Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LPHN3_0022800
Sequence Length
1349 nt
GC Content
0.4574
UUGAAAUCUGGUGAAACAGCUGCCAACAUUGCUAGAGAGCUGGCUGAACAGACAAGAAAUCACUUGAAUGCUGGGGACAUCACCUACUCUGUCCGGGCCAUGGACCAGCUGGUAGGCCUCCUAGAUGUACAGCUUCGGAACUUGACCCCAGGUGGAAAAGAUAGUGCUGCCCGGAGUUUGAACAAGCUUCAGAAAAGAGAGCGCUCUUGCAGAGCCUAUGUCCAGGCAAUGGUCGAGACAGUUAACAACCUCCUUCAGCCACAAGCUUUGAAUGCAUGGAGAGACCUGACUACGAGUGAUCAGCUGCGUGCGGCCACCAUGUUGCUUCAUACUGUGGAGGAAAGUGCUUUUGUGCUGGCUGAUAACCUUUUGAAGACUGACAUUGUCAGGGAGAAUACAGACAAUAUUAAAUUGGAAGUUGCAAGACUGAGCACAGAAGGAAACUUAGAAGACCUAAAAUUUCCAGAAAACAUGGGCCAUGGAAGCACUAUCCAGCUGUCUGCAAAUACCUUAAAGCAAAAUGGCCGAAAUGGAGAGAUCAGAGUGGCCUUUGUCCUGUAUAACAACUUGGGUCCUUAUUUAUCCACGGAGAAUGCCAGUAUGAAGUUGGGAACGGAAGCUUUGUCCACAAAUCAUUCUGUUAUUGUCAAUUCCCCUGUUAUUACGGCAGCAAUAAACAAAGAGUUCAGUAACAAGGUUUAUUUGGCUGAUCCUGUGGUAUUUACUGUUAAACAUAUCAAGCAGUCAGAGGAAAAUUUCAACCCUAACUGUUCAUUUUGGAGCUACUCCAAGCGUACAAUGACAGGUUAUUGGUCAACACAAGGCUGUCGGCUCCUGACAACAAAUAAGACACAUACUACAUGCUCUUGUAACCACCUAACAAAUUUUGCAGUACUGAUGGCACAUGUGGAAGUUAAGCACAGUGAUGCGGUCCAUGACCUCCUUCUGGAUGUGAUCACGUGGGUUGGAAUUUUGCUGUCCCUUGUUUGUCUCCUGAUUUGCAUCUUCACAUUUUGCUUUUUCCGGGGGCUCCAGAGUGACCGUAACACCAUCCACAAGAACCUCUGCAUCAGUCUCUUUGUAGCAGAGCUGCUCUUCCUGAUUGGGAUCAACCGAACUGACCAACCAAUUGCCUGUGCUGUUUUCGCUGCCCUGUUACAUUUCUUCUUCUUGGCUGCCUUCACCUGGAUGUUCCUGGAGGGGGUGCAGCUUUAUAUCAUGCUGGUGGAGGUUUUUGAGAGUGAACAUUCACGUAGGAAAUACUUUUAUCUGGUCGGCUAUGGGAUGCCUGCACUCAUUGUGGCUGUGUCAGCUGCAGUAGACUACAGGAGUUAUGGAACAGAUAAAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-370.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -397.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 466.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....(((........((((((......(((((....)))))..(((((.((((......)))).((((..((((((....((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((...((((.(((((((.((.(((((((((.(((((...........))))).)).(((((.(((.((((.....(((((....)))))...))))...))).)))))...))))))).(((((..(((......(((((((...((...(((.((((.......(((..((((.((((...(((.(((((.(....)))))).)))...)))))))))))...)))))))...))))))))).......)))..)))))..((((((.(........).))))))......)).))))))).....(((....)))..(((((.((((.....))))..))))).....)))).......))).)).))).))))))))))((............))...))))))....)))).....))))))))....)))))))))).....(.(((((........))))).)((.((((.(((.((((..((((((.((((...))))))).))).)))).))).)))).)).......))))).....))))))....(((.....))))))...)))(.((((((((.((..(((((((((....((((((..........))))))((((.(((((((((.........((((((((((.(((...((((((((((....(((((((.....(((....(((((((((((((...))))))......................)).)))))....)))...........(((((...(((((((((.(((((((...((((..(((((...(((((.((......)))))))...)))))((((((.((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))......((((((..(((.....)))..)))))).))))))))).((((((..(((.......)))....)))))))).)))))))))...))))))))))))..............((((((((((.((.(((...))).))..)))).)))))).......)))))..)))))...))).)))))))))).........)))))..)))).))))((.(((........))).)).((.((((((((((...))))))))))))))))))))).....))..)))))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{...,{((((((({,{,((,((({.....(((((..,,)))))....((..((((......))))..}}((((((.{,...(((((((((((((.....))))}}))..))))))..{{{.,|,,{{.,,}}|||||}.,.||.}}}}}|{|(({,,.{{{((,((,{{,.(((((((,...}}}}})}.|..,,{({{{,(((({...))))).,..,,.(((((((((((.(.{.(((((.......((((((((.....(((((((..((((.,((((((,{(((....{{(,(,{{,{{{{{,,((..((({{((({,((((((((((((((((....,,(((((((((.(((((((((((((.,,.....,{(,{((({(({(({.{{{{.,.||||||,.,...,|{{|||{({{,,{{{|,{||,,,,..((({{.{(((.....)))}..))))).....,{{,{{({{{(|,..,,.|,.|||||||||}|||,,..........|||..,}}}||,...||||.,|,,,.,,|}|||||.}||.,|{{...,}},,.,||||},}},}},.)))},||,.,,||}{((.{(({.,((((({{((({...|||}))}.))).})}},))),))))})).}}}}}}}||,(((({(((((({{((((((.....{{{....,}}...))))))},,))))..,)}))))}}...,{{{{,..........||||||,{{,((,.........}))).}))))},,,{((((((...)))))),.,.,,}}})}}))))))))))))).))))))))((((((...))))))....((((((..{{{.....})).)))))).........,,...}))))))))).))).)))))))))))..))...))|,.{{{{{,,,((({{.||,,.,,.}}})))}.,,)))))(((((,{((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))..},.,})),,..)))))))))))))).))))))).......))))..)))).......))))).)).)))},))))))).)))}))))}})})}.||}}}.,,|,,||,||..,}|||,||{|||}||.|||...|||||}}|}{{|{{|{{|,,{,{.,{{{{({((((((((({(((..|.((((....)))).}..)))}.)))))))}},|.,.}}|,}}}}.,.}|}}))}}}}((((((((((...)))))))))).},}}.)))))},,})}}.|)))},,,,}}
Back