Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRCH3_0009400

Sequence Length

1008 nt

GC Content

0.4841

UAACAGAGUCUCUUUUCGGCAGCCAUGAAGAACUGUACUCAAGUCGCCCUUAUGGAGCCCUUGAUUCAGGCUUCAAUAGUGUGGACAGUGGUGAUAAGAGAUGGUCAGGGAAUGAACCUACAGAUGAAUUUUCAGAUCUGCCUCUUCGAGUAGCAGAGAUUACUAAAGAACAAAGACUACGAAGAGAAAGCCAGUACCAAGAGAACCGCGGCAGUUUGGUAGUAACAAACGGCGGAGUGGAACAUGAUCUGGAUCAGAUUGACUACAUAGACAGCUGCACCGCAGAGGAAGAGGAGGCCGAGGUGAGACAGCCCAAGGGACCAGACCCAGACAGCCUUAGUUCACAGUUUAUGGCGUAUAUUGAACAGCGGCGAAUCUCUCAUGAGGGUUCACCAGUAAAGCCAGUAGCCAUUAGGGAGUUUCAAAAAACAGAAGAUAUGAGAAGAUAUUUACAUCAAAACAGGGUUCCAGCUGAGCCAUCUUCCCUCCUGUCACUAUCAGCAAGUCACAAUCAGCUGUCACACACAGACCUGGAACUUCAUCAGAGAAGGGAGCAGUUAGUAGAGCGCACUCGGAGAGAGGCUCAGCUUGCUGCCCUGCAGUAUGAGGAGGAGAAAAUAAGGACCAAGCAGAUCCAGAGAGAUGCUGUCCUGGACUUUGUCAAACAAAAAGCAUCACAAAGUCCACAAAAACAGCACCCGCUCCUAGAUGGCGUAGAUGGUGAGUGCCCCUUCCCAUCCAGAAGGUCUCAGCACACUGAUGAUAGUGCCUUGUGCAUGUCGCUGUCAGGGUUGAAUCAAGUGGGCUGUGCUGCUACCCUGCCUCAUUCUUCUGCCUUCACGCCUCUUAAGAGUGAUGACAGACCUAAUGCUCUAUUAAGUUCACCUGCAACAGAAACAGUUCAUCAUUCCCCUGCAUAUUCUUUUCCUGCUGCUAUCCAGAGAAAUCAGCCUCAGCGCCCUGAAAGCUUCCUUUUCCGAGCAGGUGUCAGGGCAGAAACCAACAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-292.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -312.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 257.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......(((((((.(((.(((((((((((..(((...(((((..((((....)).)).)))))..))).)))))......))).)..)).))).)))))))(((((.....)).)))..(((((..........))))).((((((((((........((....))........))).)))))))..(((.((((..(((((((.....((((((((.......)))))((.((((((((((.((.((((...(((...((((..(((((..((......(((((((((...(((((.(.((((((((((((((...((...(((((.((((((....((.(((((.....((((..(((((..(((.((.(((((((....)).))))).))......((((...((((((.((((((.............((((((......))))))...........((((....((((.......(((((((((...(((....(((.........(((((((.....))))..)))...((((......))))((.(((((.(((.((((...(((.....))))))).))).)))))))))))))...)))))).)))....(((((..((((..((....))..)))))))))(((((((((...............))))))))).......)))))))))))))).)))))).....))))..((((.(((((.......))))).....)))).))).))))).))))))))).))...)))))).)))))...))...)))))))).))..))))).))))).)))))))))((((((((((....)).))).))).)).......)))))))..))))...)))...))))..))))))..)))))))))))...)))))))..))))))).....(((........)))...(((((((..((((.(((....))).)))).)))))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,,,((((({.,{({(({{{,{((((,.(((,,,(((((..((((....)).)).))))}..}}),))))}....,,|||,|{{|||}||.|||||||{{{{((({,,||,.}}..(((((,,....,},.})))).((((((((((........{{.....,........))).)))))))...({{,{{,..,,,,{,,..{{|||.(((((.......))))){|,(({(({((((.{{.((((...(((.,,((((..(((((|,{{,{,...(((((((((...(((((.(.((((((((((((((...((...(((((.((((((....((.(({{(.....{{{,..{{{||,,|.,.((.(((((((....)))))))).)).||,..{{{{...((((((.((((((,{{........}}|(((((......)))))}...,,....{{((((...(((((((((.(((({((,,((((..,,..{{((..,.........}|||,.....))))..|||...((((......)))),,.{|||,..,,.(((,...}}|)).))))))))))))).),,)))))),.,,.,,,}|,}|.,......(((((..((((..((....))..)))))))))(((((((((....,.....,....))))))))).........,,,,}})))))).)))))).....)))),,{|||.(((((.......))))).,{{{|,,,.))),.||||,|||,}}))),)),,,)))))).)))))...))...)))))))).)).,})))).))))).))))))))),.(((({,{(,....),))),})}.}}......,),)))))..)))).,.)))...))))..}})))).,))))))))}))...))))))),.)))))))....}|||......|{}},.,,(((((((..((((.(((....))).)))).))))))).............,