Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0031800

Sequence Length

1386 nt

GC Content

0.4625

GUGACAAUAUGUGCCGAGUAAAUAAUGGGGGCUGUAGUACACUUUGCUUGGCUAUCCCAGGAGGCCGGGUGUGUGCUUGUGCCGAUAAUCAACUUUUGGAUGAAAAUGGGACAACUUGCACAUUUAAUCCUGGAGAAGCACUACCUCACAUAUGUAAAGCUGGAGAGUUUCGCUGCAAAAACAGACACUGUAUCCAAGCUCGGUGGAAAUGUGAUGGCGACGAUGACUGCCUAGACGGAAGCGAUGAGGAUUCAGUAAACUGCUUCAAUCAUAGCUGUCCUGAUGAUCAGUUUAAAUGCCAGAAUAAUCGCUGCAUCCCCAAGAGAUGGCUUUGUGAUGGAGCUAAUGACUGUGGGAGCAAUGAAGAUGAAUCCAAUCAAACUUGCACAGCCAGAACAUGCCAGGUAGACCAGUUUUCUUGCGGAAAUGGGCGUUGCAUUCCCAGAGCAUGGCUGUGUGACAGGGAAGACGACUGUGGUGACCAGACAGAUGAAAUGGCAUCUUGUGAAUUCCCAACUUGUGAGCCACUAACCCAAUUCGUAUGCAAAAGUGGAAGAUGCAUUAGCAGCAAAUGGCACUGCGACUCUGAUGACGACUGUGGGGACGGGAGUGAUGAGGUGGGCUGUGUUCACUCUUGCUUUGAUAAUCAGUUCAGAUGUUCCAGUGGCAGAUGCAUCCCAGGCCACUGGGCCUGUGAUGGUGACAAUGACUGUGGGGACUUCAGUGAUGAAGCCCAGAUCAAUUGUACUAAAGAAGAGAUUCAUUCUCCUGCUGGUUGUAACGGAAAUGAAUUUCAGUGCCACCCUGAUGGUAAUUGCGUUCCUGAUUUGUGGCGCUGUGAUGGAGAAAAAGACUGUGAAGAUGGUAGUGAUGAAAAAGGUUGCAAUGGUACCAUACGAUUGUGUGACCACAAAACCAAGUUUUCCUGUUGGAGUACAGGGAGAUGCAUCAACAAAGCAUGGGUGUGUGAUGGAGAUAUUGAUUGCGAAGAUCAGUCAGAUGAAGAUGACUGUGACAGUUUCUUGUGUGGACCACCCAAGCAUCCUUGUGCUAAUGACACCUCAGUCUGCCUGCAGCCAGAGAAACUCUGCAAUGGGAAAAAGGAUUGUCCUGAUGGCUCUGAUGAAGGCUAUCUCUGUGAUGAGUGUUCGCUGAACAAUGGAGGCUGUAGCAACCACUGUUCUGUUGUUCCUGGAAGAGGAAUUGUCUGUUCCUGCCCUGAAGGACUUCAACUCAACAAAGACAAUAAAACAUGUGAAAUUGUGGAUUAUUGUAGCAAUCAUCUAAAGUGCAGCCAAGUAUGUGAGCAGCACAAGCACACAGUCAAGUGCUCAUGUUAUGAAGGUUGGAAGCUGGAUGUAGACGGUGAAAGUUGUACAAGUGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-412.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -440.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 393.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((((.((.(........).)).))....(((((((((((((((((.((....))))))))))((((((((((((..........((((.((((..(((((............))))).)))).)))).........(((((((((((..((.(((((..(((((..(((..((((((((.....((((.......))))..(((..(((((.....(((((..((...((((((.((((.((..(((....)))..))..)))).))).)))...))..)))))....)))))..)))..((((.((((....((((((((((((....((((((((.((.(((((.(((...(((...((....)).)))..))).))))).)).....(((.((((((((((.(((((.((((((..((((.(((((((..(((.....)))..))))))).(((((....((...((((.(((...........)))))))..))...))))).....(((...)))...)))).)))))).).)))).))..((.((((((((((.(((.((.(((((.((((((((....((.(((.(((.(((((((((..((.....))....))))))))).))).))).))...))))).))).))))).))((((((((.((((((....))))))...(((((.((((((.(.((((..(((((....))))))))).))).))))))))).....((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((..........))......))))))))...............(((((....)))))............((((....((((..(((((....)))))))))...)))).....(((((((......)))))))))))))))......((.((((((.((....((((.((((.((((.......(((((........))))))))))))).))))......)))))))).))....))))))))))).)).))..)))))))))))((.((((...))))))..........((((...))))..))))))))...))))))))))))..))))))))...((.(((((.(((..((....))..))).))))).)).((((((.....))))))))))))))..)))..)))))..))))).))..))....(((((((..((((......))))..))))))).(((...........)))......)))))))))..))))))))))))..((((.(..((((...)))).).))))..((((........)))).)))).)))))..))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{({{({((,,{({((,{.,......|,||,|}|||,||.|||{.,(((((({{.((((((((....{{(((((({.((((.(({.,..(({.(,...}},)}}..,)}).))))..,))))))))..)))))).}}|||.,,,{{(({({,.{.{..{({({{{,,||,,,,{{(.....,|||.,,}},,.,})}})),.}})),|..|||..(((((.....(((((..,{...((((((.((((.((..(((....)))..))..)))}.))).)))...,,..)))))....)))))..}},.|{||||{|{||||,((((((((((((....{(((((({.{{.(((((.(((...{{{.,,{,....,..))}..))).))))),||.....(({,((((((((((.(((((.((((((..((((.((((..(((((.,.((({....))))..}.)))))..)))).(((((,,{{(,{{(((((......)))),,))....,},,...,,}|,.}})))...)))).)))))).).)))).))|.,(.((((((((({{((..((.(((((.((((((((..,,((.(((.(((.(((((((((..{(,....))....)))))))))}))).))).)).},))))).))).))))).)),,|||(((.((((((....)))))).)}|(((,{((((((.(.((((,.(((((....))))))))).})),})))))))}.....((((((((((.((((((.....)))..)))))))))))))((((((((......((.{,,...,,,))......)))))))),,.,,,.........{(({{....))))).,|,.,......((((....((((..(((((....)))))))))...))))..{(((((((((......)))))))))),)))),.,...((.((((((.((.,,.((((.{{{(,{{{{......((((((........))))))},,)))),))))..,}..)))))))).))....|}})))))))).)),}},.})))))))))}({(((((...)))))}...{{{,...,{{,...)))),.})))))),...)))))))))))){{({{|{,{,.}}}}.(((((.(((..((....))..))).))))).({{({(((({{...((((((.....)))))).,,}.,,))))}..}}}),...,....(((((((..((({......))))..))))))).,,..,||||{,..,(,(((((..{{{{((({{{{,|,,..||.,...,}....)))))}))},))...))))).,.,,))))))}}}.))))}...}}}))})},})}}})