Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRBA_0036400

Sequence Length

2217 nt

GC Content

0.4032

CCUCCACAUGCUGGGAAGUUGCUGUCUGUGUUAAAGCAUAUGCCUCAGAAGUAUGGUCCUGAUGCCUUUUUUAACUUUCCAGGAAAGAGUGCUGCAGCUAUUGCAUUACCUCCUAUAGCCAAAUGGCCAUACCAGAAUGGUUUUACAUUUCAUACAUGGCUUAGAAUGGAUCCUGUAAAUAACAUCAAUGUAGAUAAGGAUAAACCAUAUUUGUAUUGUUUCAGAACCAGCAAAGGUCUUGGCUAUUCUGCUCAUUUUGUUGGAGGCUGUUUGAUUGUAACAUCAAUAAAGUCAAAAGGAAAAGGCUUUCAACACUGUGUGAAAUUUGAUUUCAAGCCACAAAAGUGGUAUAUGGUUACCAUAGUACACAUCUAUAACCGAUGGAAGAAUAGUGAACUUCGAUGUUAUGUGAAUGGUGAGCUGGCUUCCUAUGGAGAGAUAACAUGGUUUGUCAACACUAGCGAUACCUUUGACAAAUGUUUCCUGGGCUCAUCAGAAACAGCAGAUGCUAAUAGAGUAUUCUGUGGUCAGAUGACUGCAGUUUACCUUUUCAGUGAAGCUCUAAAUGCAGCUCAGAUAUUUGCUAUUUAUCAGUUGGGCCUGGGAUACAAGGGUACAUUUAAAUUCAAAGCAGAAAGCGACCUUUUCCUUGCUGAGCAUCACAAACUUUUAUUGUACGAUGGGAAACUCUCUAGUGCCAUUGCAUUCACGUACAAUCCACGGGCUACAGAUGCCCAGCUUUGUCUUGAAUCAUCUCCUAAGGACAACCCUUCAAUUUUUGUUCAUUCACCACAUGCACUCAUGCUCCAGGAUGUAAAGGCAGUUUUAACACAUUCCAUCCAAAGUGCAAUGCAUUCAAUUGGAGGAGUACAAGUACUAUUUCCACUUUUUGCACAGUUGGAUUACAGGCAAUAUUUGUCUGAUGAGAUUGAUUUGACUAUAUGUUCAACCUUGCUGGCCUUUAUCAUGGAAUUGUUGAAGAACUCAAUUGCUAUGCAGGAACAGAUGCUUGCCUGUAAGGGCUUCUUGGUAAUAGGAUAUAGCCUUGAAAAGUCUUCCAAAUCUCAUGUUAGCAGAGCAGUACUUGAACUUUGCCUUGCAUUUUCAAAAUAUCUGAGUAAUCUGCAGAAUGGGAUGCCCCUGCUCAAGCAAUUGUGUGAUCACGUUCUUCUUAAUCCUGCCAUAUGGAUUCAUACCCCAGCCAAGGUUCAACUGAUGCUCUAUACUUAUCUGUCCACGGAAUUCAUUGGUACAGUCAACAUAUAUAACACCAUUCGGAGAGUUGGAACAGUGCUUCUCAUCAUGCACACGCUGAAGUACUACUACUGGGCAGUGAAUCCUCAGGAUCGAAGUGGUAUCACCCCAAAAGGAUUAGAUGGACCGCGACCUAAUCAAAAAGAAAUGCUUUCUCUACGAGCAUUCUUGUUGAUGUUCAUUAAGCAAUUAGUGAUGAAGGAUUCUGGAGUAAAGGAAGAUGAAUUACAGGCCAUUCUUAAUUACCUACUGACUAUGCAUGAGGAUGACAAUCUAAUGGAUGUCCUACAGCUGCUUGUUGCAUUAAUGUCAGAACACCCUAACUCUAUGAUUCCUGCUUUUGACCAAAGGAAUGGGUUACGUGUUAUCUACAAACUUCUGGCAUCGAAAAGUGAAGGAAUCAGGGUACAAGCUCUUAAGGCAAUGGGUUAUUUUUUAAAACAUCUGGCCCCAAAGAGGAAAGCAGAAGUCAUGCUUGGACAUGGAUUGUUUUCAUUGCUAGCUGAAAGGCUCAUGCUUCAGACAAAUUUAAUCACAAUGACCACAUAUAAUGUGCUGUUUGAGAUUCUUAUAGAACAGAUUGGUACUCAGGUGAUACAUAAACAGCAUCCAGAUCCUGAUUCUUCAGUGAAGAUACAAAACCCUCAGAUACUAAAAGUAAUUGCGACCCUACUUCGAAAUUCUCCCCAGUGCCCAGAGAGCAUGGAGGUUCGCAGAGCCUUUCUUUCUGACAUGAUUAAACUUUUUAAUAACAGUAGAGAAAACAGGAGGAGCUUGCUACAAUGCUCUGUGUGGCAAGAAUGGAUGCUUUCUCUCUGCUAUUUUAAUCCUAAGAAUUCAGAUGAGCAAAAGAUAACAGAAAUGGUAUACGCCAUAUUCAGAAUCCUGCUUUACCAUGCAGUCAAAUAUGAGUGGGGUGGCUGGCGUGUAUGGGUAGACACUUUAUCAAUCACUCAUUCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-573.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -621.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 573.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.(((((((((((......((((((..((.(((((.......)))))))..))))))......))))))))))).).((.(((.((((.....)))).))))).....(((..((((((((.(((....(((((((........((((.((.((......)).))))))........(((((((((((.((.....)).)))))))))))....))))))).....)))..))))))))..))).....)).))))))(((((((((((((...........((((.(((((((.((((((...((((.((((...((((....)))).))))..))))((((((((...)))).)))).((((.......))))........(((((((((.(((((.(.(((((((((.((((((((((..((((.((((((....(((((((((...((....))...)))))))))((.(((((((((((....(((.((((((((((...((.(((..((((((((....))))))))..))))).........(((((.....).)))).)).)))))))).)))......))))))))))).))..((((........))))..(((((((((....)))))...))))((((((((.........((((((((((((((........(.((((.((((((((.............((((.......))))((..(((((((.............)))))))..)).....................((((....)))).....)))))))).)))).).........)))))))....)))))))(((......((((((((((....)))).)))))).....)))..(((((((((((((((((...))))))).......))))))))))....(((.(((((((((((((........)).......