Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LPHN3_0016600
Sequence Length
2797 nt
GC Content
0.4487
UUUUUCUUUGUCCUGGACUACUAAAAGGAGUAUACCAGAGUGAACAUUUGUUUGAGUCCGACCACCAAUCUGGGGCGUGGUGCAAAGACCCUCUGCAGGCAUCUGACAAGAUUUAUUAUAUGCCCUGGACUCCCUACAGAACUGAUACCCUGACUGAGUAUUCAUCCAAGGAUGACUUCAUUGCUGGAAGACCAACUACAACCUACAAGCUCCCUCACAGGGUGGAUGGCACAGGAUUUGUAGUGUAUGAUGGAGCUUUGUUCUUCAACAAAGAGCGCACCAGGAACAUAGUAAAGUUUGAUUUGCGGACUAGGAUAAAGAGUGGAGAGGCUAUCAUAGCAAAUGCCAAUUACCAUGAUACCUCCCCUUACCGAUGGGGAGGCAAAUCUGACAUAGACCUGGCAGUAGAUGAGAAUGGGCUAUGGGUAAUCUAUGCAACAGAACAAAACAAUGGUAAAAUUGUCAUUAGUCAAUUGAACCCUUACACCCUACGGAUCGAAGGAACAUGGGAUACUGCAUAUGAUAAAAGGUCAGCUUCCAAUGCCUUUAUGAUUUGUGGAAUUCUGUAUGUGGUCAAAUCUGUAUAUGAGGAUGAUGACAAUGAGGCUACUGGAAAUAAGAUUGACUACAUUUACAACACUGACCAAAGCAAGGAUAGUUUGGUGGAUGUACCCUUUCCUAAUUCAUACCAGUACAUUGCAGCUGUGGAUUACAACCCCAGGGACAACCUACUUUAUGUAUGGAAUAACUAUCACGUCGUGAAAUAUUCUUUGGAUUUUGGACCUCUGGAUAGUAGAUCAGGGCAGGCACAUCAUGGACAAGUUUCAUACAUUUCUCCGCCAAUUCACCUUGACUCUGAGCUAGAAAGACCCUCUGUUAAAGAUAUCUCUACCACAGGACCUCUUGGCAUGGGAAGCACUACCACCAGUACCACCCUUCGGACCACAACUUUGAGCCCAGGAAGGAGUACCACCCCGUCAGUGUCAGGAAGAAGAAACCGGAGUACUAGUACCCCAUCUCCAGCUGUCGAGGUACUUGAUGACAUGACCACACACCUUCCAUCAGCAUCGUCCCAAAUCCCAGCUCUCGAAGAGAGCUGUGAGGCUGUGGAAGCCCGAGAAAUCAUGUGGUUUAAGACUCGUCAAGGACAGAUAGCAAAGCAGCCAUGCCCUGCAGGAACUAUAGGUGUAUCAACUUAUCUAUGCCUUGCUCCUGAUGGAAUUUGGGAUCCCCAAGGUCCAGAUCUCAGCAACUGUUCUUCUCCUUGGGUCAAUCAUAUAACACAGAAGUUGAAAUCUGGUGAAACAGCUGCCAACAUUGCUAGAGAGCUGGCUGAACAGACAAGAAAUCACUUGAAUGCUGGGGACAUCACCUACUCUGUCCGGGCCAUGGACCAGCUGGUAGGCCUCCUAGAUGUACAGCUUCGGAACUUGACCCCAGGUGGAAAAGAUAGUGCUGCCCGGAGUUUGAACAAGCUUCAGAAAAGAGAGCGCUCUUGCAGAGCCUAUGUCCAGGCAAUGGUCGAGACAGUUAACAACCUCCUUCAGCCACAAGCUUUGAAUGCAUGGAGAGACCUGACUACGAGUGAUCAGCUGCGUGCGGCCACCAUGUUGCUUCAUACUGUGGAGGAAAGUGCUUUUGUGCUGGCUGAUAACCUUUUGAAGACUGACAUUGUCAGGGAGAAUACAGACAAUAUUAAAUUGGAAGUUGCAAGACUGAGCACAGAAGGAAACUUAGAAGACCUAAAAUUUCCAGAAAACAUGGGCCAUGGAAGCACUAUCCAGCUGUCUGCAAAUACCUUAAAGCAAAAUGGCCGAAAUGGAGAGAUCAGAGUGGCCUUUGUCCUGUAUAACAACUUGGGUCCUUAUUUAUCCACGGAGAAUGCCAGUAUGAAGUUGGGAACGGAAGCUUUGUCCACAAAUCAUUCUGUUAUUGUCAAUUCCCCUGUUAUUACGGCAGCAAUAAACAAAGAGUUCAGUAACAAGGUUUAUUUGGCUGAUCCUGUGGUAUUUACUGUUAAACAUAUCAAGCAGUCAGAGGAAAAUUUCAACCCUAACUGUUCAUUUUGGAGCUACUCCAAGCGUACAAUGACAGGUUAUUGGUCAACACAAGGCUGUCGGCUCCUGACAACAAAUAAGACACAUACUACAUGCUCUUGUAACCACCUAACAAAUUUUGCAGUACUGAUGGCACAUGUGGAAGUUAAGCACAGUGAUGCGGUCCAUGACCUCCUUCUGGAUGUGAUCACGUGGGUUGGAAUUUUGCUGUCCCUUGUUUGUCUCCUGAUUUGCAUCUUCACAUUUUGCUUUUUCCGGGGGCUCCAGAGUGACCGUAACACCAUCCACAAGAACCUCUGCAUCAGUCUCUUUGUAGCAGAGCUGCUCUUCCUGAUUGGGAUCAACCGAACUGACCAACCAAUUGCCUGUGCUGUUUUCGCUGCCCUGUUACAUUUCUUCUUCUUGGCUGCCUUCACCUGGAUGUUCCUGGAGGGGGUGCAGCUUUAUAUCAUGCUGGUGGAGGUUUUUGAGAGUGAACAUUCACGUAGGAAAUACUUUUAUCUGGUCGGCUAUGGGAUGCCUGCACUCAUUGUGGCUGUGUCAGCUGCAGUAGACUACAGGAGUUAUGGAACAGAUAAAGUAUGUUGGCUCCGACUUGACACCUACUUCAUUUGGAGUUUUAUAGGACCAGCAACUUUGAUAAUUAUGCUUAAUGUAAUCUUCCUUGGGAUUGCUUUAUAUAAAAUGUUUCAUCAUACUGCUAUACUGAAACCUGAAUCAGGCUGUCUUGAUAACAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-789.