Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0014800

Sequence Length

2826 nt

GC Content

0.4303

AUGUGGGUUCUGUGGAAGGACUUGCCUAUCACAGAGCCUGGGAUACACUGUACUGGACAAGCUCUACCACCUCAUCCAUCACCAGACACACUGUGGACCAGACUCGGCCUGGAGCAUUUGACAGGGAAGCUGUCAUCACCAUGUCAGAAGAUGACCAUCCACAUGUGCUAGCCUUGGAUGAAUGUCAAAAUUUAAUGUUUUGGACCAACUGGAAUGAACAACAUCCAAGUAUCAUGAGAUCUACUCUGACUGGGAAAAAUGCUCAAGUGGUGGUCAGUACAGACAUACUCACUCCAAAUGGACUUACUAUCGACUACCGUGCAGAGAAGCUGUAUUUCUCAGAUGGCAGUCUAGGAAAAAUUGAAAGGUGUGAAUACGAUGGAUCCCAGAGACAUGUGAUAGUUAAAUCUGGGCCAGGGACUUUCCUCAGUUUGGCUGUUUAUGACAAUUAUAUAUUCUGGUCGGACUGGGGAAGAAGAGCUAUACUGCGGUCCAACAAGUACACAGGAGGAGAUACAAAAAUUCUUCGUUCCGAUAUUCCACAUCAGCCAAUGGGAAUCAUAGCUGUUGCCAAUGACACCAAUAGCUGUGAACUUUCUCCAUGUGCAUUAUUGAAUGGAGGCUGCCAUGACUUGUGCCUUUUAACUCCCAAUGGGAGAGUGAAUUGUUCCUGCAGAGGGGACCGAAUAUUGCUAGAGGACAACAGAUGUGUGACUAAAAAUUCCUCCUGCAACGCUUAUUCGGAGUUUGAAUGUGGAAAUGGUGAGUGCAUUGACUACCAGCUCACCUGUGAUGGCAUUCCUCACUGUAAAGAUAAAUCAGAUGAAAAACUGCUCUACUGUGAAAACAGAAGCUGUCGAAGAGGCUUCAAGCCAUGCUAUAAUCGCCGCUGCAUUCCUCAUGGCAAGUUAUGUGAUGGAGAAAAUGACUGCGGAGACAACUCUGAUGAAUUAGAUUGUAAAGUUUCAACCUGUGCCACGGUUGAGUUCCGCUGUGCAGAUGGGACUUGUAUUCCAAGAUCAGCACGAUGCAACCAGAACAUAGAUUGUGCAGAUGCUUCAGAUGAAAAGAACUGCAAUAACACAGACUGCACACAUUUCUAUAAGCUUGGAGUGAAAACCACAGGGUUCAUAAGAUGUAAUUCUACCUCACUGUGUGUUCUGCCAACCUGGAUAUGCGACGGGUCUAAUGACUGUGGAGACUAUUCAGAUGAAUUAAAGUGCCCAGUUCAAAACAAACACAAAUGUGAAGAAAAUUAUUUUAGUUGUCCUAGUGGAAGAUGCAUUUUGAAUACCUGGAUAUGCGAUGGUCAGAAAGAUUGUGAGGAUGGACGUGAUGAAUUCCACUGUGAUUCUUCUUGCUCUUGGAACCAAUUUGCUUGUUCCGCACAAAAAUGUAUUUCUAAGCAUUGGAUUUGUGAUGGAGAAGAUGACUGUGGGGAUGGGUUAGAUGAAAGUGACAGCAUUUGUGGUGCCAUAACCUGUGCUGCUGACAUGUUCAGCUGCCAGGGCUCUCGUGCCUGCGUGCCCCGACAUUGGCUUUGUGAUGGUGAAAGGGACUGUCCAGAUGGAAGCGAUGAGCUUUCCACAGCAGGCUGCGCUCCCAAUAAUACAUGUGAUGAAAAUGCUUUCAUGUGCCAUAAUAAAGUAUGCAUUCCCAAGCAAUUUGUUUGUGACCAUGAUGACGACUGUGGAGAUGGCUCUGAUGAGUCACCGCAGUGUGGAUAUCGACAGUGUGGUACAGAAGAAUUUAGUUGUGCUGAUGGGCGGUGUCUUCUAAAUACUCAAUGGCAGUGUGAUGGAGACUUUGACUGUCCUGACCAUUCUGAUGAAGCACCUUUAAACCCAAAGUGUAAAAGUGCAGAACAGUCAUGCAACAGUUCAUUUUUUAUGUGCAAAAAUGGCAGGUGCAUUCCCAGUGGAGGUCUUUGCGACAAUAAGGAUGACUGUGGCGAUGGUUCAGAUGAGAGAAACUGCCAUAUAAAUGAAUGUUUGAGUAAGAAAGUCAGUGGAUGUUCUCAAGACUGUCAAGACCUUCCGGUCAGUUAUAAGUGCAAAUGCUGGCCUGGAUUCCAACUGAAGGAUGACGGCAAAACAUGUGUAGACAUUGAUGAAUGCUCUUCAGGCUUUCCCUGUAGCCAGCAAUGCAUCAAUACAUACGGGACUUACAAGUGCCUCUGUACAGAUGGGUAUGAAAUACAACCUGAUAACCCAAAUGGCUGCAAAUCGCUCUCAGAUGAAGAACCUUUUUUAAUUCUUGCUGAUCAUCAUGAGAUAAGGAAAAUUAGCACUGAUGGCUCCAACUACACACUUUUAAAACAGGGAUUAAACAAUGUUAUUGCUAUAGACUUUGAUUACAGAGAAGAAUUCAUCUAUUGGAUCGAUUCUAGCCGACCCAAUGGCAGUCGCAUAAAUAGAAUGUGUUUAAAUGGAAGUGACAUUAAGGUAGUUCAUAACACAGCGGUCCCCAAUGCACUUGCUGUCGAUUGGAUUGGAAAAAACCUCUAUUGGUCUGACACAGAAAAAAGAAUCAUUGAAGUAUCCAAACUCAAUGGCUUGUACCCUACUAUACUCGUUAGCAAAAGGCUGAAGUUUCCCAGAGACUUGUCUUUAGAUCCUCAAGCUGGAUAUUUGUAUUGGAUUGACUGCUGCGAGUAUCCUCAUAUUGGCCGUGUUGGAAUGGAUGGAACCAAUCAGAGUGUUGUCAUAGAAACCAAGAUUUCUAGACCUAUGGCACUAACAAUAGAUUAUGUUAAUCGUAGACUCUACUGGGCCGAUGAAAAUCACAUUGAAUUUAGCAACAUGGAUGGAUCUCAUAGACACAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-798.