Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_LRCH3_0005400
Sequence Length
2956 nt
GC Content
0.3928
UAUUGGUAAUGAAUCAUAUACUGAAUUUUCCGUACUCAAGUGGUUGGCACACAGAAUUAAGAACGGAAAGUACAAGCCUAAUUGGCCCACACAGAUGGGAAAAGGUCAUUAGAAUUAGGUUCUAACCAAUAUUAAAUGAUUUCUGUGUCAUUAAAUUUUUGAGAUAUGUUAAUAUAAUUGAAUUUUUCAAAAUAAAUUUGUUUGUAUCAUCAAUAUUCUGAUUUUUGAUUAGCUCCUGUAGGGGAAUGGCACUACAAAGGUCAGGUUUAUUUUUUGCCUUACAUUAUAUCUUUAGACGCUAUCUCCCACUCUAUAAAGUAAAAUAUACUUCAUUGCCAUGUUUGUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUGAGACAGAGUGUUGCUCUGUCACCUAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCGGCUUACUGCAAGCUUUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACCACAGGCGCCCGCCACCAUGCCUGGUUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUAGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCUGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCACGGCCCUGUUGCCCUGUAUUUUCUAAGACACUUAAUUGAACUCCUUCACCAAAUCACUUCUUGAGUAUUUACCUUCUGAGCAUGGGAAUAACAAUUUUCUCAUUUAAUCACCAUAAUAAUAUUAUGAAUUGAUUACUAAAAUUAUUUUCAUUUUAUAGCUGAGGAAGCUAGCACUCAAAUAGGUUAAAUAACUUGCCUAAGGUUAUAUAACAGAAAUAGUAUUUGAAACCAGACUACCUUAACUCUUUCUGAAGUGGUCAAAUACAAUUAUGUCCAUUAGGAUUUAGGGGUAUGGUUUCGUGUAGGUUUAUUAACAAAGAUGGAAGAUGGUUAUCAUAAAUUAAUACAUAUGUAAUAUAGUUGGAUCACUUUUUCCAGGUAGAUUAUGAAUAUAAGAGGUUACGUGGGAGAAUCCACAAAUAUAUUUAAACUAGAGUCUACAUUCUAGACCACUAUUUUUGGAGCCAGUUAGAACUAGGACAUAAAGAUCAGAAUGUAUGUUUAUCAGCAUCUCUUCAGAACUUGGGUUAAAAACAUGAACUAGAAGUAAACUAUAAUUCAAAUUCUUAUUUUCAAAUCAUUUAAACAUUUUGUUUCUACUUAUUCAAUCCUAAAUACUUAAAAGGUAGAGAUGUGUUAUAGAAGCUGCUUUUUGUUUUCUACAAAAGAGGUUAAUUGAUAUCCUCAGUCAUAUAAGGAACUUGUGGCAGAAUAAGAAUUAGUGUCCCAGCCAGGCGCAGUGGCUCACACUUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCGAGAGGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGACCAACAUAGUGAAACCCCAUCUCUGCUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCACGCACCUGUUAUCCCAGCAACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGAUUCCGUCUGGGAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAUGAGUGUCCCUAAAGCUCUCCAUUCCCAUCUGAUGGUUGUUCAGCAACAUCCUUGUUGGUUCGCUCUUUUUUUCCUCUUCAUUAAGUGAAAGCAAACUGCUGUUUUCAACAUACGUAUUUUCUGAGAGAUUAUACAUUGCUAUUACCUUUUGGCUCAGACUCGAUUUUUCUAUGCUUUCAACUUUUUUUUUUUUUCUAGCUAGGAUUUGAACCUAUAUCCUUUCAACUUCUUUUAGAACCAUUUUAAUGCCUAGAGCAUUGGACUCAGAAGUCUAGCUUCUGGCCGGGCACGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCGCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGUCAACAUGAUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGUGGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUGGAACCCGAGAGACGGAGGUUACAGUGAGCUGAGAUCGUGCUAUUGCACUCCAGCUCGGGUGACAACAGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGUCUAGCUUCUGAUUCUACUUCAAUUAUUAAUUGGUAGGAAAAGUAAAAAUAGUAUUUUCUCUAAGGAUACUUUAAGGAAAUUAACGUUUGAGGCUUAUUGAAAAAUUUGGCAAGAGGUCUCUUUUUAUUCUUUUUUCUUUUUAAAAAAAAGAAAAUAGAGACAAGGCCUUACCAUGUUGCCCACGCUGGUCUGAAACUCCUGGGCUCACGUGAUCCACCCACCUCGGCUUCCCAGAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCAUACUCCGCAGCAAGCGGCCUUUUCUAAAUAGUAAAUGUAUUGUUUUCUUUUAGUCAUAUUGGAAGAAUUUUAAGUGUUAAUGUGGCAGCUUCCCUCUGUUCAUAUAAUGAUGGGUUUACAAAUUAUUUUGGCUGAUCUCAGAAUUAUGGUAUUCUGAAUUUAUUAAUCUUCGAACCUGUAGGUAGUCUCUUUUCAGAACCAUUGAAUUAAGCUAUUAAGUGAGAUACCAGAAGGUCUCCCAAACAUAUCUAAUUUUAUAGACAGUUUAAAGCAGACAAGUUUGUAAUGUUAGGACAAUCUUUAUUUUGUAUCUUUUCGAAAUAGGAUGUGAGCUGCAAUGAAAUUCAAACUAUACCUUCCCAAAUUGGUAACCUGGAGGCCUUGAGAGACCUUAAUGUAAGAAGAAAUCACCUAGUACAUUUGCCUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1098.