Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_LRP1B_0044100

Sequence Length

1397 nt

GC Content

0.3873

AAGGGGCCAGAAAGAUAAGGGUUAGUCUAACAAUGUUUAUUUGUACAGAUUGUUCUUGGGCUCAACUUUCCAUCCCUGAUGAUAAAAAGAUGAACUUUCCUUCUAGUAUAGGGAGGACAUCUUUCACAUGGGAAUUUCAUCUUCCACUUUUAAGAAACAAGACGAAAUCAGGGUGUUUUUCUCUCAAAAUAGUCAAUAUACCAGAGUGGCAUGUUCUGAACUCCUAAAAUGUAGUAAAUAACGACUCUCCAUUGUCCUCUCCCCACAUCGCCUGAGUUUCUCAUAGUUUUUCUAUUGAUGUUUCCUAGCUCCAUCUUCUUUUCACUCAUACCUGUGGGUUAUUUGAUGAUUUGCCCCGAGCCUUUUUCCGUUCUUAUUUCAUCAAGGGGUCUCGACCCCUUUUGCUGCGAUAGUGUUGAUCAUUAUUGAUAAUCUAAACUCUAAAUUUCCUAAAUGCCAAGAAAGAAUACUGACCAAAUAUAUAAAAUGGCAUAUUUCAUAGAUAUUAGUAUCUACUUUGGUGUUGGGAUUAUACAUAAUGAUUAGUGGAAUUAUACAUAAAAAGUCCCAGCUUUCACCAUACCAGAAAACCAACACCAUGGGAAAGUGUUCAGUCUUUGGCAGCACUCUGAAAAGGAUUUUUGACAAAGCAAGAUUUAUGCACAGAUGAUAGCCAAAAAGAUGUGCAUAAAACUCUGCCAUAUGUGACAGAGUUGAAGUCAUUAUCUUACUUGUUGUGGAAAUAAGAGAGGAAAUAUGAUAGCUAUGUCCCAAAAUAUAUGGCGGUCCAUUACAUAGAGAAGAAAAGACAUUUCAGAGACUAAAUCAGGGUACAGGUAACAGUCAUUAGAAUACUGACAAUUGCUAAUAAAUUUGUGUGUGGUGCAUGCUUGUAGGGGGUUCAUGAGAUUUAGGAGCCAAUCAAGGAAAAAUUGAUGACCACGAGGUGGCAGUAGCACAUACAAAUUUUAUUUGAGACUCUUCCACAGGUGUGCAUUGAGACCAGUCCCUCACAGCAUGAGACUGCCCAGAGACUUAAGGCACCAGGGCUACUAUCCAUAAAAGAGGAAGUAAAGAAAAUGCCCAGAGAGAGGAAUUGGCAACAGAAAGUGUACUUAUGUAUCUAAGUGAUGUCACUCUGUAGCACAAUGGAGAGUCAUUGGGUCAGAGAGCUGGAUCCAAAGGGCAGCAGCAGCUGAGGGACUUUAUAGUGCCUGGACUUAUUAUCUAUGGUAGCAGAUGUUGAGUGUAGUUUCUUGAAAAGACAGAAGGAUGCUACUGACUAAAAUUCUGCUUAUUUGGGAUAUAUUUUUUCAAAAAUGGAUGUGAAUUUGAGUUUGGAACUGGCUGGGUUUUGAGCUUAACAGGUCAUAGCCUGCUGUGAAGAAAUAAACUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-372.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -399.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 259.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.(((((.....(((((((((((((((((((........)))..))))...)))))).))))))...((((((.(((....((((((..(((((((........))))))).))))))))))).))))....(((...(((((((..........(((......((((.......)))).......)))........))))))).))))))))..)))))....).((((.......(((((((((((((((((((........((((((((((((.((((.....)))).((((...........))))....(((((.(((((((((((((....(((((((..((....((((........)))).))..)))))))((((((((((.((((.......((((((((.....))))))))..........................((((((((..(((((((..(((.......................((((((....))))))...(((((((((((((((.....)))))).(((........)))..(((((....)))))...............))))))))))))...)))))))..)).))))))...((((((((.(..(((((..(......((.((((((((((..(...........)..)))))))))).))(((((((((((((((.((((...(((((..((((.((((((.....))))))..))))...))))))))).)))).....))))))))))).............)..)))))..).))))))))........))))....(((((..((((.........))))..)))))...(((((((((((((.(((.((((.......(((((.(((...))).))))).(((((.......))))).(((....)))))))))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))).).))))).(((((..(((.....))))))))...)))))))).))))....((((((((.(((........)))))))........))))...)))))).....((.(((((..(((((((((......))))))....)))))))).))))))))))))))).(((((((((....)).)))))))....((((....))))(((.(((....))).)))........(((((.....((((((..((.((((((((.((((...........)))).)))))..))).))..))))))......)))))((((((((((.....((.(((((..((((((((((((((.....))))))))))))))....))))).)).....)))))))))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,(((,{((({.....{((((((((((((((((,(........},}.})))),..}))))).)))))}...{(((((.(({...,((((((..(((((((........))))))).)))))))))}}.)))},,,{{.{{{{,,.,{,...,|....,}}}.}},}},,{({{{{,,,.||||.....{||||...,,.,,,,|||||{||,|||||.,|||||.....,,|||.......(((((((((((((((((((........((((((((((((.((((.....)))).({{(,,....,,,..))}}....(((((.,(((((((((((,....{((((((..({....((((........)))).})..))))))}(((((((((({(({,..,{,,.((((((((.....))))))))..........................{(((((((..(((((((..(((...........{{,..,,,.,..{(((((....))))))...(((((((((,,((.,.....,|||,,,{(((.,{,..........||}.)},,}},)}}.........,,..)))))))))}))...)))))))..)))}))))),,.((((((((.(..(((((..{......{(.((((((((((..(...........}..)))))))))).}}(((((((((((((((.((((,..{((((..((((.((((((.....)))))).,)))}...))))))))).)))).....))))))))))).............}..)))))..).))))))))........,)))}...(((((..((((.,.....,.))))..))))).{{(((((((((((((.(((.((((....,,.(((((.{{{...}}}.))))).(((((.......))))).{||.,..,},))))))).))))))))))))),}}})))))))))}))))))))))).,.))))).(((({.{{({.....})))))))...)))))))),})))....((((((((.(((........)))))))........)))).}.)))))),....((.(((({..((({(((((,.....}}}))),.,,)))))))).)),)))))))))))).(((((((((....)),}))))))....((((....))))(((.(((....))).))),.{{{{{.(((((.....,{{|||}},}}|||{|{{{.((((....,,.,,,,)})),))))),.}))..,.,))))))}.)|{{|},,,((((((((((.....((.{((((..((((((((((((((.....))))))))))))))....))))}.)).....)))))))))).,)))}