Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LPHN3_0031100

Sequence Length

2819 nt

GC Content

0.3178

GUCAUGGGUUAUAGGUGCAAUAGCUCUUCUCUGCCUAUUAGGAUUGACCUGGGCCUUUGGACUCAUGUAUAUUAAUGAAAGCACAGUCAUCAUGGCCUAUCUCUUCACCAUUUUCAAUUCUCUACAGGGAAUGUUUAUAUUUAUUUUCCAUUGUGUCCUACAGAAGAAGGUACGAAAAGAGUAUGGGAAAUGCCUGCGAACACAUUGCUGUAGUGGCAAAAGUACAGAGAGUUCCAUUGGUUCAGGGAAAACAUCUGGUUCUCGAACUCCUGGACGCUACUCCACAGGCUCACAGAGCCGAAUCCGUAGAAUGUGGAAUGACACGGUUCGAAAGCAGUCAGAGUCUUCCUUUAUUACUGGAGACAUAAACAGUUCAGCGUCACUCAACAGAGGUAAUUAGAAAUAAUUUUUCAUAUUUAUUACUUUUCUGAUUACUUUAAGAAGUCCUUAAAUUCAUUGCUUUAUUUGCAACUUCUGAACCUGUUCCACAUGAUAGAAACAUUGUAAGAACAUAAAACUUGGUUGAGUGUAGCAAUGUGUUCCAUUAUUCAUAAGCUACUUUAAAAAAAUCCUGAAUUUUCCAGAAGUCUUUUCCAAAAGGAAAUUAGAAAAUAAAAAACUUUUUUUCCUAGUCAUCUGCUGCUGCUAUAAACUGGAGAGCUGUCAGGCCUCAUUGGAAGCAGUGAAAAUGGGCAAUUAUGUGGCUGUAUAGUCGGCUAAGCAUCAUAGAGUUCCACAUUGUCUUAGAUAUAAAGCAAUUUCAUAGUCUUUGCGGAAGUAAAAGUAUACUGUCUAAUACAUACUUAAGGCAACCUGUGUACUUGGAAAAAAUCACGUCUUAAUAUCUAAAAGACUUAUCUGGAUAAUAUUGGAUAUUUAAAAAUAUAGGAGAAAAGAUACUUUUGGGUAUAUUAUGAUUUUUGUGUAUGUGCUUGUGGUUCAGUGCUCCCUGGGUGGCAUUUAGAUUUUUGAAAUGAAGAAAUGACGUUCCCUUAAUCUAUUGUUUUGUUUGUGGUUGACUUUUUUUCCUUGAUCUUUGCAUUCUCUCUCUCUCCCUUUCUCUGUCUCUCUUUCUCUUUCUCUCUCAACCUCUCUCUCUUUCUGUGUGUGUAUGUGUGGGGAUAUGAUUAGAAUUCAUUUUGCUGCAGUAAAAAUGACUAGAUGCAACAUUUGUGGAGACCAAGAGGCUACUACAGUCAGCAAUGGGAAAUAUUUAGAAUAUAGUUUUAUCUGGGAAGGAGGCAUUUGCAUGAAUUUAAGGUAUUUUUAUGAUCGAUAUUAUUAUUUUGUAUCCCCAAACUAGAAUUAUUAUUUUGUUUUUACCUUAUUUCUGUUAGUUUUUUGUUAUAUUUUAUGCUACUUAGGAAGAAAUAAUGUAAUAAUUAUGGCUUAUGAUUCAGAAAGAUUCAGAUGCUAGUACUCUCAAUUAUUUGUACUCAAGUAAGUUUCAUCUUAUCUAUAUGAAGAAGUUAGAACGGGCAGUGUCAAAAUUGAAUUUGAUGCAGGGAUCCAUGUUUUAAUAUAAUCUUAAUUGAGUUUCAUGUAUUAUUUGGGGCAACAAUAUAGUAACUAUAAACUAGUGAUGAUUUAAAAUUAUCUACAUCACUUUGUCUUGAUUAGUAAGAAUAGUGAGUGAGAAUAUUCCUCCAAAUACGAAGAAAACGUAUUAAAAUAAAAGAGCUACCUCCUGGUAUUUUGUUUCGUUAUUAGUUUGUUUUUAUUGGCUAGAAUAUAUUAAUUUAGACAAUAUCUCUCAAGUAUUCUUAUCUUUUUCAAUUUAGUUUUAAUGUUUAGUUUGUGAAAAUUUCUUUUAAUAUGAGUAUUCUAACUUUUUGACAUUACUUUUAAAUCAUAAAGAACAAAUUACUUACAAACGCCUCCAUAACCUAGGAUUAAUUUGCUUACAUAUGACUGAUUUUCUGUAUUCUUUAAACAAUUCCAUAUAUAAGAAAAUUUACUGCAUGUUCCAAGAAAGAGAACUGUCCUUACCUAUAGGAUUUAUUGAUAGAACUAUCUUUCAUUUAAUGAUCCCGGAAGCCAUUGAAUAAUUAUUGAUUAAACAAAGAAUGAGGUAAUAUGAUUUUAAUGAUGAAUUGUAUGUAUAUUAGGAUAAACAAAAUAUGUAAAAUUAUUUUGUCUAAUAUUGUUGUCUAAAUUCAUGUAAAGAUAGUAAGGUGUGUCAGUUCAGUAAAAACUGCUAUGAAUGCAAACUAUUUAUGGGCUUAAAGUUAAUCACUAUAUAACGCUACUAGUUUCUUCCUUUUUAAUUGCUUCUCAAGAAUUUAAUCAACUUUGAAUAUAGUGAUUUGUGGAUAACUGGAUCAAUUUGAAAUAUAUUUAAAGGAAAUAAUAUUAGUUUAUAUUGGCCGGUCAUAUGUUUAAGUCUGUUUAUCAAAAUCUCUAGUUUUAAAAGAUAUUUCAUACAGCUGUUAAAGGAAGGGUAUACAAUUUCUUGUGACGUUGAAUAAAUUAAUUUAAUGAUGACUUUGUGUAGAGAAUUAAAUUGCAUUUAUAAUUUAAAGGGUGCCCAGGUAGUGAUCAUUUCAUCAGGAUAUAUAUUCUUCCUUUCACUUAGUGACUUUAUUUGUGCUAGAAGUCAUAGUGAUCUUCAUUUCCUGGAUUAAUUUCUUAGUCCCCCUCAAGUCAGAAACUCCUAGUUUUAUUCUCAUCUUAUUUUUUUAUCUUAGAUGAGUGGACUACUUGAAAUUUUGUUUCUUCAUAUUAUGUCUCUGAAGAUAGUCUUUAACCUCCUUCUUUAAUCUUGUCUUAUUUCCCAGGGUCUUAUCUUCCCUGCAUUCAGGCGUGUGUAUCAUAUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-606.