Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRBA_0031700

Sequence Length

2662 nt

GC Content

0.4057

GAUGACAAUCUAAUGGAUGUCCUACAGCUGCUUGUUGCAUUAAUGUCAGAACACCCUAACUCUAUGAUUCCUGCUUUUGACCAAAGGAAUGGGUUACGUGUUAUCUACAAACUUCUGGCAUCGAAAAGUGAAGGAAUCAGGGUACAAGCUCUUAAGGCAAUGGGUUAUUUUUUAAAACAUCUGGCCCCAAAGAGGAAAGCAGAAGUCAUGCUUGGACAUGGAUUGUUUUCAUUGCUAGCUGAAAGGCUCAUGCUUCAGACAAAUUUAAUCACAAUGACCACAUAUAAUGUGCUGUUUGAGAUUCUUAUAGAACAGAUUGGUACUCAGGUGAUACAUAAACAGCAUCCAGAUCCUGAUUCUUCAGUGAAGAUACAAAACCCUCAGAUACUAAAAGUAAUUGCGACCCUACUUCGAAAUUCUCCCCAGUGCCCAGAGAGCAUGGAGGUUCGCAGAGCCUUUCUUUCUGACAUGAUUAAACUUUUUAAUAACAGUAGAGAAAACAGGAGGAGCUUGCUACAAUGCUCUGUGUGGCAAGAAUGGAUGCUUUCUCUCUGCUAUUUUAAUCCUAAGAAUUCAGAUGAGCAAAAGAUAACAGAAAUGGUAUACGCCAUAUUCAGAAUCCUGCUUUACCAUGCAGUCAAAUAUGAGUGGGGUGGCUGGCGUGUAUGGGUAGACACUUUAUCAAUCACUCAUUCAAAGGUCACUUUUGAAAUACACAAAGAAAACCUUGCCAAUAUAUUUAGGGAACAGCAAGGAAAAGUUGAUGAAGAAAUAGGGCUGUGUUCUUCAACUUCAGUUCAAGCAGCCUCUGGCAUUAGAAGGGAUAUUAAUGUUUCAGUAGGAUCCCAGCAACCAGAUACGAAGGAUUCUCCUGUCUGUCCUCAUUUCACCACAAAUGGUAAUGAAAAUUCAAGUAUAGAGAAGACAAGUUCACUAGAAUCUGCAUCUAAUAUUGAACUGCAAACUACUAAUACAUCUUAUGAAGAAAUGAAAGCUGAGCAAGAAAAUCAGGAGUUACCAGAUGAAGGCACUUUGGAAGAAACACUGACAAAUGAGACAAGGAAUGCAGAUGAUUUAGAAGUAUCUUCUGACAUAAUAGAAGCUGUGGCUAUUUCCUCUAAUUCUUUUAUAACAACUGGCAAAGAUUCAAUGACUGUCAGUGAAGUAACUGCUUCUAUAAGUUCUCCUUCAGAAGAGGAUGCCUCAGAGAUGCCAGAAUUCUUGGAUAAAUCUAUAGUAGAGGAAGAGGAAGAUGAUGAUUAUGUGGAACUGAAAGUAGAAGGCAGUCCUACUGAGGAAGCUAAUCUACCCACAGAGCUCCAAGAUAACAGUUUGUCUCCAGCUGCAUCUGAAGCCGGUGAAAAACUGGACAUGUUUGGUAAUGAUGACAAAUUAAUAUUUCAAGAAGGAAAACCUGUUACUGAAAAGCAAACUGAUACUGAAACUCAAGAUUCUAAAGAUUCUGGAAUUCAGACUAUGACAGCAUCAGGGUCUUCAGCUAUGUCACCAGAAACUACUGUUUCCCAAAUAGCUGUAGAAUCAGACCUUGGUCAGAUGCUGGAGGAAGGGAAGAAAGCAACUAACCUCACUAGAGAAACCAAAUUAAUUAAUGAUUGUCAUGGUAGUGUCUCUGAGGCUUCUUCUGAGCAAAAGAUUGCGAAGUUGGAUGUUUCCAAUGUUGCUACAGAUACUGAGAGGCUGGAGUUGAAGGCCAGUCCCAACGUGGAAGCACCUCAACCUCAUCGACAUGUGCUUGAGAUAUCAAGGCAACAUGAGCAGCCAGGGCAAGGAAUAGCACCAGAUGCAGUUAAUGGACAAAGGAGGGAUUCCAGAUCUACUGUGUUUCGUAUUCCUGAGUUCAACUGGUCUCAGAUGCAUCAACGUUUGCUCACUGAUCUAUUAUUUUCAAUAGAAACAGAUAUACAGAUGUGGAGAAGCCAUUCAACAAAGACAGUUAUGGACUUCGUGAAUAGCAGUGAUAAUGUCAUCUUUGUACACAACACAAUUCAUCUCAUCUCUCAAGUGAUGGACAAUAUGGUCAUGGCUUGUGGGGGUAUACUGCCAUUGCUUUCAGCUGCUACAUCGGCUACACAUGAACUGGAAAAUAUUGAACCUACUCAAGGCCUUUCAAUAGAAGCCUCUGUGACAUUUUUGCAGAGGCUAAUUAGCCUUGUGGAUGUGCUUAUAUUUGCAAGUUCUCUUGGCUUUACUGAAAUUGAAGCUGAAAAAAGUAUGUCAUCUGGAGGAAUUUUGCGGCAGUGUCUCCGACUAGUUUGUGCAGUCGCAGUAAGGAAUUGCUUGGAGUGUCAACAGCAUUCACAACUGAAAACUAGGGGAGAUAAAGCCUUGAAACCAAUGCAUAGCCUUAUUCCUUUAGGGAAAUCUGCAGCGAAGAGCCCAGUGGACAUUGUGACUGGCGGUAUAUCUCCAGUAAGAGAUCUUGACAGGCUUCUACAGGACAUGGAUAUUAAUCGGCUUAGGGCAGUUGUUUUCAGAGACAUAGAGGAUAGCAAACAAGCUCAAUUUUUAGCCUUGGCAGUAGUAUACUUUAUCUCUGUUCUUAUGGUCUCCAAGUACAGAGACAUUUUGGAACCCCAAAAUGAAAGGCAUAGCCAGUCAUGUACAGAAACUGGCAGUGAAAAUGAGAAUGUAUCACUCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-718.