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -841.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((..((((......))))..))))........(((((..(((((((((((((........).)))))(((.((...)).))).(((((.(((.........))).))))).)))))))...)))))...((((.(((((.(.((...(((((....)))))..((((((((((....(((((.....(((((.(((((.....(((((((((((((...(((..((((((.(((((((...(((((((....)))))))..((((....((((........))))....)))).(((.((.((..(((((((((((.((((((((((.((.(((.(((((((....(((((((........)))))))....((((.((((((((((((..((........)).)))).))....))))))...))))........)))))))(((((.(....).)))))....((((...((....))....))))....))).))..))).)))))))...((((((((((((..(((((......((((.(.(((((((((((((......)))))))).)))))..).)))).)))))...))))....)).))))))((((((((...((((.((.......)).))))...))))))))..)))))))..)))).)))))))....(((.(((.(((.((((....((((((....((......((.((.((((((....((((...))))..)))))).)).))...))..))))))...)))).))).)))..)))))))))).))........))))..)))..))).)))))))))).....)))))............(.((((((((..((((((((((((....))))(((((((((((..........(((((.((((((((...........(((((((((((((.................(((((((((((((((..((.(((....))).))(((((........))))).((((((((...(((((((...((((((.((((.(((..........((((((((...))))))))))).))))))))))...((....)).)))))))......))))))))(((((.(((((((((((((((((.((((((((..((((((((........))))))))...(((((((..((((.((((((...)))))).)))).....(((((.(((((.(((((((.(((((((............(((((((..((((((.((.....((((((.....(((((....)))))........((((......))))...(((((...(((..(((.........)))..)))..)))))))))))...))))))))...))))))).....))))))).))).))))..))))))))))...(((((((....))))))).....)).))))).)))))))).))..)))..(((((((((((.(.(.(((((.......((((((((.....(((((((..((((..(((((((.(((....(((.(.((.(((....((..((((.((((.((((((((((((((((....(((((((.(((.(((((((((((((..........(.(((((((((((.((((...(((((((.......((...(((((.(((..(((......(((((.((((.....))))..)))))........((((...((....))...)))))))))))))))...)).....(((......(((...((((.((((..(((.(((((((((........))))...)))))))))))).)))))))....)))(((.((((..((((((.((((...))))))).))).)))).))).))))))).))))))))).(((((((((((((((((((.....(((....)))...)))))))..))))...))))))))...................((((((.((.((..........)))).))))))...(((((((...)))))))...)))))).)))))))))))))).))))))))((((((...))))))....((((((..(((.....))).)))))).........))...)))))))))).))).)))))))))))..))..)))...(((((...(((((.((......)))))))...)))))((((((.((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))..)).))))....)))))))))))))).))))))).......))))..)))).......))))).)).))).)))))))).)))))))).))))..)))))...)))))))))))))))..))))..)))))..))))))))))))))))).)))))...)))))))))))))))))))))).)((((....)))))))))..(((((((.(((((.....((((((....((((...((((((((((((...)))))))))).))...))))..))))))..)))))))))))))))))((((((..(((........))).))))))..........)))))))...)))...(((((..(((.((((((((....)))))))).))))))))