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -853.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 719.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((((.(((.....))).))))))))))((((.....(((((((((.......(((((((.(((((((...(.((.((((.((((((((((.......))))......((((((.....)))))).......((((.....))))..)))))))))))).)...)))))))...(((((((.....)))))))....((((((.((.....))))).))).(((.(((.....)))))).((((.......)))).)))))))))))))))).....)))).(((....)))....((((.((...((((.((.....((((.(((.(((((.(((.((((((.((....((((((((((((....(..(((..(((((((((........)))...)))))))))..)..(((((((((((((((((..((((.......))))..).))))))))))))))))..(((((((..(((..(((..........(((.(((((.((.((((.(((((((((..((..........((((((.((((..((((((((((((..........))))))))))))..(((((((((..((((..(((....((((.(((((((.((((.(((((((..(((((...)))))..(((.(((((..(((((.((((((((((((((((..(((((..(((....)))..........)))))..))))....))))))).......((((.(....(((((((.............))))))).....).))))))))).)))))..))))).)))........((.(((...((((....)))).))).))..)))))))..)))).))))..............)))..))))....)))...)))).))))))))).......(((((....)))))....(((((.(((((....(((((((........))))))).(((((((((((((.((.(((((((.(((((((((.(((((((...............))))))).))).))).............(((........))).((((((((((((.(((((.((((..((....))..)))).)).)))))))))...((((((((((.((.(.((((((((..(((((((..(..((((((....)))).))..)..)))))))...((((((((((.....(((...(((........)))...)))...)))))))))).(((....)))....((((.((.(.....).)).))))..))).)))))).)).)))))).))))..(((.((((((((((..((((.(((((((((.(((.((((...((((...(((.((((...((.(.((((((.(((.......)))..))))))).))...)))).)))...((((........))))))))....)))).)))...((((.((.(((((.....))))).)))))).(((((((((((((..(((........)))((((.((((((.......))))))))))(((((((.....)).)))))..))))))((((((..........(((((((...........))))))).(((((..((((.(((........)))))))..))))).((((.......(((((((...((((((....)))))))))))))))))...(((.(((.(((((.((.......(((((...))))).(((((((((((((...((((((....).)))))...))))))....)))))))))))))).))).))).((((.(((......)))))))...))))))((((.(((..((.(((((.(((((((..((((((((...(((...(((.......)))...)))))))).)))..)))))))))))).))))).))))..)))))))((((...(((....)))...))))))))))))))))))))))).)))))))...((((((...(((((.(((((((.............)))))))(((...)))...))))).))))))........))))))..((((((((.((((((.((((.....)))).))..)))).).))))))).......)))..))))))).))))))))))).)))).......))))).)))))..))))..))))))..........)).)))))))))..)))).)).))))).)))...(((....)))..)))......)))...)))))))....))))).)))))))((((..((((......(((((.((((((((.(((((....))))).((((((.((((...)))).))))))..((((.((((((((((((((((.......))))).........(((((.((((..((..(((........)))...))..))))))))))))))).))))).))))....((((((((((((((((...)))..................((((((..((..((((((.(((.......((((((((.((((((((((..(((((((...)))))))))))))..((((.......)))).................)))))))))))).....))).))))))...))..))))))..)))))).)))).)))(((.((((((......))))))))))))))))).)))))