Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LPHN3_0024900
Sequence Length
1702 nt
GC Content
0.4348
GCAAUGGUCGAGACAGUUAACAACCUCCUUCAGCCACAAGCUUUGAAUGCAUGGAGAGACCUGACUACGAGUGAUCAGCUGCGUGCGGCCACCAUGUUGCUUCAUACUGUGGAGGAAAGUGCUUUUGUGCUGGCUGAUAACCUUUUGAAGACUGACAUUGUCAGGGAGAAUACAGACAAUAUUAAAUUGGAAGUUGCAAGACUGAGCACAGAAGGAAACUUAGAAGACCUAAAAUUUCCAGAAAACAUGGGCCAUGGAAGCACUAUCCAGCUGUCUGCAAAUACCUUAAAGCAAAAUGGCCGAAAUGGAGAGAUCAGAGUGGCCUUUGUCCUGUAUAACAACUUGGGUCCUUAUUUAUCCACGGAGAAUGCCAGUAUGAAGUUGGGAACGGAAGCUUUGUCCACAAAUCAUUCUGUUAUUGUCAAUUCCCCUGUUAUUACGGCAGCAAUAAACAAAGAGUUCAGUAACAAGGUUUAUUUGGCUGAUCCUGUGGUAUUUACUGUUAAACAUAUCAAGCAGUCAGAGGAAAAUUUCAACCCUAACUGUUCAUUUUGGAGCUACUCCAAGCGUACAAUGACAGGUUAUUGGUCAACACAAGGCUGUCGGCUCCUGACAACAAAUAAGACACAUACUACAUGCUCUUGUAACCACCUAACAAAUUUUGCAGUACUGAUGGCACAUGUGGAAGUUAAGCACAGUGAUGCGGUCCAUGACCUCCUUCUGGAUGUGAUCACGUGGGUUGGAAUUUUGCUGUCCCUUGUUUGUCUCCUGAUUUGCAUCUUCACAUUUUGCUUUUUCCGGGGGCUCCAGAGUGACCGUAACACCAUCCACAAGAACCUCUGCAUCAGUCUCUUUGUAGCAGAGCUGCUCUUCCUGAUUGGGAUCAACCGAACUGACCAACCAAUUGCCUGUGCUGUUUUCGCUGCCCUGUUACAUUUCUUCUUCUUGGCUGCCUUCACCUGGAUGUUCCUGGAGGGGGUGCAGCUUUAUAUCAUGCUGGUGGAGGUUUUUGAGAGUGAACAUUCACGUAGGAAAUACUUUUAUCUGGUCGGCUAUGGGAUGCCUGCACUCAUUGUGGCUGUGUCAGCUGCAGUAGACUACAGGAGUUAUGGAACAGAUAAAGUAUGUUGGCUCCGACUUGACACCUACUUCAUUUGGAGUUUUAUAGGACCAGCAACUUUGAUAAUUAUGCUUAAUGUAAUCUUCCUUGGGAUUGCUUUAUAUAAAAUGUUUCAUCAUACUGCUAUACUGAAACCUGAAUCAGGCUGUCUUGAUAACAUCAACUAUGAGGAUAACAGACCCUUCAUCAAGUCAUGGGUUAUAGGUGCAAUAGCUCUUCUCUGCCUAUUAGGAUUGACCUGGGCCUUUGGACUCAUGUAUAUUAAUGAAAGCACAGUCAUCAUGGCCUAUCUCUUCACCAUUUUCAAUUCUCUACAGGGAAUGUUUAUAUUUAUUUUCCAUUGUGUCCUACAGAAGAAGGUACGAAAAGAGUAUGGGAAAUGCCUGCGAACACAUUGCUGUAGUGGCAAAAGUACAGAGAGUUCCAUUGGUUCAGGGAAAACAUCUGGUUCUCGAACUCCUGGACGCUACUCCACAGGCUCACAGAGCCGAAUCCGUAGAAUGUGGAAUGACACGGUUCGAAAGCAGUCAGAGUCUUCCUUUAUUACUGGAGACAUAAACAGUUCAGCGUCACUCAACAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-468.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -502.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 389.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(.(.(((((.......((((((((.....(((((((..((((..(((((((.(((....(((.(.((.(((....((..((((.((((.((((((((((((((((....(((((((.(((.(((((((((((((..........(.(((((((((((.((((...(((((((.......((...(((((.(((..(((......(((((.((((.....))))..)))))........((((...((....))...)))))))))))))))...)).....(((......(((...((((.((((..(((.(((((((((........))))...)))))))))))).)))))))....)))(((.((((..((((((.((((...))))))).))).)))).))).))))))).))))))))).(((((((((((((((((((.....(((....)))...)))))))..))))...))))))))...................((((((.((.((..........)))).))))))...(((((((...)))))))...)))))).)))))))))))))).))))))))((((((...))))))....((((((..(((.....))).)))))).........))...)))))))))).))).)))))))))))