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -663.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 672.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((...(((.((....)).)))....))))).......))))(((((((....((((..(((............))).)))).....))))).(((.((((((.(((((.......(((((((((.((........)).)))).))))).......))))).)))..))).)))((((((...(((((((.(((((((((((((..(((((....((.(((.((((((....((.(((((.......))))).))..))))))))).)))))))(((((((((((...)))))............)))))).((((...(((....))).))))..((((.((.........))))))................((((((((.((((((((((((((.....................)))))))))))))).((((((............(((.......))))))))).....(((((.(((............)))..))))).........)))))))))))))))))))))(((((.((((((((.((.....(((((((.(((....(((((((((..(((((....)))))................(((((((((((.....((((.(((.(((.....)))..))).).)))(((((((((....)))))).....)))....(((((((((......)))))..))))..((((..((((.(((((((.(((((.....(((...(((((...((((..(((((...((((........)))).)))))...)))).)))))...)))...........(((((.........))))).))))))))))))..))))..))))......)))))))))))..)))))))))....))).)))))))......)))))))))).).))))..(((((((.((((...(((((...(((((((((((((((.((.(((((.......((((.(((..((((((((((((...(((.(((..(((((((((................((((((.....((((((((((.......(((((.(((((....((((.(((((.(((((.((.((((.......)))).)).)))).............).)))))))))....)))))...)))))......((((((.....((.((((...((((((...)))))).(((((..((((((.((((((((((..((...))..))))))....((((((((((.((((..(((((((....(((((((((.((((((((.(((.......((.(((.................)))))..))).)))))))).)))))))))..(((...(((.((.....)).)))...)))(((((............)))))...(((((......))))).(((((((((..((((((((((((.((((((((......))))))))..)...)).)))))))))....((......)).)))))))))...)))))))..)))).))))))).))).....(((((((...............)))))))((((((.((((((((....((((.((((((((((..(.....((((((.......))))))..(((((..((((((((....))))....))))..))))).)..)))))))))).)))).....)))))))).))))))........(((((......(((((....((((((...(((((((.((((...(((.((((.(......).)))).))).))))....)))))))...))))))...)))))......))))).)))).))))))....))))).....)))).))......))))))(((((((((((.................)))).)))))))...............))))))))))..(((((.......))))).....))))))(((((((((.((((((((...........))))))))..(((((............)))))....((((((.((((..(((((.........(((((((.....((((((((........)))))))))))))))..))))))))).))))))))))))))).....(((.(((((.......))))).))))))))))))....))).)))...)))))))))))).))).))))........(((((((((..((((.(((......(((....(((...((((((..(((.(((((((((((((((((.(((((.((((..(((((..........)))))...)))).))))))))))..............)))))))..))))).)))..)))))).)))..)))....))).)))))))))))))(((((((..((......((((((((......))))))))..))..)))))))......(((((((......)))))))))))).))(((((.(((((..........((((..........)))).(((((..((((((((..........)))))))))))))...))))).)))))...((((((.((((((...........((((((...))))))...(((((((..............))))))).))))))...))))))))))))))))))..........((((((...))))))