Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRCH3_0006900

Sequence Length

2097 nt

GC Content

0.4206

AGCUGGCGGAGUUGCCUUUGAUACGGUUAGACUUCUCAUGCAAUAAAAUUACCACAAUCCCUGUUUGUUAUCGGAACCUCAGGCACCUACAGACGAUCACCCUAGAUAACAAUCCACUACAAUCACCUCCUGCACAGAUAUGUAUAAAAGGCAAAGUCCACAUAUUUAAAUACCUGAACAUACAAGCUUGUAAGAUUGCUCCAGAUCUGCCGGAUUAUGAUAGGAGACCGUUGGGUUUUGGCUCCUGCCAUGAAGAACUGUACUCAAGUCGCCCUUAUGGAGCCCUUGAUUCAGGCUUCAAUAGUGUGGACAGUGGUGAUAAGAGAUGGUCAGGGAAUGAACCUACAGAUGAAUUUUCAGAUCUGCCUCUUCGAGUAGCAGAGAUUACUAAAGAACAAAGACUACGAAGAGAAAGCCAGUACCAAGAGAACCGCGGCAGUUUGGUAGUAACAAACGGCGGAGUGGAACAUGAUCUGGAUCAGAUUGACUACAUAGACAGCUGCACCGCAGAGGAAGAGGAGGCCGAGGUGAGACAGCCCAAGGGACCAGACCCAGACAGCCUUAGUUCACAGUUUAUGGCGUAUAUUGAACAGCGGCGAAUCUCUCAUGAGGGUUCACCAGUAAAGCCAGUAGCCAUUAGGGAGUUUCAAAAAACAGAAGAUAUGAGAAGAUAUUUACAUCAAAACAGGGUUCCAGCUGAGCCAUCUUCCCUCCUGUCACUAUCAGCAAGUCACAAUCAGCUGUCACACACAGACCUGGAACUUCAUCAGAGAAGGGAGCAGUUAGUAGAGCGCACUCGGAGAGAGGCUCAGCUUGCUGCCCUGCAGUAUGAGGAGGAGAAAAUAAGGACCAAGCAGAUCCAGAGAGAUGCUGUCCUGGACUUUGUCAAACAAAAAGCAUCACAAAGUCCACAAAAACAGCACCCGCUCCUAGAUGGCGUAGAUGGUGAGUGCCCCUUCCCAUCCAGAAGGUCUCAGCACACUGAUGAUAGUGCCUUGUGCAUGGUAAGAGUUUUGCACAAAACGGAGUUUCGCAUUUCUGUGUUUAGAGAUUGUACUUUUUAUUCAGAAACUAUCUAAAUACCAUAAAACAUGAUGAACAUCAUUACUAAAUGCUUUAUGAAGAACUAAACCAUUUUCCCACAUGACCAUUUGUGAUUGACCCAGUGUUUCAAAGUUCUGCAGCUCAUAUCUUUGUCAGUGCCACCGAAAGGAAAACAUUUGCCUUGAGAACCAUAUUGGCUUUGUGUGUGCUGGGAAUGGAGGCAUAACAUAAUAUUCAUGUUUUAAAUGUGUCUAAUUCCAGGAGCACUUACUUUAUUAAUCAUUAAUUUGGCUCAUGGGUCACCUAUAUGUUAAGGUGACUCAUGACACUGAUUGCACAGCUGUAUAUUUGGCAUCCAAUUUUAUGAUGUAUUUUCAGCUACUGAAAAUCCUUCACUUUGGUUUUAAAUACUUACAGCUCAAGAUUAUUCCUUCAUGUUCACUUUUUAAACCCAAGGAAACAUUAACUGCUGAUCGUGUUGAACACUGGCUUACUUUUAUUGCCUGUUUCAUCAGCUCAAAAUGAGUAUAAGAUGGAAGGUUUAUUUAACAUCUUAUUAGCCUUGCGAAAGAAUUCUAACCAUUUCUAGAAUUUCUUUCCCCAUCAUGUUUUAUGUGAUUGUUUUCAUAGUAGUACGUUCAGAGGUCUAGUGCCUACAGUGCUAGUAACUGCUGCCAGGGUGCAUCCUGCUGCGUGAGCUGCAUGCCUCAGCAUGACAUUCCUGUUACAUCAGCUUCCGUGGUCUGUUCGCAUUGCUGUGUAUUCCACAACCUUCAUUUCCUUUGAGAUGGAUAAAGCACCUUUUAACUGGGCGGUCUUAUAGGUGAAUACAAUCAUCACACUCUAGAGUUUUAGUUUAAGUGAAUUGGCCUAAGAAGCGAAUAAUAAGUUAAAAAUGUAGACAAAUAUUGAGAGCCUCCGACGAUCCAAACACUUACCAAAAUUAUCUCAUUUACUCCUCGCAGCAACCUUAAGAGUGAAGGUUAAACUUAUCACCUUUUUACAAAUGAUUACUGAGGCCCAGAAUGUGACUUGUCCAAUGUCGCAUAGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-552.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -589.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 492.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((..(.(((((((((........)))..)))))).)..))..........((((..(((((((((((((((.((((.(((..(.(((...(((.(((......(((....)))((((((.....(((..((.(((....))).))..)))....((((((((.........((((..((((....((.(((.((((......))))))).))..)))).))))(((((....)))))((((....))))(((((..(((...(((((..((((....)).)).)))))..))).)))))...)))))))).))))))......))).)))))))..))).....(((((..........))))).((((((((((........((....))........))).)))))))...(((.((............))))).)))).)..))))))))))).))))))).....((((((...)))))).........(((((((((...)))).((((((...(((..((.((.((..((((..(((......))).....(((...(((((..((.........))..)))))...)))(((.(((((.(((.((((.((..((...))..)))))).)))))))).)))..........((((((......))))))...........)))))))).))..))).))))))...))))).......((((((((((.....((((.....))))..((((..((((((((((((((((((((((.(((.((((...(((.....))))))).))).))))).((((.....((((((.........(((((..((((..((....))..)))))))))(((((((((...............)))))))))