Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LPHN3_0027700

Sequence Length

590 nt

GC Content

0.4475

CACAGUGAUGCGGUCCAUGACCUCCUUCUGGAUGUGAUCACGUGGGUUGGAAUUUUGCUGUCCCUUGUUUGUCUCCUGAUUUGCAUCUUCACAUUUUGCUUUUUCCGGGGGCUCCAGAGUGACCGUAACACCAUCCACAAGAACCUCUGCAUCAGUCUCUUUGUAGCAGAGCUGCUCUUCCUGAUUGGGAUCAACCGAACUGACCAACCAAUUGCCUGUGCUGUUUUCGCUGCCCUGUUACAUUUCUUCUUCUUGGCUGCCUUCACCUGGAUGUUCCUGGAGGGGGUGCAGCUUUAUAUCAUGCUGGUGGAGGUUUUUGAGAGUGAACAUUCACGUAGGAAAUACUUUUAUCUGGUCGGCUAUGGGAUGCCUGCACUCAUUGUGGCUGUGUCAGCUGCAGUAGACUACAGGAGUUAUGGAACAGAUAAAGUAUGUUGGCUCCGACUUGACACCUACUUCAUUUGGAGUUUUAUAGGACCAGCAACUUUGAUAAUUAUGCUUAAUGUAAUCUUCCUUGGGAUUGCUUUAUAUAAAAUGUUUCAUCAUACUGCUAUACUGAAACCUGAAUCAGGCUGUCUUGAUAACAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-164.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -174.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 91.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((..((((((((((((..((((.((((((((..((((((((((.((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))(((((((((..(((((((.....((((((((.((.((.......((((((..(((.......)))....))))))((....)).......)).)).))))))))............((((((((((.((.(((...))).))..)))).)))))).........))))))))))))))))....))))))))))).).)))).(((((((.(((((.....((((((....((((...((((((((((((...)))))))))).))...))))..))))))..))))))))))))...((((((((..(((........))).)))))))))))).))))).)))..........(((((..(((.((((((((....)))))))).))))))))...((((((..(((....)))..))))))(((...)))))))).(((((...)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((,.(((((((({{{{..((((.((((((((..(((((((((,{((....((((.(((.(((....((((((.((...(((...........)))....)).))))))....))).))).))))..))))))))(((((((((,.(((((((.....((((((((.((.((.,.,,,,{,((((,.,{{.,.,...,}}....,}}}},{{....)).},,...)).)).)))))))}............{(((((((((.{(.(({...})).))..)))).)))))).........))))))))))))))))....))))))))))).).)))).(((((((((((((.....((((((....((((...((((((((((((...)))))))))).))...))))..))))))..))))))))))))...{(((((((..(((........))).)))))))},}}}.))))).))}..........{({{{..(((.((((((({....}))))))).))),,}},...(({(({..{{{....}}}..}))}}},{{..,)))))))).(((((...)))))