(((((((..(((((((..(((((.((((........)))).(((((((((((....)))))...))))))..............(((((((....(((((.(((...(((((...(((...)))..))))).....))).....)))))...)))))))...)))))...)))))))(((....))))))))))..(((((........)))))......)))).))))))).))))))))))).....)))))).)))).))).......))).))))............))))))))).)..........((((((((................)))))))).((.(((((((.((..(((...)))(((((((((..((...(((.(((...((((((.((((.(((((((((((.(((((.(((((.......)))))))))).)))))..(((((((....)))))))...((((.((((((((..(((((((((..........)).)))).........(((((...((.(((((((....((((...))))))))).))))(((.....))).....))))).....))).)))))).)).)))).(((((....)))))..)))))).)).))))))))....))).))).(((....(.(((((.(((((((((.....(((((..(((.(((..(((.....)))..)))...)))...)))))((((((((...(((((......))))).))))))))..((((..((((..(((....))))))).........(((((..(((..((..((..(((.((((..((...))..)))).))).))..))..))).)))))........)))).....)))))))))))))).)...)))..........(((.((((...)))).))).))..))))))))).........)).)))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))..(((((((.......(((.(((.(((((((.((.......(((((((((........)))))))))......)).)))))))))).))))))))))..............(((((...(((....((((((((....))))).)))...))).))))).....)))))))))))((((((((((((.(((.(.......).))).)))).......))))))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((((.{.(((((((((((......((((((..{({((({{....,..))))},}..))))))......))))))))))).}..({(((.((((,...,)))).))}})}....,{{{,.,,((((({....{{{||,,....))))}.....,))))).(((((((..(((((((....,{,(((((((((((.((.....)).)))))))))}|,{(((({,(((((((((((...,(({.,{,,|||{{{..(((((((((((.{((((((.............)))))},.......)))))))))))..|||((((((...}))))}.(((((....)))))...,({{{{|}|||{....{{{||,|},|,}}||(({{,{{{{{.,{,,{{{{{.{{{{{,{(({({{{{((((.({{{(,.{({{{.{{...|||||{{((({{{...,|,...}},,.))})))}}|((.(((((((((((.{.{(((.((((((((({.,.((.(((..((((((((....))))))))..))))).,,.,,|(,{((({.....).)))))},.)))))))).})}.}}.}.))))))))))).))}{{{{|........,,,|,,|||}|||||}||,}}}},,,}}||||.{{{{{.....,,...((((((((.{((({...,,}}.{((((....))))},,))))))))....||{{....,,,))}),)),}}|||||}},|,,{{{{{{.|||||||,}}},.......}|},,........||||....}.||||||||||,...,}|.}|||}},.,,.}}}}}|{(((((.(((({{.,,,......((((({((({....}))).})))))....})))))..)))))}..(((((({...})))))),))),))))}.}|{||,,,..,}))}))}})))}))((((((((((..((((((({(,((((.((((((((..(((((.((((........)))).(((((((((((....}))))...)))))}||....,.,,....(((((((..,.(((((.(((,,.(((({...(((...)))..})))).....))).....))))),,.)))))))...)))))...)))))))).({({(.,(|,,({((...((((((......((((((((..(((((...,,,((({{((,,,{,,,(({{..,..(((((((..(....)..))).))))......,}}}......|,...}),}))))))},,((((((((.............,..))))))))....)))))..)))))))).)))))).))}}||||}}))).{{....)).,|||,{||,,.,,.,.},,(((((.((({{{(((((.......)))))))))).))))))))).}}.))))))).)))))))))),))))))))},.,}}..)))),.))))))))))))))......(((((((((,.,(((((((((({,({,{{,...)}}))))}}.{{{{,,,..}}}),,...(((((((((.((((,.......,(((((((((((((((((({((...(((((........)))))....))).)))..))}))))))..)))))))))))).{{.((((((..((((.((((.,,,,,,,......{(((({.,{,.....)).(((((.......)))))(((..(((({{(({,,,,,,{...,((((..{((....))))))).........{{{{{..||{.,{{,.....|{{,(((({{(,...|}..,}}).}))...,,)).,},}.))))).,.,}))))}})))))..)))((..(((((...)))))..}}......})}}}}..,,,,}}}|{{,.(({.......))).,},,...)))).))))..)))))).}}(((((((...)))))))...))))))))),(((({,.....,||{{.(((.(((((((.((.......(((((((((........)))))))))......)).)))))))))).}}}}||}}}}.,........,,..{((((...(((....((((((((....))))).)))...))).))))}...))))))))),......})))))))))..))(.((.((((((.({...........)))))))).))..)