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1150.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 625.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....)))).)))((..(((((((((.((.(((((.......)))....)).)).)))))))))....(((.....)))(((......)))(((((((.(((((((((..((((((((.........((((((......))))))........((((((((...((((((.(((((((........))))))).))))))....((((.(((((((((((....((((((....))))...))....)))))))))))..)))).............))))))))((((((..(((((.((((((......(((((((.((........((........)).......)).)))))))....))))))..(((((((..((((((((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((.((..((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((..(((((((((.(((((.(.((((...(((((((.((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((..(((..((((................)))).(((((((..((((............((..((((((.((..(.((((.((((((((((........))))))).((((((.((((((...))))))...)))))).((((((.......))))))..))).)))).)..)).))))))..))((((.(((((((.....))))))).))))(((((((((....((((((.((((((.(((........))).))))))..((((..(((.((((....)))).)))..))))))))))((((.(((((((((((..............))))..))))))).))))......((((((..(((((....(((((((.((((....(.......)....)))).))))))))))))....))))))....(((((((....)))))))...))))))))))))).))))))).....((((((...((..(((.(((.((.....))))))))..))...((((.((((.........))))..)))).............((((((((((((.......(((((((((...((((((((((.....................))))))))))))))).)))).......((((((.....))))))((((.((.....)).)))).((((((.........)))))))))))))))))).))))))..)))..)))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))..))))))))))).)))))))...)))).).))))).)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))).))))))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))..).))))))))))))))))))))..))))))))))))..))))))(((((((((((((((((((..((((((.(((((..((....(((..(((((.......)))))......)))((((....))))))..))))).))))))..)))).......((((((((......))))))))......((((..(((...)))..))))...((((........))))........((....))............))))))))))))))).(..(((((..........)))))..)........)))))))))))))))))......((.((((.(.(((((((...))))))))))))))..((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((((..((((((((.(((.(((((((.(((..((...((((((................((((((((..((..(((....)))..))..))))))))..(.(((((((.((((.((((..((((((....(((.....)))..(((((..(((((((.((..((((....))))))))))))).)))))..))))))..)))).(((........))).........))))))))))).)((((((..(((((...))))))))))).......((((...(((((((..(((....)))..)))))))....))))(((((((.(((..(....)..))).)))))))...........((((((((((...))))))))))))))))...))..))).))))))).))).))))))))..))))))))).)))).))))))))))..))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).....((((.....)))))))))))......((((((((((((..((((((((((...))))))))))............(((((((((.......))).))))))...(((.(((...((((....))))))).)))(((((((......))))))).........(((((..((.(..((((..((((...((((.....))))(((..(((....)))..))).....(((((((((.........