..))..)))...(((((...(((((.((......)))))))...)))))((((((.((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))..)).))))....)))))))))))))).))))))).......))))..)))).......))))).)).))).)))))((.((.((....(((((..(((((...........(((.((((((.(((.((.(((...))).))...((((((((...(((.((((((((((((((((((((..(.((((....)))).)..)))).))))))))).....))).)))).))).))))))))...(((((((...)))))))(((((....((((((((..((((((((((((((.((((((.(((.....(((.((..........)).))).....)))))))))))))).....(((((..(((.((((((((....)))))))).))))))))....(((((..(((....)))..)))))(((((...((((((((((.(((........))).))))))...(((((.............)))))..(((.((....)).)))....)))).))))).((..((((((((..(((((((........(((((....(.(((....(((..((((((((((((((.(((((.......(((((((((.((........)).)))).))))).......))))).)))..))..)))).)))))..))).))).)....)))))(((((.(......).))))).))).))))..))))))))..))..)))).)))))..))))))))....))))).....(((((...)))))(((.((((...((.....))...)))))))))).)))))))))((((.((.........))))))...)))))..))))).....)).)).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(.(.(((((.......((((((((.....(((((((..((((..(((((({{(((....{{(,(,((,{{({,.,((..((({{((({,((((((((((((((((....,,(((((((((.(((((((((((((........,{{.{{{{{{({(((.((((...({({{{,.....,{((,{{(({{,,{{{,,{{{......(({{{.{(((.....))}}..})))),....,{{,{((({{(,,..,..,,.|||||||||}|||,,..........|||..,}}}|{,...||||.||,,..,,|}|||||.}||.,||,...,}}},.,}}}}}}}}}}},.)))},||,.,,||}{{{.{(({,,{(((({{((({...|||}))}.))).})}},))),))))})).}}}}}}}||.(((((((((((({((((((.....{{{....,}}...)))))))..))))..,)))))))}...,{{{{,..........||||||.|{.((..........}))).)))))},,,{((((((...)))))),.,.,,}}}),}))))))))))))).))))))))((((((...))))))....((((((..{{{.....})).)))))).........,,...}))))))))).))).)))))))))))..))...))},.{{{{{,,{((({{.||,,,,,.}}})))}.,,)))))(((((,{((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))..}}.,}))....)))))))))))))).))))))).......))))..)))).......))))).)).))),,))))((.((.((....(((((..(((((...........{{{{((((((.(((.((.(((...})).}),|,(((((((({..{{{.{({{((((((((((((((((..,.((((....)))).,..)))).))))))))}..,,,))}.)))).},).))))))))..,{{(((({{{{}|||||,{((((....((((((((..((((((((((((((.((((((.(((.....(((.((..........)).))).....)))))))))))))).....{({{{..{({.((((((({....}))))))).})),}}},...((((((..(({....}))..)))))|{(({...|(((((((((.(((........))).)))))}...{{{{{..,........,,||||}..(((.((....)).))}....))))}),,}}.||..((((((((..(((((((.(((((....{((,...,.,,{}}|}{((..(((((((((({(((.(((((.......(((((((((.((........)}.)))).))))).......))))).)))..)}.,)))).)))))..))).|||{...,,,,,,,||}}.,},)))...)))))..))),})))..))))))))..},..))))},))))..))))))))....))))).,,,,||||{,,,}))))|,,.|,,,.,,,{|||,..,..))))))))))).))))))))}((({{((.........))))))...)))))..))))).....)).)).))
Back