...)))).))))..)).)))))))))))))).(((((.......)))))))).))))....)).))))...)))))).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((((((((((.(((.....))).)))))))))){(((((,(.(((((((((.......(((((((.(((((((...,.((.((((.((((((((((.......))))......((((((.....)))))).......((((.....))))..)))))))))))).}...)))))))..{(((((((.....))))))},}..((((({,((.....)))))},)).{({.(((.....)))))}.{{({.......)))).)))))))))))))))).....,|,,.(((....))}....,(({.(((({((((((((.....))))}).{{{{{{||||{|||},|{{{,.....{((((((||,....,..{((..(((((({{(.,......}}}...))))))))}..,..{((((((((((((((((..((((,...,},)),)..,.)))))))))))))))}.{((((.,,..(((({{({,.......{{{{((.,(((({........|||||((({{{{({{{{({(({..{{,,,{((({{((((((((((((..........))))))))))))...|||{|{||,,|,{.,,,}},))))))|..({((((.((((.(((((((..(((((...)))))..(((.(((((..(((((.((({,(((((((((((..(((((..{{{....}}}..........)))))..))))....))))))).....,{((((.{....(((((((.............)))))))..}..}.))))))))).))))}..))))}.))}........{{.(((...((((....)))).))).}}..}))))))..)))).)))),......{.((((.{{{{{{,{(((.{({.....))).)))),)},,})).}.)))).}{{{{.(((({....}))))))))...}}}||,,||}}}}...,|))}},,..|||(((((((((.((.(((((((.(((.,{(((.(((((((...............))))))).))).}||{....,.......{((........}}}.((((((((((((.(({((.((((..((....))..)))).)).})}))))))...((((((((((.((.(.((((((((..(((((((..(..({((((....)))),}},.}..)))))))...{(((((((({.....(((,..{{{..,.....})),..}}}...}}))))}})}.(((....))}.,,.{{{{,||.{.....},)).)})),.))).)))))).)).)))))).))))..(((.((((((((({,.{(((.(((((((((.,.((((((..,,,(({.((((((((((((((((........)))))...)))))).))))}}}}(((((((({(((((({({{(,,{({{,(({.{{{(({,{,{(({,|,...,||((.((.(((({.....))))).))))||{,...(({((((((..(((........)))((((.((((((.......)))))))))){((((((.....))))))))..)))))).)}),.}}}.......{|{|||{||.....,}}}))))|}},|{{{......|}}|)))}}}},,{{{{{{|.||||||,{{{({,{{.({(((((((...((((((....))))))))))))}|}.....}),.}}.,)))))}||},.,}}}|{{{|..,}))},.(((((((((((((...((((({....}.)))))...))))))....))))))),,,}}}|||},..,,.((((.((({.((.....)).)))).))))...})))))))((.(((({{(((((((..((((((((...{((...,,{,{{,,..}}),,.))}))))),}))..)))))))))))).))}}))))))..,,,..,,{{{{...(({....}))...)))}))))))))))))))))))).))))))).{.((((((...(((((.(((((((..,........,,))))))){((...))}...))))).)))))),......,))))))..(((((((..(((({{.((((.....)))).))..)))).}.)))))))......})))..))))))).))))))))))).|||(({{......,....}.}}.,)))}..})))))))..,.)))))}..,,,,,..}}}}}}}....})))|}}}}.}}})).))))}...{||..,|||||.,}}}}}}}}}}.......{{{{{{{{{{{{{,{,,,,,....((((,((({((((...(((((....))))).{(({{,.{{{{.,,||}|{|}}}}}.,,||,.,,,}))))))),}}}}...,,,.,),)))})...)))})))),},,,..))))))),)),.,.((((((((.((((((((.,(((((.(((.{({...((.....,{{.,,...})|(((...))),...,||..{((((({,((......))))))))},},.,..,,..,,,,,.))).}))))|(((((..(((((((...))))))))))))}..((((.......))))...))))))))...)))))))).},}}})}),,..,||||{{|||{{|||,||{.,|,..)}}.},{{(((,,,(((.((((((......))))))))){{{{||}},|{{({...,,.,,}}})).}))))),}))),}})),}}||||...}}},))}}}..,,,..}}}}})}),||},}|}},....))))...