Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0031100

Sequence Length

879 nt

GC Content

0.4573

AAUUCCCAACUUGUGAGCCACUAACCCAAUUCGUAUGCAAAAGUGGAAGAUGCAUUAGCAGCAAAUGGCACUGCGACUCUGAUGACGACUGUGGGGACGGGAGUGAUGAGGUGGGCUGUGUUCACUCUUGCUUUGAUAAUCAGUUCAGAUGUUCCAGUGGCAGAUGCAUCCCAGGCCACUGGGCCUGUGAUGGUGACAAUGACUGUGGGGACUUCAGUGAUGAAGCCCAGAUCAAUUGUACUAAAGAAGAGAUUCAUUCUCCUGCUGGUUGUAACGGAAAUGAAUUUCAGUGCCACCCUGAUGGUAAUUGCGUUCCUGAUUUGUGGCGCUGUGAUGGAGAAAAAGACUGUGAAGAUGGUAGUGAUGAAAAAGGUUGCAAUGGUACCAUACGAUUGUGUGACCACAAAACCAAGUUUUCCUGUUGGAGUACAGGGAGAUGCAUCAACAAAGCAUGGGUGUGUGAUGGAGAUAUUGAUUGCGAAGAUCAGUCAGAUGAAGAUGACUGUGACAGUUUCUUGUGUGGACCACCCAAGCAUCCUUGUGCUAAUGACACCUCAGUCUGCCUGCAGCCAGAGAAACUCUGCAAUGGGAAAAAGGAUUGUCCUGAUGGCUCUGAUGAAGGCUAUCUCUGUGAUGAGUGUUCGCUGAACAAUGGAGGCUGUAGCAACCACUGUUCUGUUGUUCCUGGAAGAGGAAUUGUCUGUUCCUGCCCUGAAGGACUUCAACUCAACAAAGACAAUAAAACAUGUGAAAUUGUGGAUUAUUGUAGCAAUCAUCUAAAGUGCAGCCAAGUAUGUGAGCAGCACAAGCACACAGUCAAGUGCUCAUGUUAUGAAGGUUGGAAGCUGGAUGUAGACGGUGAAAGUUGUACAAGUGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-260.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -276.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 181.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((.......(((((....((.......))....)))))..((((((((....(((..((.(((((.((((((((....((.(((.(((.(((((((((..((.....))....))))))))).))).))).))...))))).))).))))).))..)))(((.((((((....)))))).)))((((.((((((.(.((((..(((((....))))))))).))).))))))))......((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((..........))......))))))))...............(((((....)))))............((((....((((..(((((....)))))))))...)))).....(((((((......)))))))))))))))......((.((((((.((....((((.((((.((((.......(((((........))))))))))))).))))......)))))))).))...(((((((.(((..((((...((((((.(.(((((((((...)))))...........((((...))))((((((.((.....)))))))).((.((.(((((.......(((((.(((..((....))..))).))))).(((.(((..((...((((((.....))))))..)).))).)))....))))).)).))(((((((..((((......))))..)))))))..(((((.(((((.(((.((((..(..((((.((.......)).))))..)..).)))))).))).)).)))))...)))).).))))))))))...)))))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

......((((,,{{,.,(((((...,,,.,,,...||,...}}}}}..,,{((||,.}},(((..((.(((((.((((((((..,,((.(((.(((.(((((((((..{(,....))....))))))))),))).))).)).}}))))).))).))))).))..))){((.((((((....)))))).))|(((,{((((((.(.((((,.(((((....))))))))).})),}))))))),.....((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((.,,,...,,,))......)))))))),...,,.........{{{{{....}}))),}},........((((....((((..(((((....)))))))))...))))..{(((((((((......))))))))))})})),,},..((.((((((.((.,,.((((.{{{(,{{{{......((((((........))))))}},)))),))))..,}..)))))))).))...(((((((.{{{..((((...((((((.(.(((((((((...)))))....,{{,...{{{,...))))((((((,{{.....}))))))).,{.,({(((.(,,|.,,.(((((.(((..((....))..))).))))).((({{(({{((...((((((.....))))))..}}.,,)}))}..}}}},,,.,...,(((((((..((((......))))..))))))),}}|.}}}}}....{(,(((((..{,{{((({(({,|,,..{{.,...,,...})))))))},,}},..))))).,.)))).).))))))))))...}},))))))).))))