Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0000500

Sequence Length

1852 nt

GC Content

0.4897

AUCACUUCUCCCUGGGCUCCCAGGCCCUCCUGCAGCAGCCCCCGCCUGGGCCAUGUCUUCCUCAGAUGAAGAGACGCUCAGUGAGCGGUCAUGUCGGAGUGAGCGGUCUUGUCGGAGUGAGCGAUCUUACAGGAGCGAGCGGUCGGGGAGCCUGUCUCCCUGUCCCCCAGGGGACACCUUGCCCUGGAACCUGCCACUGCAUGAGCAGAAAAAGCGGAAAAGCCAGGAUUCGGUGCUGGACCCUGCAGAGCGUGCUGUGGUCAGAGUCGCUGAUGAACGGGACCGGGUUCAGAAGAAAACGUUCACCAAGUGGGUCAACAAGCACUUAAUGAAGGUCCGCAAGCACAUCAAUGAUCUUUAUGAAGAUCUGCGGGAUGGCCAUAACCUGAUCUCUCUGUUGGAGGUCCUCUCAGGCAUCAAACUGCCCCGGGAGAAGGGCAGGAUGCGUUUUCAUAGGCUGCAGAAUGUGCAGAUUGCCCUGGACUUCCUAAAGCAGCGACAGGUGAAACUAGUGAAUAUUCGCAAUGAUGACAUCACAGAUGGCAACCCCAAGUUGACCCUGGGUCUGAUCUGGACCAUUAUUUUGCAUUUCCAGAUCUCUGACAUCUACAUUAGUGGAGAAUCAGGGGAUAUGUCAGCCAAGGAGAAACUACUCCUGUGGACCCAGAAGGUGACAGCUGGUUACACAGGAAUCAAAUGCACCAACUUUUCCUCCUGCUGGAGUGAUGGGAAGAUGUUCAAUGCACUCAUUCACCGAUACCGACCCGAUCUAGUAGACAUGGAGAGGGUGCAAAUCCAAAGUAACCGAGAGAAUCUGGAACAGGCUUUUGAAGUGGCAGAAAGACUGGGGGUCACUCGCCUGCUGGAUGCAGAAGAUGUGGAUGUGCCAUCUCCAGAUGAAAAGUCUGUAAUCACUUAUGUGUCUUCGAUUUAUGAUGCCUUCCCUAAAGUUCCUGAGGGUGGAGAAGGGAUCAGUGCUACGGAAGUGGACUCCAGGUGGCAAGAAUACCAAAGCCGAGUGGACUCCCUCAUUCCCUGGAUCAAACAGCAUACAAUACUGAUGUCAGAUAAAACUUUUCCCCAAAACCCUGUUGAACUAAAGGCACUUUAUAACCAAUAUAUACACUUCAAAGAAACAGAAAUUCUGGCCAAGGAGAGAGAAAAAGGAAGAAUUGAGGAAUUAUAUAAAUUACUAGAGGUGUGGAUUGAAUUUGGCCGAAUUAAACUGCCUCAAGGUUAUCACCCUAAUGAUGUGGAAGAAGAGUGGGGAAAGCUCAUCAUAGAGAUGCUGGAACGAGAGAAAUCACUUCGGCCGGCUGUGGAGAGGCUGGAAUUGCUGCUACAGAUUGCAAACAAAAUCCAGAAUGGUGCUUUGAACUGUGAAGAAAAACUGACACUAGCUAAGAAUACACUGCAGGCUGAUGCUGCUCACCUGGAAUCAGGACAACCGGUACAAUGUGAGUCAGAUGUCAUUAUGUACAUUCAGGAGUGUGAAGGUCUCAUCAGGCAGCUGCAGGUGGAUCUCCAGAUCCUGCGGGAUGAGAAUUACUACCAGCUAGAAGAGCUGGCUUUUAGGGUCAUGCGUCUUCAGGAUGAGCUGGUCACCUUGCGUCUAGAGUGUACAAACCUGUACCGGAAGGGUCAUUUCACUUCACUUGAAUUGGUUCCACCCUCUACUUUAACCACCACUCAUCUGAAAGCAGAACCCUUAACCAAGGCAACCCAUUCUUCUUCUACCUCCUGGUUCCGAAAGCCUAUGACUCGGGCUGAACUUGUGGCCAUCAGCUCCUCUGAAGAUGAAGGCAAUCUCCGAUUUGUGUAUGAACUACUGUCUUGGGUAGAAGAGAUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-599.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -628.70

