Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0006500

Sequence Length

780 nt

GC Content

0.4308

GUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUAGUGCCACUGCACUGCAGCUUGGGUGACAGAGCUAGACUCCAUCUCAGAGAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAUUCCAGGCCAGGUCUCUCCCUGAACUCUAGAUUCAUAUAUUCAAUUGUCUAUUCAAAGUUCCACUUGAGGGGUGGGCAUGGUGGCUCAAGCCUGUAAUCCCAGCACUUUAGGAGGCCAAGGAAGGAGGAUCACAUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAACAUGGCGAAACCCGGUUUCUACCAAAAGAAACAACAAGGAAGUUUCACUUGAAUGUCUUUAGGCAUUUCAAACCUAAUGUUAUUCAAAAGGACAUUUCUACCCUGCCCCCCCAAAAAACAGACAGCCACAGCCACCAAUGAAUCCCAAACCCUCUGCAUCUCUGGUAUCAGUCUUCCCCAUCUCAGGAAAUAGCAGUUCUAUCCUUUCAAUUUCUCAGGCCAACAUUUUGGAGUUAUUUUUUAUUCUUUCCCUGCUCAUUCCACAACCAAUCUAUAAGCAAAUCCAGAUGAUUCCUUCUUUGUAAUUACAGAAUUUGAACACAUCUUACCACCUCUGUGGCCACACUCUGGCUCUACCCAUCAUUUUGUAGCCACCAAUUUUCACUUGAAUUAUUAUACUGGCAUUAUAGCUGGUUUCCCUGUACCCACUCUUAUCUCUCAGUAGUAUGAUCUCAACAUAGGAACAAGAAUGAUCCUUUUUUUUUUGAGAUAGAGUUUCGUUCUGUCACCCAGGCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-204.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -219.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 147.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((...(((.((........)).)))..)).)))(.((((((((((((((((((.((((((.(((((((((((((((.......(((((.((((((((((((((......)))(((((.(((((..............))))).....))))).....(((((.((((((((((((((...((.(((...............((.(((..(((..((.(..((.((((.(.(((((.(((...)))...))))).)..))))..))..))).((((((......)))))).....(((((((((..(((((((...(((((.........)))))...)))))))..))).))))))..))))))))............)))))...))))))).)))...))))..))))).......(((.(((.....((((........))))))).))).....................)))).......))))))).)))))((((((((((.((((.((..............)).)))).....(((((.(((....(((((....)))))....)))..)))))..........(((((.(((...(((......)))......))).)))))..........(((((((((..((((((...((.((..(((........)))..))..))....))))))..))))).))))....)))..)))))))....))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({.,{...(((,((.,,,....}},})),})),)))(.((((((((((((((((((.((((((.(((((((((((((({......,(((((.((((((((((({((......)}}(((({.{{(((..,..........,))}}},,..,|||,,.,,,,(((((.((((((((((((((...(,((((...............((.(((..{((..((.(..((.((((..((((((.{{(.,.,},...)))})})..))))..))..))).((((((......)))))).....(((((({((..(((((((.{.(((((.........))))).}.))))))}..))).))))))..)))))),),..........,)))))...))))))),,))...))))..))))).......(((.,,,,,}..{(((........)))}}|||,}}..,..................)))).......))))))).))))}|,{{{{{{,,.((((.{{..............},.)))).....(((((.(((....(((((....)))))....)))..)))))..,{{{....||||,.,,,...((({,....,,,......})}})))),..........{((((((((..((((((....,.((..(((........)))..}}..,}....))))))..))))).)))}....|||.,|,}}})).,,,))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))))).)