...((((((..(((....)))..)))))))).).))))).))))(((((...)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,,,,((((..((((......))))..)))).|,,,,..(((((..(((((({,{({{{.....,|,|,|||||{{{.,{,..,}.))),(((((,({,..,,.....,},.))))).)))))))...)))))...((((.(((((.{,((...(((((....))))}..|||{((((((....(((((.....(((((.(((((.....(((((((((((((...(((..((((((.(((((((..((((((((((,..,,,,|||||({,,,,,((,({{{{{...}|||.{{{|||,{.(((((.,...,.{(((,,,{(({{...,}}}...,})),.||,||||,.|.(((((((........)))))))....{(({.,,{||{||||||.}|}}}}.,},.,..))))})}||,,||||||,.,||||........,,|||..{((((,{,,,.},}}}||,.}||,.{,,...((((((((((((((..(((.(((..(((,,,.{......,.)})))..))).}))))))}.,)))))))))..,}})}}|{|{|{|{|.,(((.......|}}})}}),))}}|,..|,{{{{{(,,.{,.({..{..(((((((((...((((.((.......)).))))...)))))))))..)..)),},,}},...)))))},.,|||.|{{,|||,||||....({((((....{{,,,,,.{{|||,{{{{{,....{{{{,,.))))..}}}))),})},},}})}.}))}}}}...)})),})),))),,)).))))))).))........))))..)))..))),,))))))))).....))))).........,,{(.({{{(({..{(((({{({{(((...,))))(((((((((((..........(((((.((((((((...........((((((((({(((,{,...,,.......|,{((((((((((((({..((.(({....})).)}{((((........))))).((((((((...(((((((...((((((.((((.(((..........((((((((...))))))))))).))))))))))...{{....}).)))))))......))))))))(((((.(((((((((((({{,((.((((((((..{(((((((........))))))))...,((((((,,((((.((((((...)))))).))))..,,.((((,,(((((.((({(((.(((((((............(((((((..((((((.((..,.,((((((.....(((((....))))),...,,..((((......))))...{{((({..{{,..|||,..,,||.,})}..})),.))))))))))),..))))))))...))))))).....))))))).))).)))}..))))))))))...(((((((....))))))).,...)).))))}.)))))))).))..,}}..(((((((((((.(.(.(((((.......((((((((.....(((((((..((((..((((((,{(((....{{(,(,((,{{({{,,((..((({{((({,((((((((((((((((....,,(((((((((.(((((((((((((........,{{,{{{({{({(((.{{({...({({{{,.....,{({,{{(({{,,{{{,,{{{,,....(({{{.{(((.....))}}..))))),....,{{,{((({{(,,..,,.,,.|||||||||}|||,,..........|||..,}}}|{,...||||.,|,,..,,|}|||||.}||.,||,...,},},.,}))}}}}}}}},.)))},||,.,,}|}{{{.{(({,,{(((({{((({...|||}))}.))).})}),))),)})}})).}}}}}}}||,(((((((((((({((((((.....{{{....,}}...)))))))..))))..,)))))))}...,{{{{,..........||||||.|{.({..........}))).)))))},,,{((((((...)))))),.,.,,}}}),}))))))))))))).))))))))((((((...))))))....((((((..{{{.....})).)))))).........,,...}))))))))).))).)))))))))))..))...))},.{{{{{,,{((({{.||,,,,,.}}})))}.,,)))))((((({{((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))..}}.}}))....)))))))))))))).))))))).......))))..)))).......))))).)).)))},))))))).)))))))).))))..)))))...})))))))))))))),.)))},.)))))..))))))))))))))))).)))))...))))))))))))))))))))}}.,((((....)))))))))..(((((((((((((.....((((((....((((.,.((((((((((((...)))))))))).))...))))..))))))..))))))))))))))))|{((({{..{((........))}.))))))},.....,,.)))))))...}},...{{{{{..{{{.((((((({....}))))))).}}},,}},...((((((..(({....)))..))))))}}.,.))))).)))){((({...))))}
Back