Frequency: 0.0000

Diversity: 381.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((((((.((((....((((((((((.(.(((....((((((((((..(.(((((.......))))).).))))))...))))...))).).)).))).))))).(((((((...((..((.....((((.((((((.(((((((.....))))))).))..(((((....))))).(((((...((((..((((....)))).....)))).....))))).(((....((((((((.((...))((.((((.(((((.....)))))..)))).)).))))))))..))).((.((((..(((((..........)))))..)))).))(((((...........((((((....)))))))))))(((((((((((((((.((.((((...((((((((((((.((((......))))..))))..(((((((..((((..(((..........)))..))))..)))))))))))))))...)).)).))))))).......((((....))))...(((..((((..((((((((...(((...(((((((.(((((..((((..(((((.....((..((((((((((((((..(((((....)))))...))))))....((((..((((((((......))))).)))(((.....)))))))..(((((((...(((......((((((...((((((..(((((((((((.(((((((((((.....))).)).))).))).)))........))))))))....))))))))))))..)))...))))))).....))))))))...))......))))))))).))))).))))))).((..((((.....))))..))..)))...))))))))...))))....))).(((((...(((((((((((((((((....((((((......(((((...((((((((((((..((((((((((.((((..(((.((((..((((............))))..)))).)))....)))).)))................)))))))...........))))))).....)))))...))))).))))))....................((((.......((((...)))).....)))).............))))))))))..))))))))))))(((.((((..((((......(((.(.......).)))....))))..)))))))..((.((((((((((((((((.....(((......)))..(((((..(((.((......))))).))))).((((((.(((((((.(((.(((........)))..)))..)))))..(((.(((.......((((((..(((.((((.((...............((((.......))))...((((....))))....((((((((..((((........))))..((((((((((((.((((((.((.((((((....(((((..(((((.((((...((((....)))))))).)))))..))))).(((((((((((((...)))))).)).)))))..))))))))..))))...)).))).)))))))))....))))))))..)))))))))..)))))).......))).)))))))))))...............((((....))))..((((....))))...)))))))))))))))).))..(((((....(((((.......)))))))))))))))))))).))))))))......))..))...)))))))..((......))....)))).))).))))).)))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((((((((.((((...,((((((((((,(.{({,,,,((((((((((..,.(((((.......))))).}.))))))...)))).,.})}.},}).))}.)}}}}.{((((((...((.,(({{.{{((((,((((((.(((((((.....))))))).)),,(((((.,..|},},}|||||...((((..((((....)))).....)))).....||}|}.,,,|||,(({(((({.{{...,,{|,|{||,|||{{..,,,))})},,|}}}.)),}}))))},..},..((.((((..(((((..........)))))..)))).))(((((...........((((((....)))))))))))(((((((((((((((.((,(,(({{{((((((((((((.((((......))))..)))),.(((((((..((((..(((........,.)))..))))..)))))))))))))))...))})).))))))).......((((....})))..,{{{,.,,|},.((((((((...(((,{,{((((((.(((((..((((..(((((.....((..((((((((((((((..(((((....)))))...))))))....{(((,.((((((((......))))).))),{(,....))))))}.,(((((((...(((.,....((((((..{((((((..(((((((((((.(((({{({(((.....))).)),))).)}}.}}},.......))))))))....))))))))))))..)))...))))))},,...))))))))...))......))))))))).))))).)))))))}|,..((((.....))))..},..)))...)))))))).(((((.....))))).......{((((({((((((((((,{{,((((((......(((((...(((((((((((({.(((((({{({.{({{|,{((.((((,,{(((............)))|,,||}}.}}}.,}.))))|))),.....,,,,......}}})))).}.........))))))).....)))))...))))).))))))..,}}||.............{(((.......((({...)))).....})})..........,..})))))))))..}))))}}||||,({(.((((,,(,(({{....(((.{.......).)))}},}}})),.))))))}.,||,((((((((((((((((.....(((......)))..(((((..((((,{......})))).))))).((((((,(((((((.(((.(((........)))..}})..)))))..{((.(((.......((((((..(((.((((.((...............((((,{....}))))...((((....))))....((((((((..((((........))))..(((((((((,(({{((({(,(({((((((....,,((({{(((((.,{,|}}.,,||}}}})))))))).,,,,,,{|||||.(((((((((((({...}))))).)).)))))..,,}}))))}}),))}}})),))).)))))))))....)))))))).,),)))))))..)))))).......))).)))})))))}}........,......((((....))))..((((....))))...)))))))))))))))).})..{((((....(((((.......)))))))))))))))))))).))))))))}},}),}}..))...)))))))..{,,,....,,.,,.)))).))).))))).)))....