Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0035900

Sequence Length

1209 nt

GC Content

0.4880

GUAUUAGAAAGGGAGUUAAAGGAUCUGACCACCUUGGUCAGUCAGGAGCUGGAGUGUGUGAAUCAGAUUAUCAUCAGCCAGCCUCAAGAAGUUCCUGCUCAACUGUUGAAGGCUCUAGAGAAAGAUGCCAAGAAUCUUCAGAAGUCUCUCAGCUCUGUGAGUGACACUUGGAAUUCCAGGCUACUCCACUUCCAGAAUGCUGUGGAAAUAGAAAAGACUAAAGUGUUAAAUCAGCACACACAGCUAGAAGGCCGACUUCAAGAUCUGAGAGCCUGGGUUGGCAAUAAAAAUCUUAUUCUGAACAGCAAGGGAUCUAACAGUGAAAUAGAUGUUGACAGCCUGAACCUCUGCCUCCAACAGUAUGAGGAUUUGAAACAGCCCAUGGCUGAAAGGAAAGCUCAGCUGGAUGCUCUUGCUUUUGAUAUUCAGUUCUUUAUCUCAGAACAUGCCCAGGACUUGUCCCCUCAGCAGAAUCGACAGAUGCUGAGGCUUCUGAAUGAACUGCAGAGGUCCUUCCAGGACAUUUUGGAACAGACUGCCGCUCAGGUGGAUGCCUUGCAGGGCCAUCUUCAACAAAUGGAGCAGGAAGCCCUGGUGAAGACCCUGCAGAAACAACAAAAUACCUGUCACCAGCAACUGGAGGAUCUUUGCAGUUGGGUAGGACAGGCAGAAAGAGCACUGGCAGGCCACCAAGGCAGAACCACCCAGCAGGAUCUCUCUGCUUUGCAGAAGAACCAAAGUGACUUGAAGGAUUUACAGGAUGACAUUCAGAAUCGUGCCACCUCAUUUGCCACUGUUGUCAAGGACAUUGAGGGGUUCAUGGAAGAGAAUCAGACCAAGCUGAGCCCACGUGAGUUGACAGCUCUUCGGGAAAAGCUUCAUCAGGCUAAGGAGCAAUAUGAGGCGCUCCAGGAAGAGACACGUGUGGCCCAGAAGGAACUGGAGGAAGCAGUGACCUCCGCCUUACAGCAGGAGACUGAAAAGAGUAAAGCAGCAAAGGAACUGGCAGAGAACAAGAAGAAGAUCGAUGCUCUCCUGGAUUGGGUAACUUCAGUAGGAUCAUCUGGUGGACAGCUGCUGACCAACCUUCCAGGAAUGGAGCAGCUCUCGGGAGCUAGCUUGGAGAAAGGAGCCUUGGACACCACUGAUGGUUACAUGGGGGUGAAUCAAGCCCCAGAGAAACUGGACAAGCAAUGUGAGAUGAUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-386.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -409.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 323.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.......((.((((...((((.(((((((...)))))))((..(((((((..((.((((.........)))))).)))).)))..))...))))))))..))......((((((......))).)))....))(((((...(((((.(((((.(((........(((....((((((((((((((...........((((((....(((......)))..(((((.....))))).))))))..((((.....))))......(((((((..((((((.((((....((((..(((.......................)))..)))))))).))))))....((((((((((.......((((..(((....(((((...)))))....)))..))))((((..(((((((((((((....(((((((((((.((((....(((((((......(((((...((((((....(.((((((..(.((((((((((((..(((...(((((((((.(((.((((((((......(((((.....(((((.((((((((((((...((((((.((...((.((.....)))))).)))))))))))))).............(((((((((..((((((.((.....)).)))))))))..)))))).............))))..)))))..)))))......((....)).(((.(((((...)))))))).)))))))).)))))))))))).))).....)))))))))....))).)..)))))))..))))))....))))).....)))..))))...))))...........(((.(((((((((.........((((((.(((...(((((((...(((....)))...)))))))..)))..)))))).)))))).))).))))))))))))))))))))......((((((......)).))))......)))))))...))))...)))...))))))).................((((((((((((..((((....(((((((......(((.....))))))))))...)))))))))))...)))))))))))))))).))))))))))....))).(((((.((((.((.(((....))).))))))..)))))..((((.....))))))))))..)).)))))..)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((({.((((((....,((.(((((({...}))))))}|.,(((((((..{({({((,.....}}.,))),,.))))}}))..,,..|||||,{{{{{{{((({.((((,,,{{{{.,{{{{|||....}}||{((,..({({(((({.{,{{||||{|,,.{||||...,|||||{||||{|,,,{,,,....{(((({,...,{(......|},..{{({|.....}}}}).))))))..((((.....)))).,},.}|||||}|}}||||||,|{{{....,|||,.|||||....,,..{|..,||,,||.......}}}))))).},})))....||||}|)},)}}}}}}.||||..{{{....(((((...)))))....))}..)))}}))}...|}}}}},,|}))))))}(,..(((.((((((({.,.,,((,,,,{,.,{{{{{{((((((((...{{....}})))))))).(((((((((..(((...(((((((({,(((.((((((((......(((((.....(((((.(((({(((((((...((((((.(,...((.((.....))))}}.)))))))))))))}.............((((((,{{..((((((.((,...,)).))))))}}}..)))))).............))))..)))))..)))))..,,..{,....)).{{(,(((((...)))))})).)))))))).)))))))))))).))).....))))))))),{.{((({,,((,,{((({.((({{{{.{{||.|,.}|||||||{|,|,...,.}},||...,{...(((.(((((((((.........((((((.(((...(((((((...(((....)))...)))))))..)))..)))))).)))))).))).))}..}}.,}|||,,,...}}}}..}||||||}}},}}))})},}{((......)))....,,))}},,))..}))))}}}..,..,.......,}..{(((((((((((..((((....(((((((..,,.,{,,..,,.,,,)))))))...))))))))))}..,)))))}||||||||,|||,||||,,.....,}}}}{{(({.((((.((.(((....))).))))))..})))))))}||,}...}}))}}}})),.)})))))))).))))