Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0006200

Sequence Length

797 nt

GC Content

0.5094

GUGGGAGGAUUACUUGAGCCCGGUAGUUUGAGGCUGCAGCGAGCUAUGAUUGUGCCACUGCAUUCCAGCUUGGACUACAGAGUAAGACCCUGUCUCAAGAAAUGGUGAUAGAAACAGCACUAGCAGGCUGGGCGCGGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCAGUUUGGGAGGCCCAGGCGGAUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUGGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACUCUGACUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGCCGGGCGCGGUGGCUCACUCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGUGGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUAACCAAUGUGAUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGUGUGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGGAGCCGGGAGACGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCACGCCAUUGCACUCCAGCCUAGGCAACAGAGCAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCACACACCUGUAGUCACAGCUACUGGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGAUAGAGGUUGCAGAGAUCGGAGCAUCACUGCACUCUCCAGCCUAGGCAACAGAGCAAGACUCUGUCUCAAGAAAGAAAUAAAAGGGAAGAAACAGCACUAGCAAUUAAUAUAUACUGUUGUUGAGAUUCUUUUCUUAAAGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-282.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -296.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 171.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....))))(((..((((((((((.(.((((((((.(.....((..(((((((((((..((((((((((.((...((((((..((((((((((.....(((((..........)))))..(((((((((......))))).))))......(((...(((((((...)))))))...)))....((((((....((((((((((....(((((.....)).)))....)))))))))).................((((((((.((..((((((((.(.((.(((.((((...((((((....))))))((..((((((((.(..((((.((((.(((.(((...)))...))).)))....).))))..)))))))))..))..................)))).))))).)..))))))))..))))))))))))))))....))))))))).)..))))))..))))).(((((((((..(((((((.((((....)).)))))))))(((..((((.(....))).))..))).....))))))))).....................))))))).)))))))))))))))))))))).))))))))))).....((((((((.((..((((((...((.(((.....((((.(((((.(((......))).))))).))))...))).)).....))))))..))))))))))............((((((((((.(((((.(((.............))).)))))...)))))))))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....))))(((..((((((((({{(.((((((((.(.,...,,..(((((((((((..((((((((((.((.(,((((((..{(((((((({.....{({((.,.......,}}}}},,(((((((((......))))).))))....,{(((...{{{||||,,,||||||}.,.}}}.||.||||,{|||.((((((((((....((({{,....)).)))....)))))))))).................{(((((((.,{||{(((((((.|.{(,(((.(({{...((((({....})))))((,.((((((((.,.{((((,,(((.(((.(({...}))...))).)))..,})})),,..)))))))))..}}...............,}|)))).))))).|,.))))))))},..)))))))}||}}|,.,.}))))))))).}..)))))),.})))}.(((((((((..(((((((.((((....)).)))))))))|{|..(({{.|||..}}}.)).,)}),....))))))))).....................))))))).))))))))))))}))))))))).)))))))))))....,((((((({{((..((((((...,({(((....,((({.(((((.(((......))).))))),)))}...))).)).....))))))..)))))))))}............((((((((((.(((((.(((.............})).)))))...))))))))))....,)))