Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LPHN3_0028500

Sequence Length

892 nt

GC Content

0.4350

AGUGACCGUAACACCAUCCACAAGAACCUCUGCAUCAGUCUCUUUGUAGCAGAGCUGCUCUUCCUGAUUGGGAUCAACCGAACUGACCAACCAAUUGCCUGUGCUGUUUUCGCUGCCCUGUUACAUUUCUUCUUCUUGGCUGCCUUCACCUGGAUGUUCCUGGAGGGGGUGCAGCUUUAUAUCAUGCUGGUGGAGGUUUUUGAGAGUGAACAUUCACGUAGGAAAUACUUUUAUCUGGUCGGCUAUGGGAUGCCUGCACUCAUUGUGGCUGUGUCAGCUGCAGUAGACUACAGGAGUUAUGGAACAGAUAAAGUAUGUUGGCUCCGACUUGACACCUACUUCAUUUGGAGUUUUAUAGGACCAGCAACUUUGAUAAUUAUGCUUAAUGUAAUCUUCCUUGGGAUUGCUUUAUAUAAAAUGUUUCAUCAUACUGCUAUACUGAAACCUGAAUCAGGCUGUCUUGAUAACAUCAACUAUGAGGAUAACAGACCCUUCAUCAAGUCAUGGGUUAUAGGUGCAAUAGCUCUUCUCUGCCUAUUAGGAUUGACCUGGGCCUUUGGACUCAUGUAUAUUAAUGAAAGCACAGUCAUCAUGGCCUAUCUCUUCACCAUUUUCAAUUCUCUACAGGGAAUGUUUAUAUUUAUUUUCCAUUGUGUCCUACAGAAGAAGGUACGAAAAGAGUAUGGGAAAUGCCUGCGAACACAUUGCUGUAGUGGCAAAAGUACAGAGAGUUCCAUUGGUUCAGGGAAAACAUCUGGUUCUCGAACUCCUGGACGCUACUCCACAGGCUCACAGAGCCGAAUCCGUAGAAUGUGGAAUGACACGGUUCGAAAGCAGUCAGAGUCUUCCUUUAUUACUGGAGACAUAAACAGUUCAGCGUCACUCAACAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-252.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -269.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 134.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((....(((..((.((((..((((((..(((.....)))..))))))....))))..))..)))........((((((.............(((.((((((((((..(((.(((..((((((...((((.((((((((((.((.(((...))).))..)))).))))))............(((((((((((((..(.((((....)))).)..)))).)))))))))(((((((((.((.((.(((((........(((((((...)))))))(((((....((((((((..((((((((((((((.((((((.(((.....(((.((..........)).))).....)))))))))))))).....(((((..(((.((((((((....)))))))).))))))))....(((((..(((....)))..)))))(((((...((((((((((.(((........))).))))))...(((((.............)))))..(((.((....)).)))....)))).))))).((..((((((((..(((((((........(((((....(.(((....(((..((((((((((((((.(((((.......(((((((((.((........)).)))).))))).......))))).)))..))..)))).)))))..))).))).)....)))))(((((.(......).))))).))).))))..))))))))..))..)))).)))))..))))))))....)))))...))))))).)).))))))..))).))))...))))))))).))).))))))))))))).((((.((.........)))))).....)))))).))))))))(......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((,((....(((,,,,.((((.,((((((..(((.....)))..))))))..,.))))..,),.}))........((((((.............(((.((((((((((..(((.(((,.{(((((..,((((.((((((((((.((.(({...})).))..)))).))))))............(((((((((((((..,.((((....)))).,..)))).))))))))),((((((((.((.((.(((((.......,(((((((...)))))))|((((....((((((((..((((((((((((((.((((((.(((.....(((.((..........)).))).....)))))))))))))).....{({{{..{({.((((((({....}))))))).})),}}},...((((((..(({....}))..)))))|{(({...|(((((((((.(((........))).)))))}...{{{{{..,........,,||||}..(((.((....)).))}....))))}),,}}.||..((((((((..(((((((.(((((....{((,...,.,,{}}|}{((..(((((((((({(((.(((((.......(((((((((.((........)}.)))).))))).......))))).)))..)}.,)))).)))))..))).|||{...,,,,,,,||}}.,},)))...)))))..))),})))..))))))))..},..))))},))))..))))))))....))))}...))))))).)).))))))..))}.)))).,.))))))))).))).))))))))))))).((({{((.........)))))).....)))))).)}))))))(......)