Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0028400

Sequence Length

2067 nt

GC Content

0.4572

UCAAUCAUAGCUGUCCUGAUGAUCAGUUUAAAUGCCAGAAUAAUCGCUGCAUCCCCAAGAGAUGGCUUUGUGAUGGAGCUAAUGACUGUGGGAGCAAUGAAGAUGAAUCCAAUCAAACUUGCACAGCCAGAACAUGCCAGGUAGACCAGUUUUCUUGCGGAAAUGGGCGUUGCAUUCCCAGAGCAUGGCUGUGUGACAGGGAAGACGACUGUGGUGACCAGACAGAUGAAAUGGCAUCUUGUGAAUUCCCAACUUGUGAGCCACUAACCCAAUUCGUAUGCAAAAGUGGAAGAUGCAUUAGCAGCAAAUGGCACUGCGACUCUGAUGACGACUGUGGGGACGGGAGUGAUGAGGUGGGCUGUGUUCACUCUUGCUUUGAUAAUCAGUUCAGAUGUUCCAGUGGCAGAUGCAUCCCAGGCCACUGGGCCUGUGAUGGUGACAAUGACUGUGGGGACUUCAGUGAUGAAGCCCAGAUCAAUUGUACUAAAGAAGAGAUUCAUUCUCCUGCUGGUUGUAACGGAAAUGAAUUUCAGUGCCACCCUGAUGGUAAUUGCGUUCCUGAUUUGUGGCGCUGUGAUGGAGAAAAAGACUGUGAAGAUGGUAGUGAUGAAAAAGGUUGCAAUGGUACCAUACGAUUGUGUGACCACAAAACCAAGUUUUCCUGUUGGAGUACAGGGAGAUGCAUCAACAAAGCAUGGGUGUGUGAUGGAGAUAUUGAUUGCGAAGAUCAGUCAGAUGAAGAUGACUGUGACAGUUUCUUGUGUGGACCACCCAAGCAUCCUUGUGCUAAUGACACCUCAGUCUGCCUGCAGCCAGAGAAACUCUGCAAUGGGAAAAAGGAUUGUCCUGAUGGCUCUGAUGAAGGCUAUCUCUGUGAUGAGUGUUCGCUGAACAAUGGAGGCUGUAGCAACCACUGUUCUGUUGUUCCUGGAAGAGGAAUUGUCUGUUCCUGCCCUGAAGGACUUCAACUCAACAAAGACAAUAAAACAUGUGAAAUUGUGGAUUAUUGUAGCAAUCAUCUAAAGUGCAGCCAAGUAUGUGAGCAGCACAAGCACACAGUCAAGUGCUCAUGUUAUGAAGGUUGGAAGCUGGAUGUAGACGGUGAAAGUUGUACAAGUGUUGAUCCUUUUGAAGCAUUCAUCAUCUUUUCUAUUCGUCAUGAGAUCAGAAGGAUUGAUCUUCACAAAAGAGACUAUAGUCUACUUGUUCCUGGAUUGAGAAACACAAUAGCACUUGAUUUUCACUUCAAUCAAAGUUUACUUUAUUGGACAGAUGUUGUAGAAGACAGAAUAUACCGGGGAAAGCUUUCUGAAAGUGGAGGUGUCAGUGCCAUUGAAGUGGUUGUGGAGCAUGGCCUGGCUACUCCAGAAGGCCUGACAGUCGACUGGAUAGCAGGAAACAUAUACUGGAUAGACAGCAAUCUGGACCAAAUCGAAGUGGCCAAACUAGAUGGCUCCCUAAGAACUACACUAAUAGCAGGAGCCAUGGAACACCCCAGGGCCAUUGCUUUGGACCCAAGAUAUGGAAUUCUUUUCUGGACAGACUGGGAUGCAAAUUUUCCUCGCAUUGAAUCUGCCUCUAUGAGUGGUGCUGGGAGAAAAACCAUCUAUAAAGACAUGAAAACUGGGGCUUGGCCUAAUGGACUAACUGUGGACCACUUUGAGAAAAGGAUAGUGUGGACAGACGCCAGGUCAGAUGCUAUUUAUUCAGCCCUCUAUGAUGGAACAAACAUGAUAGAAAUCAUCCGAGGUCAUGAAUACCUUUCCCAUCCCUUUGCUGUGUCUCUAUAUGGGAGUGAAGUCUACUGGACAGACUGGAGGACCAACACAUUGUCCAAAGCCAAUAAGUGGACAGGGCAGAAUGUCAGUGUGAUUCAGAAAACCAGUGCACAGCCAUUUGACCUUCAGAUAUACCAUCCCAGUCGCCAGCCACAGGCUCCCAAUCCUUGUGCAGCUAAUGAUGGCAAAGGCCCCUGCUCUCACAUGUGUCUAAUCAAUCACAAUAGGAGUGCUGCCUGUGCGUGCCCCCACUUGAUGAAGCUUUCUUCAGACAAGAAGACCUGCUAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-613.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -654.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 424.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((((.(((((((...))))...................(((.((((.(.(((......))).).)))).)))...((.(((((.(((...(((...((....)).)))..))).))))).))...((((((((((((.(((.(((((.((((((..((((.(((((((..(((.....)))..))))))).(((((....((...((((.(((...........)))))))..))...))))).....(((...)))...)))).)))))).).)))).)))....(((....)))(((..((.(((((.((((((((....((.(((.(((.(((((((((..((.....))....))))))))).))).))).))...))))).))).))))).))..)))(((.((((((....)))))).)))((((.((((((.(.((((..(((((....))))))))).))).))))))))......((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((..........))......))))))))((((((((..........(.(((((((((((((....((((((......((((..(((((....))))))))).........((((((((((......))))))))))..(((((((..((.((((((.((....((((.((((.((((.......(((((........))))))))))))).))))......)))))))).))...(((((((.(((..((((...((((((.(.(((((((((...)))))...........((((...))))((((((.((.....)))))))).((.((.(((((.......(((((.(((..