......)))...)))))))))......)))))))..................))))))).....))))))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({(((((((,,.((({{(,...||.,,,....)}}}},.,||..,}})|||{|||,...||||||||,......||||..|||{||||..,{{},|||{{(({(({(((.(((((.......(((((((((.((........)}.)))).))))).......))))).)))..)}..)))|,||||}..|||{{{(.(((((((((((((.{(((((....({.(((.((((((....((.(((((.......))))).))..))))))))).}))))))}||||,(((((...)))))....,.,,,..{|||||,.,,{{|,|{|||,..,||.||,.,.((({{((.........))))))....,,.,|,......{(((({{{.{((((((((((((({{{,...........}}},..)))))))))))|||{((,,,,.}}}}},....{(((.......))))}}}})}}}.,{(({{,||||,.,.....,},}}}..}}))}.....|,,.))))))))}))))))))))))||....{(((((((.{{.....(((((((.(((....(((((((((,,(((((....))))}..,,............{((((((((((,{{...,((((((,((,.......(((.(((....)))))),,||,.})))))}.....,)))....{((((((((......)))))..}))}..((((..((((.(((((({,(((((....,{{{......,{...||||..,.||,.{((((((((((((.|........}.}))))....)))))))),,......,,..(((((.........))))).))))))))))))..))))..))))......)))))))))))..}))))))))....))).)))))))......}})))))))}...||||,.(({{{{{.||||,,.((((,..,((,((((((((((({.((.(((((.......,(({.(((..((((((((((((...(((.(((..(((((((((..........(({{..,((((({....((((((((((.......(((((.(((((....((((.(((((.(((((.((.((((.......)))).)).))))|,,.......,,,,.))))}))))....)))))...)))))......{{{{{{,...,{{{{{{,...,{{{{{,,,|}}}}},(((((..((((((.((((((((((..{,...|}..))))))....{{{(((((((.((((..(((((((..,.(((((((((.((((((((.(((.......{.{(((.................))}),..))).)))))))).))))))))).{(((...(((.((.....)).)))...)))|((((............}}}},..,{((((......))))}.{{{(((({{..((((((((((((.((((((((......))))))))..,...)).}))))))))....,{.,...,)),}})))))))...)))))))..)))).))))))).,,,.....(((((((,.........,....))))))){(((((.((((((((....((((.((((((((((..{.....((((((.......))))))..(((((,,{{{,((((....)))),}}}))))..}}}},.)..)))))))))).)))).....)))))))).))))))........{((((......(((({....((((((...(((((((.,{,,,{,(({.{{(({,,.......)))},}}}.,}}.....)))))))...))))))...)))))....,.))))).)))).))))))....)))))},...}}}}.}}......}}}}}|((((((({(({.................)))),})))))),.....,,,},....)))))))))}..{((((.......}||}}..,,{||,|||{,,,{|{||}{,||||||,,,,.,,....}}}}}}},..,{|{{|,,,.....,.,}}}}}},},|{{{{{,||||,,,{{{{|||,,,,..(((((((.....((((((((........)))))))))))))))..,}}},,,)))))))},}})))))),}))).|,|.{{{{{.,,,...})))).,,,)))))))))....))).)))...)))))))))))).))).)))},.....,.,((((((({.,((((.(((......(((....(((...((((((..(((.(((((,,,((((({((({(,,,{,(((({(((((,....{{...{|||||....,,)})))),)),,,.}}}}}}}},,}}})),))))).))))).)))..)))))).))),.)))....))).))))))))))))}{{(((((..{{.,,,,,{{((((((....,,}}}}}))}..}},.}}}}))}....,||||||||.,,,,,)}})))}))))).))(((((.(((((..........((((..........)))).(((((..((((((((..........)))))))))))))...))))}.)))))...((((((.((((((...........((((((...))))))...(((((((..............))))))).))))))...))))))}))))))))))).,,,.,,,,.|{((({,,,,,,},,......,}}...)},}}}}}},.....))))|}|.........,||||....)))))})}},,.)))),,.}}}