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -771.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 629.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....)))((....(((((((((((((((((((((.(((((((((.....(((((........(((((((((((((((((((((...(((((........)))))....))).)))..)).))))))..)))))))))))).....(((((..(((.(((..(((.....)))..)))...)))...)))))..(((((.......))))).((.(((((((((..(((((((((.((((..(((....)))))))..........((((.....((((((...((((.(((((((((((..........(((.((((.(((((((.(((((..(((((.((...(((((.((..(((((...))))).......(((((............(((((((.(((((((((......((((...........))))((((((((((((...)))))).....(((((.((..(((....((..((((.(((.(((((((.((.......(((((((((........)))))))))......)).)))))))))).))))..))...)))..))))))).(((((...(((....((((((((....))))).)))...))).)))))..))))))..........)))))))))(((((.(((((((((((.((...........))))))))(((((((...)))))))...............((((((..................))))))....((((((((.......((((((.((.((((((((((((((....(((..((((.........(((((.(((.((...)).))).)))))((((((..........((...((((((((.((..(((((((((((....))))..(((....))).((((((((......((((((.((((.......))))....)))))).....)).)).)))).((....)).)))))))..)).))..........))))))...))...((((((.((((((((((...((((((((........(((((((..(((.((..(((..(((.((((((......)))))).)))..)))..)).))).)))))))........((.....))..........)))))))).........)))))).))))...))))))..((((((.(((((((((((((((...(((((.......((((...)))).....)))))..)).......(((((........(((((.(((..((((....)))).)))..)))))))))).....(((((....((((((.((.((.(((........))).)).)).))))))......)))))..((.(((((((((((((.(((((...(((....))).....)))))............(((((..((.(((.((....)).))).)).))))).......((((((((((((((.(((((((.......(((((....)))))....))))))).......))))))).....))))))).((..(((..((.......))..)))..))...............))))))..))))))).)).))))))))))))).))))))..((((....))))...((((((....)))))))))))).))))..)))...))))))))))))))))))))))....(((....))).......)))))))).(((.(((((....)))))))))))))..))))).((((........)).))....)))))))..........)))))....)))))))..))))))).)))))))))))))))))))))))))((.(((........))))).....((((((......)))))))))))))))....)))))).((((((((..(((.......))))))).)))))))).)))))))))...(((((....)).)))....))))))))).))(((((((((((.(((..((...))..))).)))))((((((((((((((((((((((((((((......((((...................((((((((((.....)))...)))))))..(((((((((((.....)))))))))))....((((..(.((((.(((........))).)))).)..))))...))))......)))))))).....(((((..((((.(...((((((.(((((((((((..(((((((...((((.(((((.....))))).((((((((.....)))))).)))))).))))))).)))))))..((.(((....))).))....(((((......)))))....)))).))))))..)))))..))))).)))).))))))))))))))))...))))))((((..((....)).)))).....)))))))))))))...))))))))))....)).)))))(((((((.....(((..((((.(((((((((((...((((...))))...(((((((.((..(((...))))).)))))))