Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0041000

Sequence Length

711 nt

GC Content

0.4852

UUUGAAAGCUGGUUGGAACGAUCCGAGAAAGAGCUGGAGAACAUGCAUAAGGGAGGCAGCAGCCCCGAGACCCUUCCCUCCCUGCUAAAGCGGCAAGGAAGCUUCUCAGAGGAUGUCAUUUCCCACAAAGGAGACUUGAGAUUUGUGACUAUCUCAGGACAGAAAGUCUUGGACAUGGAAAACAGUUUUAAGGAAGGCAAAGAACCAUCAGAAAUUGGAAACUUAGUAAAGGACAAGUUGAAGGAUGCAACAGAAAGAUACACUGCUCUCCACUCAAAGUGUACACGAUUAGGAUCUCACCUGAAUAUGCUGUUAGGCCAGUAUCAUCAAUUCCAAAACAGUGCUGACAGCCUGCAGGCCUGGAUGCAGGCUUGUGAGGCCAACGUGGAGAAGCUCCUCUCAGAUACUGUUGCCUCUGACCCUGGAGUUCUCCAGGAGCAGCUUGCAACAACAAAGCAGUUGCAGGAGGAAUUGGCUGAGCACCAAGUACCUGUGGAAAAACUCCAAAAAGUAGCUCGUGACAUAAUGGAAAUUGAAGGGGAGCCAGCCCCAGACCACAGGCAUGUUCAAGAAACUACAGAUUCCAUACUCAGCCACUUCCAAAGCCUCUCCUAUAGCCUGGCUGAGCGAUCUUCUCUGCUGCAGAAAGCAAUUGCCCAAUCUCAGAGUGUCCAGGAAAGCCUGGAGAGCCUGUUGCAGUCUAUUGGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-216.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -228.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 124.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....((((..(((((....))))).....))))((((((((.(((((.(((((((.(((.(((.((((..(((((....((((....))))...)))))..)))).).)).)))..(((((......)))))(((((((((.((..((((.(((((((.....)))))))..))))...)))))))))))..((((......(((........)))............(((...(((((..(((((..........((((((.............)))))).....(((((......)))))....(((....)))..))))).))))))))..(((((((((((..(((((((((((((....))))))))).))))....(.((((...)))).))))).)))))))))))(((..((((((....))))))..)))((((((((.........)))))))).((((.(((((((((((....(((...((((.....))))....)))....))).....((((((.(((.((..((((..(((..........)))..))))......)).))).)))))).)))))))).))))...))))))).))).)).))((...))....))))))(((......)))))((.(((((((((((..(.((((((....)))))).)..)))....))...)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({....,,{{..{{(((....)))||{,,.,||||,{{(,.((.(({{{.(((((((.(((.(((.((((..(((((.{..((((....))))..,)))))..)))).).)).)))..(((((......)))))(((((((({{((..((((.{((((((.....))))))),.))))...)))))))))))..((((,.....(((........)))...|||.,,...{{(,,.{((((..(({(({,,,,.....{{{{{{,...,,,......}})))},....{((((......))))}...,(((|...,,,,,))))}.)))}))))..,((((((((((..(((((((((((((....))))))))).))))....{.((((...)))).})))).)))))))))))(((..((((((....))))))..)))((((((((.........)))))))).((((.(((((((((((..,,(((.,.((((.....))))....))}.,}.))).....((((((.(((.{(..((({..(((..........)))..))))......)).))).)))))).)))))))).))))...)))))}),)}}.)).}}.}}.}))..},)))))|{{{......)))))((.(((((({,(((..(.((((((....)))))).)..)))....,,...)))))).))