((....))..))).))))).(((.(((..((...((((((.....))))))..)).))).)))....))))).)).))(((((((..((((......))))..)))))))..(((((.(((((.(((.((((..(..((((.((.......)).))))..)..).)))))).))).)).)))))...)))).).))))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))).))))))))).)..))))))))((((((((.....)))))))).....(((((((....)))).))).((((((((((((...(((((...(((((..((((((((((((...(((((((.(((...(((.....((((......)))).......)))))).))))))).)).))))))))))...)))))(((....)))..(((((((((.((((((.(((.(((((..(((......)))..)))))))))))).........(((((((((.((((.((((.(((...((((((((((((......(((((((((((.............)))..))))))))......(((((((((((......))).))).(((........)))((((((.........(((((....(((((((.((((((..((.........)).)))))).)))))))....))))).......)).))))..))))).((((((....)).))))...))).)))))))))..........((((......))))..))))))))))).)))))))))...(((((.(((.......))).)))))..((((........))))...(((((.(((((.....((((((.(......(((((((...((...((((.(.((((((.((..........((((((...........))))))(((..(((((.(.((((................)))).).)))))..))).........))...)))))))))))..))..)))))))......)))))))....))))).))))).)).))))).)))))))))....))))))....))))))..))))))).)))))......((((.(((((....)))))..))))..)))..))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((((.(((((((...})))...........,.......(((.((((.,.{((.,....)))|}.)))).)))...{(.(((((.(((...(((.,,{,....,,.)))..))).))))).}}...((((((((((((.(((.(((((.((((((..((((.((((..(((((.,.((({....))))..).)))))..)))).(((((,,{{(,{{(((((......)))),,))....,},,...,,||,.}})))...)))).)))))).).)))).)))....(((....))}(((..((.(((((.((((((((..,,((.(((.(((.(((((((((..{(,....))....))))))))),))).))).)).}}))))).))).))))).))..)))|{{.((((((....)))))).)}|(((,{((((((.(.((((,.(((((....))))))))).})),}))))))),.....((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((.,,,...,}}))......))))))))((((((((,,,,.,,{,,{.{{{{{({{{{(((,{,,({{{(({(....((((..(((((....)))))))))...,,},..((((((((((......)))))))))),.(((((((..((.((((((.((.,,.((((.{{{(,{{{{......((((((........))))))}},)))),))))..,}..)))))))).))...(((((((.{{(..((((...((((((.(.(((((((((...)))))....,{{,...{{{,...))))((((((,{{.....}))))))).,,.,(((((,({{|.,,.(((((.(((..((....))..))).))))).((({{(({{((...((((((.....))))))..}}.,,)}))}..}}}},,,.,...,(((((((..((((......))))..))))))),}}|.}|}|}....{(,(((((..{,{{((({(({,|,,..{{.,...,,...})))))))},,}}...))))).,.)))).).))))))))))...}}})))))))))))))),}}}}}....)))),)))))))))}),.))))))))((((((({.....}))))))).,,..{{(((((....)))).))),|(((((((((((...(((((...(((({,{((((((((((((...(((((((.(({,.,(((.....((((......)))).......)))))).))))))).))}}}))))))},})}))))){{{....}}},.(((((((((.(((((,{(((.(((((..(((......)))..)))))))))))).........(((((((((.(((,,((({{(((...((((((((((((...{{,(((((((((({,,.......,,..}))..)))))))),,....{((((((((((...,,,))).}||{{{{...,,...}}}|{{{|{{.,,,....(((((....{((((((.(((({...{{,,.......)),}))))).))))))}....))))).......,..},,..,))))).{{((((....)).))),...))).)))))))))..........((((......))))..))))))))))).)))))))))...(((((.(((.......))).)))))..{{{{....,,..}}},...(((((.(((((.....((((({.{......(((((((...{{...((((.(.((((((.((,........,{||||,...,,,.....)))}}||((,.{{{((,{.{((({.,.........,,.})))),}.)}}))|,)}}},,|,,...,,.,,))))))}))))..}}..)))))))......)})))))....))))).))))).}}.))))).)))))))))....))))))....}))))}..))))))).)))))......((((.(((((....)))))..))))..)))..))))))