Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0002900

Sequence Length

1354 nt

GC Content

0.4165

AGUUUUGCUCUUGUUGCCCAGGCUAAAGAAGUGCAAUGGCAUGAUCUCGGCUCACCGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUACUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGACAUGCGGCACCACGCUUGGCUAAUUUUGUAUUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCUCCAUAUUGAUGAGGCUGGUCUUGAACUUCUGAUCUCAGGUGAUCCACCUGUCUUGGCCUCCGAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCACCUGGCCAAUAAAGCCUCUUUAUACCAUUUUCUAAUUUCUAUUUCAUAGAAUUUUAAAACUGCAUAAGCCUUUAACCUCUGUUUCUCAAAUUCACUUUCCCCUUUGGAAUGUUAUAAUUCUACUUCACCUGACUCCUGGAACUCCCUGUUAUCAUGUAACAUAUUUUAAUUAUUUUGAUUGUUGUCUGAGUCUUCCUACUACAAGAGUGAGACUGAGUCUCACUCUUGGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCUGUCUCUGCUCACUGUAACCUCUGCAUUCUGGGUUCAAGAGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUAGGAUUACAGGUGUGCACCACCACACUUGGCUAAUUUGUGUAUUUUAGUAGACACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCAGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGUUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACACCCGGCCAACAAUGCAAACUUCUUUUAAAAAUUUGUUUUUAAAUUUUUUGUGGGUACAUAAUAGGUGUAUGUAUUUAUGAGGUACAUGAGAUGUUUUGAUACAGGCAUGCAAUGUGAAAUAAGCACAUCAUGGAGAAUGGGGUGUCUAUCCCUCAAGCAUUUAUCUUUGUGUUGCAAACAAUCUAAUUACACUCUAAGUUAUUUUAAAAUGUAUAGUUAAGUUAUUAUUGACUAUAGUCACCCUUUUGUGCUAUCAAAUAGUAGGUCUUAUUCUAACUAUUUUUUAAAAAUGUGGAACACUUCACGAAUUUGUGUGUCAUCCUUGUGCAGGGGCCUCCCUAACCUCUCUGUUGUUCCAAUUUUAGUAUAUGUGUUGCUUAAGUGAGCACUAGAAUGCAAACUUCUUAAGAAUAGAGGUUUUUAUUUGUGUAUUAACUAAUUUCCCUAGCACCUAGAAGAGUUUCUGGUAUAAAGUAGCUGCUCCAAUCAAUAUUGAAUGAAUGAAUUGGAAAUGUUAAGUUAGUUCACUCUUGUUCCCCAUAAGGAAAAGAGGCAUGGAAAGGCACAAUAACUUGCUCAAGCUAACGCCAUAUCUCCUUACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-364.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -391.54

Frequency: 0.0000

Diversity: 363.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...)))(((((((.(((((....(((.((((....))))..))).(((((.(((((...((((..((((((...............((((.((((....))))))))))))))...))))..)))))....(((((((..(((((((((((((((..((.(((((((((..((.((.....(((.(((..(((.....)))))).)))...)).))..).)))))))).))....)))))))).)))))))))))))))))))......))))).))))).(((..(((((((((((((((((..((((((...)))))).........((((((((.....(((((((((((....................((((((......))))))(((((((((......(((((((..((((((...))))))...............(((....))).))))..))).....((((((((((((...))))))))))))..)))).)))))((((((((.((.......)))))))))).....((((((((((((((.(((((...(((((((((........)))..)).))))...((((((((......))))))))(((((..........)))))...(((((((...(((((.((((((..((((((((.(((..........))).)))))))).)))((((((((((((....)))))).....((((((......)))))).))))))....(((((.....((((((((....))))))))...))))).((((((.((..((((.....(((((.((((((....(((((((((((((((((.(((.(((((((.(((.((((.((((.....)))).)))).)))...))..)))))))).))))))))).)))).))))...))).))))))))............(((((((((.......)))))))))..))))..))))))))...((((((((((......))).))))))).........(((((....))))).))).)).)))....))))))).((((....))))....))))).........((((.((((.......)))).)))))))).))))))))))..........)))))))))))....)))))))).....................))))))).....))))))))))..)))....((.(((....))).))........(((.((((...(((((((..(((((.((((......))))))))).........((((........))))..)))))))...)))).))).....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...)))(((((((.(((((....(((.((((....))))..))).(((({.(((((...((((..((((((,,....,,|......((({{((((....))))))))))))))...))))..)))))...,(((((((..((((((,((((((((.,({.(((((((({..((.((.....{{{,(({,.({{.....,),})}.))).,,}}.)}..).)))))))).}},,..)))))))).})))))}))))))))))))......))))).))))),(((..((((((((((.,{{,{{,.((((((...)))))).,,..,...((((((((.....((((((((((({{.......,,.,{{{.....||||,,,....}}},}|(((((((((......(({{{,{,.{(((((...}))))}..........,...,|||,,..}},.)))}..}}}.....((((((((((((...))))))))))))..)))).)))))|(((((((.({.......))}))))))}.....((((((((((({(({{(({{,.,(({((((((,,,.....}})..)},)))}...((((((((......)))))))){{{{{..,,,,,,..}}}}}.,|{({{(((,,,{{{{,{(((((((.((((((((.(((..........))).)))))))).||..{{||.((((({....}))))).....((((((......)))))).)))))))}.,|,|||,.....,,((((({{{{..,,))))}}})),||{(((((({{,..{{{{}|||||||||,||||||.,,,{{{(((({{{{{(((((,(((,{(((((,.,,,.{(((||{{{,....}}||{|||,.|}}.,,,},.|||},,,,.}}})))))}.}})),,}}}.,,||}.}},||||,...,,,,....,|{(((((((.......))))))))),.)))),,.,)))))),..((((((((((......))),}))))))........,(((((....}))))},..,))}))),,,.}}}})))}{(((,...)))}....,}}}}|.|||||,.{{{{.((((.......)))).})}))))),)))))))))}.........})))))))))))....))))))))......,,,,,..{(({...}))).}))},...))))))))))..)))..,{(({(({....|,..,,,.}}.,}}|||.((({...(((((({..(((((.((((......)))))))))....,....((({........)))}..}))))))...)))}.}}}.....})