Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0001900

Sequence Length

1998 nt

GC Content

0.3999

GUUUGGCUGUGGAUUAUUUUAGUGAACGCAUAUAUUGGGCUGACUUUGAGCUCUCCAUCAUUGGCAGUGUUCUGUAUGAUGGCUCUAAUUCAGUAGUCUCUGUCAGCAGCAAACAAGGUUUAUUACAUCCACAUAGGAUCGAUAUCUUUGAAGAUUAUAUAUAUGGAGCAGGACCUAAAAAUGGUGUAUUUCGAGUUCAAAAAUUUGGCCAUGGUUCAGUAGAGUACUUAGCUUUAAAUAUUGAUAAAACAAAAGGUGUUUUGAUAUCUCAUCGUUAUAAACAACUAGAUUUACCCAAUCCAUGCUUGGAUUUAGCAUGCGAAUUUCUUUGCUUGCUAAAUCCUUCUGGGGCCACUUGUGUGUGUCCAGAAGGAAAAUAUUUGAUUAAUGGCACCUGCAAUGAUGACAGCCUGUUAGAUGAUUCAUGUAAGUUAACUUGUGAAAAUGGAGGAAGAUGCAUUUUAAAUGAGAAAGGUGAUUUGAGGUGUCACUGUUGGCCCAGUUAUUCAGGAGAAAGAUGUGAAGUCAACCACUGUAGCAACUACUGCCAGAAUGGAGGAACUUGCGUACCAUCAGUUCUAGGGAGACCCACCUGCAGCUGUGCACUGGGUUUCACUGGGCCAAACUGUGGUAAGACAGUCUGUGAGGAUUUUUGUCAAAAUGGAGGAACCUGCAUUGUGACUGCUGGAAACCAGCCUUACUGCCACUGCCAGCCGGAAUACACCGGAGACAGAUGUCAGUACUACGUGUGCCACCACUAUUGUGUGAAUUCUGAAUCAUGUACCAUUGGGGAUGAUGGAAGUGUUGAAUGUGUCUGUCCAACGCGCUAUGAAGGACCAAAAUGUGAGGUUGACAAGUGUGUAAGGUGCCAUGGGGGGCACUGCAUUAUAAAUAAAGACAGUGAAGAUAUAUUUUGCAACUGCACUAAUGGAAAGAUUGCCUCUAGCUGUCAGUUAUGUGAUGGCUACUGUUACAAUGGUGGCACAUGCCAGCUGGACCCCGAGACAAAUGUACCUGUGUGUCUGUGAGUAUUUAAUCAAGUCAUGGGCAUCUUAUAAUAAGCCUUUGUAUGUACAUGAAAUCCCUGUUCUAUUAUUCUCCUUUUCUGGGGUAAUUUUAAAUGAGUGUUUCAUGGACAUCUCUGAUCAAGUAUUGUCCCUCAUCAGCUCAUGUGCUGCAGAAUCUCCUUUCAUCAAAUUGCUAAUGAUUUCAUGAGGAAGAGCUCAUUCUGUUCUCAGCAUCGUACCAUUUCAGACAUGCAUAGACCUUUGAACUUGCAAAUGCCAGAGAAAAUUGUUAUAAUUUUAUUGACCUGAUUCUGAUAUGUGAAGCCCAGAGAUAAUCAUCUUUUAUGAAUACUUUGGUACUUAUGGCCAUUUUUUUUCACAAGAACUUGUAAUAUUCUUUCAUAUGUAUAAUGCUAGUUGAUGUUUGUAUGAGACUUAGACUGUUUUAUUAUGUAAACCUAUUAAGCCCCUGGCUCCUUUAGAAUAACUUGAGUGUCUGAGUUUCUCAACACCUAGGAAACGUAUUGGGUAUAUUCACAGUACUCCUGAGAAAAUCUGGAAUUUAGUAUUUUCCCCCCUCCAUGAUCUGAUUGUCCAGAGUGGACAAUUUGAAAUAAAAUUAUUCAGAUUACAUGGUCACUGUUGUGAGUUUCAUCACUGUUUGACCAAAAGGAUGAUGCCCACAUAUAACCCACAUCUGCAUCCUGCUCCCGACCUUGUCAGAGUAGCAUGUGAUGAGUGUGUUUGAGAGAGAAGUGCGCAUAUCUGGGAACCUUUUCGUUUGAAUGUUACUAUCUCUGUAUGAAAUGAAUUUAAAACAUAUUUGGCAAAACAAGUCAGACGCUUUAUUUAGCUGUAUUUUACUGAAAUUCUGCAGAUGCUCUGUGGGGUUUAAAAGUCAGCGCUGUGACCAGAAAGAGAACCCUUGUGAUCACUACUGUCAGAAUGAGGGGAUUUGCACUUUAACUGCGUUUAAUGAGCCGAGAUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-538.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -579.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 641.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((..............((((((((......(((((.......))))).(((((((..((((....)))))))))))...(((..((((((((((((((((((((...(((((..((((..((((.....)))).)))).)))))...(((((((((((((((....(((.......)))(((((.((((((((((((..((((((((((.(((((((((....................((((((.....))))))(((((((((..(((((.........(((((((...(((((....)))))((((((.(((((....))))).)))))).((((((((((..(((....)))..))))))))))........(((((.(((((.(((((....)).)))..)))))..)))))...)))))))..(((((.((((((.(......).))))))..)))))....))))).)))))))))....((((((((((..(((....)))....(((........))).((((...))))..(((((((.((((.((....)).)).)).))))).))((((((((..((((....)))).))))))))))))))))))(((((......))))).(((((.(((((((((((.((((.((....)).)))).)))).(((((...)))))..(((((.(((((....((((......))))...))).)).)))))...((((((((((((...((((((((........))))...(((((((......((.(..(((.(((((((((((((..(((((((.((...((((.........))))..)))))))))..