(((((.((((((((.((((.....))))..)))))))).))))).(((.((((.((((((........))))))))))))).......................((((..........))))....))))))))))))).))))..).))..))))).......))))))))))))....))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.....}}}}.}}}{({.(((((((((.((.,{{{{.,,,...,,),,..}}.)).))))))))).,..(((.....))){{,.,,,,,,||(((,(((,(((((((((..((((((({.,,,.{{{.((((((......)))))).}}}..}}|(((((({...((((((.{((((((........))))))}.))))))....,{{{.{((((((((((....((((((....)))}..,))....))))))))))}..,,,.....,........,}}}}}},((((((..(((((.((((((...,,.{{(((((.{(..,,..,.,{.....,..,},.,,...}},}}}}}},,|||}))))}..(((((((..((((((((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((.((..((((((((((((((((((({{{{((((((((((((((((((..(((((((((.(((((.(.((((...(((((((.((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((..(((...,.,{{{{{,,,..{{{{{,{{{{,,{{{{((,.,,,,,,,,........((..((((((.,(,,.{((((.((((((((((........))))))).((((((.((((((...))))))...)))))).{{{{{{.......}}}}}}..))).))))}).,)}.))))))..))((((.(((((((.....))))))).)))).,,{,,,{(,,.{(({{(({,{{,,({(((,.,,,,..}},,||||,|{.|,.,.,}},))})},)))))).,))))))),}}}}||}|,|{,{((((,{{{{(.{{{,{{{,,,,{{{{,,..||||||,.,|||,,..|{((({((.,((((,....{{{||||,{||,,||,|....,,,,....}}}),|||}}}}})))),...}}}}},....(((((((....))))))).,,}}}}||||||}}}|||||,.,.}}}.||{{{|,|||,|,,{{||||||{||,,,.}})))}},})).,,.}}|,,|||,......}|}|}},,,|},...},.,..}}}.((((((((((({...........(((((...((((((((((.....................))))))))))))))).||||{{{....,,{{||,,,,,)}},,,((((.{,.....,}.)))).((((((.........))))))}))))))))))).)))))}..)))..)))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))..))))))))))).)))))))...)))).).))))).)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))).))))))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))..).))))))))))))))))))))..))))))))))))..))))))((((((((((((((,((((..((((((.(((((..((...,({,..{(({{.......})))).,|,..}}}{({{....))))))..))))).))))))..)))).....,{((((((((.,....|||},.,,,}....{{{{..{{{,,,|||,,}}}}...((((........))))........||,,,,))..})))))),.,))))))))))))))).{..(((((.{{....,,.)))))..}........)))))))))))))))))|}}.,.((.{(((,(,{{{{{||,..)))))))))}|||}..((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((((..((((((((.(((.(((((((.{({..{(,,,(({(((,...............{{{{{{{{.,||}.|||,,,,|||,.,,.,||||}}},.,|}|||{{{{.||||.((((..((((((..,{(((,,...}||,{((({(,,({(((((.{{..((((....)))))))}})))),))}}}..))))))..)))).{{(,.......})}.........}}}}}}))}}}.,((((((,.{{((,...,}}})))))))..,,...,{{,.,{(((((((..(((....)))..)))))))..,,.}}}{{{((({.{({..,....,,,)}}.}}|||||,.,,,.{{{{{(((({{{{,,..,)))))))))},)))))...)),,))).))))))).))).))))))))..))))))))).)))).))))))))))..))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).....{(((.....)))),,,,,,,..,,,,((({{{{|||||,,{(((((({((...}}})))))},......,,{{{,{{{||||{{..,,,,,)))},}))}},,,(((.(((...((({....})))))).)))(((((((......)))))))..,,.....(((((..((.,..((({.,(((({,,(((,.....}})}|{{..{{{....)))..}}}.....(((((((((........,(((((.((((((((.((((.....))))..)))))))).))))),{{,{(({{{((((((........)))))))))))}},,,......,,...,}},.....((((..........))))....)))))))))))))})))),,,.)}..)))))....,..}))))}}}}})}..,,))
Back