUUGGUUGGAGCUGUCUGCUGACUCUCAAGUGUCAUAAGUGGCUGUAAUUGAGAAAGGCAUUGAGAUGUUGAAUAGCCAAAGUGUAAAUGGAAGACUCUCUGUCCUUACCUAUAAAAAGAAAAAGAAUCUAUAAAGGUAGCUAUACAAAGAAAUUGAAAGACACAUAUAAUAGUGUACUUUUGUUUUUGGUCUCAAUUUAUGUGCAGCCAAUACAGACAGUUUCCAAUAAACAAGUUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUAAUUAAGAAAUGGAAAUGAUUUGUUUACCCAGUCAGCAUUUCAUGGCGCGGUUAGGUGUUUGGUUCCUUAGAGAGGGGUGAUACAGAUUGAAGAAGCCACAGUCUCUGUUCUCUAGCAAUUCAUAUUGUAGUGUAGCUUUCAACAAAAUAGAGAAAUGUACAAAGAGGUAUAGGAGUGUCAGGGAAGAUAAGAUUGGUUUUAUCUGUGGUGGAGUGGGUUUGGUAGUAUCAGGGAGAACUUUGUGAAAUUAGUCAUGCUUGGAUGUCAGAAUGUAUUUCCCAGAUGGGAGGGAAAAAAAUAAAAGAUCUUAAAGGUGAUGGUAUUGUAGGUAAACCUGUAGAGAACAACCCAUGAUUGUUUAGAUAUGUAGAACAUUUGAAGAUGAGAUACGCCAGUUCUUCAAAAACCAGGGAAAAAAGUGACAGCCAAUAAUUAUUGAGAGAGCAUGCUAGAAUGAUCAUCCAGUGAAAUUUAAGCAGUUGAUUAAAAAUUUGUUUUUCCUGCCCAAGCAGUCAAGUGUGGCAUUCAAGUAUGAACUUGAAUUGUUCUUGUGGUACAAAAACCUCACUAAUUGGGCAAAUAGAAGUGGACACUCACUCCAAAAGAUACAGUGAGUUUCAUUGCUUUAAUAUUUUUUAAGUUCCUGAACAAAAUAUAACGCUUUUAUUAGUGAAUAGCUUUCACUAAUUUGUUUUCAUUUUAUAUCAUAGUAUAUCUUAUUUUAAUCAAUAGUGAUUUGGUAAAGUAGAGCUCAACUUUAAUUUUAUGCUAUUGACUUUCUGCCCUGUAUCUCAUUCUUUAUCCAUUUGGGGGCAAAAUUCUAGAAUAGAUAAUGGAUUUUGUCACUGUUUAGCAUGUAUGUAGUUACUUAACCUCCUGAUUGCAUACUAACACUAAUAGCAUAAAUAAAUACUAAAUAUAAUAAUAAUUAACUAAUACAAAGAGCUUUGUGUAAAGCUCUUUGUGUAGUCACAAACUAGUAACUAAAACUAAAGAGCUUUGUGUAAAGCUCUUUAAAUAGACAUACUAGAACAUUCAAAAAUUGAUAUGGCCAGUUGCAAAACCAUUAGAAAAUAUUAAAUAUCUAAAGAAAAUACUUUGAACGAUAAUACUAUUUUCUGGGUGUAAAAAGUCUGUUUUAUUAUUUGUUUAAUAAAAUUAAAAAAUUAUGGUAAUUUAAAGAAAAUAAAAACUCAAAUGCCUCUAUAAAUCUUUCAUUUAAAUAAACUUACAUUUCUGUUUAUUUCUUUCUAUUUUUUAAAUCCAAAUUUAUUUAGAUUAUUGUGAAUAAAUAGAUUACAGUAUUUGUGUCUGUAUACAUAAAUAAGGGUGUGUGUAUGUAUAUGUGUAUGAUUAGAUGUGCUAAGGUGCUUCUCAAUUUGUUUUCUAUGCCUGUUACCUAAUGGCAAAAGUGGUAAGACUAAUCAAUCCCAGUAUCUUAGCUUGAAGAGCCUGUGGCAAGAAAUAGGGACAUUUCUUGGAAAUAGCAAAAUUUAUAUUAAAAACUGUUAUAGUCUUUUAAUUAGGAAAAGAAAUCUGUAGCUACCAAAUCCAUCAAUUUUCCCAGUAAACAUUAUAAUAAAUUAGAUAGUCUAGGAAGAUGUGUCAUCUGCAUCCUAAAUUUCCUCUACAUACCAUAGUUCUGCUGUGAGACCUCAGGCAUUGUGGGAAAUAAUAGACUUGACAACCAACAGGAAAUAUUCAAAGCAUUCUACAACUGUAACCAUAAAACAGAAUAUUUAAUUUUUCUCAUAAUCAAAUUAAAUAUUUUUUUCUUUUUUUUCAGAAAUGUUUAAUUUGGUAAAUUGGAGGAAAAAAACAUGGAUUUUUAGCAAUUGAAGAGCAAAUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-488.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -535.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 525.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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