((((((......))))))..............))).....)))))))))).)))..).)))))))))............(((((((((......))))))))).....))))))))))))))))....((((....((((.((((.((...((((((((((((.((((.........(((((.(((...(((((.......)))))))).)))))...........((..(((((((......)))).)))..)).((((((.......(((((...((.....))...))))).......))))))(((((((((((((((.((((((.(((((......))))).))))))..)))...))))))....)))))).))))))...))))))))))...)).))))..))))......)))).))))))).)))))))))))))))))...(((........)))..((((((.((.((((.....)))).)))))))).....)))))))..)))))......))))))).)))))..)))))))))))))))))).))))))).......))))))...))))..)))...((((((.(((...((((...))))....)))..........((((.((((...)))))))).(((((...((((((((.....)).))))))))))).(((((((((.....))).)))))).((((((.((..((((((((((((...))))))...((((.........))))((((((((((((((.((((((.((.(((((.((...........))))))).)).)))).........((((.((((.((((((..(((...))).)))))).))))))))...((((((((.(((((((((.((((.((.(.(((....))).)..)))))))))).)))))(((((..............)))))(((......))).))))))))........((((..(((((....(((((((((((...))))))))))))))))..)))))).))))))).............)))))))......)))))))))))))).)))))).......))))))))...)))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((((((((((({.....{({(((((,{,....,,(.((((({...(((({{{(((((((..((((....))))))))))).......,,)).}}.}}|.||||}|,,|,,...,{|}}|||}}.||||}}...||||.{{{|{||}||...((((((((((((((,.,{,(((.......)))(((((.((((((((((((..((((((((({{{((((((((...,,||||{{,{{{{{|{,{,{{({..,,.||}}}||,|||{{,,,.{{{....,,,,,..|,,......,(((((....))))){(((((.(((((....))))).)))))}.((((((((((,,(((....))).,)))))))))).,,|||||||,,,,(((((,{((((,...{{,{{{,,|}}||.{{{,{{{{,|||,{,,..|||||,{{{{{({{,,..,,|{||||||,,|||||...{{|{||}}}}}}}))}}},,((((((((((..,{{,,,,||,.{{{({{,,{{|..,|||{(({(,,.,},}},|{||{{|||,{{,{{,,.,}}.|},}},|}))}.|,((((((((..((((....)))).))))))))})))))))}}|||||||||.,|||||{{,,,,|||||,,.((((.((((.((....)).)))).)))).(((((...)))))..(((((.(((((....((((......)))).,.))).)).)))))...(((((((((((({.,{{{{{{|...,,|.,|||||.,.(({{{||,.,}}}|||,,{(((,((((((((((|{{,.{((((((.{{...{(((.........))))..)))))))))..|{((((......)))|||,,.,,.........},}}},}.}})))))))).|||,||,}}},}}})}...,.,||,,.,(((((((((......)))))))}}..|..,}}})))))))))))).,,}||}|,},}}|||||{,{,{{,,.|{|((((((((({,{,,.......}.}||}|}||}}..,{,,,...,.,,,}}}||||.|||||{{|,,,,,,,.{{..{{|{{{{......)))),)))..,,.{{((({...,,,.(((((...((.....))...))))).......))))}}{{||||{(((((({{,{{{(({.(((((,....,))))}.})))}},,}}}...})))))}},})))))}.,,.,,}}}}})))))))))..,,,,}})},.}}))}}.,}))}}|,}|||||||}}},}})))},}))}},.,.}}|,,,}}},}))},,{{((((.{{.{({{.....}))).)))))))).,,,,)))))))..)))))......))))))).})))),}})))))))))))))),|,,|{{||}||,,{,..(((((((((((.||{|,,,...||}}},{{,...((((...))))....}}|..,,,,..}}|.)))))))}}})|||}}|..(((((...(((((({{.....}}.))))))))))).((((((((({....))).)))))).((((((,{(..((((((((((({...))))))||,(({{,,,....,,})))|||{{{,(((((((.({((((.((.(((((.((...........))))))).)).)))).........((((.((((.((((((..(((...))).)))))).)))))))).}.((((((({,(((((((((.((((.((.{.(({....})).}..)))))))))).))))),{,{{..............}}}||(((......))),)))))))).,......((((..(((({...,(((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))))...,{,.....,,}))}}))......)))))}})))))))...,|||,.,,},,)))}}}},...))))))),},,..