........(((....)))..(((((((.((((.(((((((((..(((((.......))))).....((((..........)))).(((((((............)))))))..(((((.(((.((......((((((.(..((..((((.(((((((((.....)))......((((((((((((((....((((....(((((.((((........)))).)))))......))))(((...((((((((...((((((((.........((((.(((((....(((((((....(..((((..........))))..).....)))))))...))))).))))((((((((.(((((((((.......)))))....)))).))).))))).)))))))).......)))))))).....)))..((((((((((((........))))))))))))((((.(((((((.((((((((((((((...((((.....(((.(.((((((((...)))))))).).)))..))))..)))))))..)))))))...((........))(((((..(((.........)))..)))))....))).))))))))((((.((.(((...........))).))))))...(((((...)))))((((((((..............))))))))..((...))((((((((((((........))))).)))))))..))))))))))))))(((((((.(((((...((..((((((((((((((((((..((((.((((......((((.((((((((((.(((..(((((.....)))))..))).))).)).)))))......)))).....))))))))..)))))..((((.....))))...((((((((....))))))))...)).)))).....)))))))..)).....))))).)))))))..........(..((((((.((((.....)))).))))))..))))))).))))..))..).)))))).....)).))).)))))..........)))))))))...)))).))))))))))))))))).((((((.......)))))).......)).))))))).....)))....))))).))))..))))))))))....((((.....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(({{(.(((((((((........)))..)))))),),.))..........((((..(((((((((((((({,(,,{.{{,,,{.{{,...(((.(((...,,.(({....}}|(((({{.,,,,(({..((.(((....))).,,..)))....((((((((..,......((((,.{{((....{{.{{,{((((......)))))}}.}).,||||.||||(({((,...}}}},||||,,,,)}))|||{{..{{{...(((((..((((....)).)).))))).}))),}))}),..)))))))).)})))),,....))).)))}))}..}}}.,,..(((((,,....,,..})))).((((((((((........{{.....,........))).)))))))...{{{.{{,,,,,.....,..,}}}.})))}),,))))))))))).))))))).....((((((...)))))),........{{{{{{(((...))}|(((,,((((((((..((.((.({..((((..(((......))).....,(((({((,....(({..({{{...{,{||,,,...||.((({(((,...|}}||})).}}.}}...))}},,))),})))))),||||,........,.((((((......))))))...........)))))))).))..))).))))))})}))))}.......((((((((((..,.,((((.....))))..((((..(((({{{,,,||||((.(((((.(((.((((.,.(((...},),))))).))).)))))}}{((.{,..((((((,,,......(((((..((((..((....))..)))))))))(((((((((....,.....,....)))))))))........{((....)))..{((((((.((((.(((((((((..(((((.......))))),.,,,({,{.||,,.,...}})).{((((((.,,.......,.))))))}..(((((.(((.((......((((((.(..((..((((.(((((({{{.....}}}......((((((((((((((....{{((({{.(((((..(((((..{{,........,,}},...})))}.}}}}))))},,}|.((((((((((({.,.((.((((...........(((((((...,(..,,||.......,.{||,,..,...,....,)))...||({{{,((((((.((((.(((((((((.......)))))....)))).)))).)))))).,))))...,...,,,,..,..,,,,.,)}.(((((((((((((........)))))))))))))})))))},,...((((((((((((((.,.((((.....(((.(.((((((((...)))))))).).)))..))))..)))))))..)))))))...{{...,{{{{|.,{(((..{{,.........)))},)}}}}...)))).)).,...}})))))))))..|{,,,...,,{.{{{......}}|{{||,..,))))|{{{{{{(.,(({,...,,}..}}}}}))}.,||,,.,}((((((((((((........)))))})))))))..))))))))))))))(((((((.(((((.{{((..((((((((((({((((((..{{{|,||||}...||{,{{.((((((((({.(((..(((((.....)))))..))).))).)),,))))...}}.)))|,,..,|||}}}}}.,))}},}.||||.....)))}...((((((((....))))))))...,},)))).....)))))))..)).,}..))))).))))))),,.{,,,,{{{..,.,|||,||,|}}),.,,,||,,..,,.}})))))).))))..))..).)))))).....)).))).)))))..........)))))))))...)))).))))))})))))))),)}|,((({,,,.{{{|||||....,,..}}}))))}},.....}}}....})))}.))))..))))))))))....((((.....))))