((((((((....)))))))).)))))...((((((...........))))))..))))))))))..)))))).)))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,{{{,|||{...}}|||||,,(((((((((({{{(,(((((((((.....,{(({.,,,,..{(((((((((((((((((((((...(((((........)))))....))).)))..))}))))))..)))))))))))).....(((((..(((.(((..(((.....)))..)))...)))...)))))..{((((,..,,,.||}}}.((.(((((((((..(((((((((,((((..(((....))))))).,........{(({...,.{(((({....{(({({(((((((({,{,...|||.(((.((((.(((((((.(((((..(((((,{{...(((((,((,.(((((...))))).......(((((.....,,.....(((((((,(((((((((......,,({(....((((((.(((((((,,,(((,,,,.|||({((((((((({...,.((((({...})))))..}}},}})))}...}))}}).))))}),,}.})))))).)).)))).....))},,{(({{((((((..,(((({....,,))),,.)))).))).,,},}......((((((((....))))).)))......((((........))))........)))))))))(((((.{(((({({(((,({...,}},}}..}}}},},{(((((((...)))))))}...,,,........((((((...,..............))))))....((((((((.{.....((((((.(,{((((((((((((((,...(((..((((.........(((((.{{{.({...}}.}}}.)))))(((((({{{{{,.,.{((,..,|||||}}}},..((((({{((({....}))),,|||...,|||,{((({(({..{.,,,((((,.,,||,,.,,..)))}...,))))}|,....||.}}.,}}}.{{,,...,,}},}}}}...{||{,...,,...}})),}},,.|},}.{(((((.(((((({{((...{{{{{{{{..,,,,..{((((((..(((.((..(((..{{{.((((({......}))))).}}}..)))..)).))).))))))}.......,(({{{,.............)))))))}.,,,.....)))))).})))...)))))}..((((((.((((((((((((((({,,{(,(({{,...,(((..,{{|||,,...,||,,,,{,,,..{{{(.((((.(((...(((((.(((..((((....)))).)))..)))))...)))...)))),.)}}}|{{{||||||{{,{{{,,,{||{..|(((((.....))))).,..{{({{,{..{,,,..,,,}},,...{((({...(((....))).,,..)))),.,},,,}},...{{{{{..|{.|||,||,,,.)),)))}),.}}}}}{{{{{{{({{{((((((((((,(((((((.......(((((....)))))....))))))).......))))))))}},,},}})|}|{{,.{((..,{.......))..)))}.)}...,..,,|,...,,.....,)})))))})))).}}))))))))))).))))))..((({....})))...((((((....)))))))))))).))))..)))...))))))))))))))))))))))....(((....)))......,)))))))){(((((((((....)))))})}})))}..))))).((((........)).))...,)))))))...,......)))))..,.},)))))..))))))).)))))))))))))))))))})))}}|},|||,,.,,,,,||}...|||.((((((......)))))),,))).},,.,},))))}).((((((((..{((.......)}})))).))))}}}}.)))))))))...{{{{{....)).})}....})))))))).}}{(((({(((((.(((,,(,...,},}))).)))))((((((((((((((((((((((((((((.,....((((.,......,,,,|,.....(((((((({{...,,|||,..}))}}}}..(((((((((((.....)))))))))))....{(((..|.((({.{((........))}.)))).}..)))}...))))....,.)))))))).....(((((..((((.(...(((((({((,,(((((((..(((((((...((((.(((((.....))))),((((((((.....)))))).)})))).))))))).)))))))..||}{((....))},||{...(((((......)))))....,))),)))))}..)))))..))))).)))).))))))))))))))))...)))))}{{||..|}}}}})).}})).....)))))))))}}))...)))))))))).,}{||{||,,,,(((((({,,..,{{.,||{,,||||{{(((((...{(({...}})}...(((((((.((..(((...))))).)))))))((((((((....)))))))).)))))...((((((...........)))))).,|||}}|}}}}..)}}})),))))}))