Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0048100

Sequence Length

2000 nt

GC Content

0.4165

GAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCGCUCCAGCCUGGGCAACGAGCGAAACUUCGUUCCAAAAAAAAAAAAAAGUAGCUACUGACCAUCAUAGCUCAGCUUAGCCUACCUUAAACAUACUCAGACACUUACAUUAGCCUACAGUUAGGCAAAAUCAUCUAUCAGAAAGCCUAUUUUAUAAUAAAGUGCUGACUCGCUCAUGUAAUUUAUUGAAUAUUGUACUGAAAUAGAGAAACUGAAUGAUUGGGUACUUGAAGUAUGGUUUCUACUGAAUGCAUAUCACUUUCACCAUCAUAAAGUUGAAAAAUCUUCAGUUGAACCAUUGUUAAGUCAGAGACCAUCUAUAGUAAGGGAAACAGAUACAGAGAAUUACAGUGGUACUGAUGUAGUGGUAAAUGCAGUAAGAAAGAUCUGAGUCUAAAUGAUCUCUGAAAAAAACUCUAAAUCAGACAUUUAAAAUCCUAUUUUGCAGAUAAGAAAACUUAAGACUUGAAGAGGUUAAAAUAACUUGUUCGAGCCACAUAGCAAGUAAAUAUUAGAGUUGGGAUUGGGAAGGUCUGUUUGGCACCAAAGUUUAUGCUACACCAGUGGUUGUCAACCAAGCAUAGCUUUGCAGAGACUCCCACUCCCCGCCACUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAACAGUUUCACUCCCAUCACCCAGGCUAGAGUGCAGUGGCACAAUCAUGGCUCACUGCAGCCUCGACCUCCCAGUCUCAAGUGAUCCUCCUGCCUCAGCCCCACAAGUAGCUGGAAUUACAGGUGCAUGCUGCCAUUCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUUGUAGAGAUAGAGUUUCACCAUGUUGCCAAGGCCGGCCUUGAACUCCUGAGCUCAAAUGAUCUGCCUACCUCAGCCUCUCAGAGUGCUGGUAUUACAGGAAUGAGCCACAGUGCCUGGCCCAGAGACAUUUUUUAUUGUUAUGACUGGAAAAGCUGCUACUGGCAUCUAGUAAGUGCUGCGAAACAACCUACAAUACACAGGAUGACGGCCCCUUACAAUGAAAGAAUUAUUCAGCUUACUUCUAGAAAGCUAGGGAAUUUGAUUUUUGCCAUCUUCAGAUCCCAUGACAAGUAAGAGUUAACUGAUUAAAUAGUUCCACUCGCUGGGGGUGCUUCUGUGGUUUUCCUCUCCUUUUAAGAAAAUUAGUUAAGAAAUAGUGUUGCUUCCGGGAGUGACUUACACAGAUAGAGUCAGGAUCUUGGGGAACUAAUCUGAGUCAGCGACUGAAGAAUUUUCUCUAUGCCUGACCAGUCCCCACCCCACACUGCCACAAGGCUCCUGCUGUGGAAAUCAAUCAGCUGUGUAUCUCAGGCUGCUUCCUGUAGGGUGUGUUAUGGAAUGGCAUCAGCCCUUGCACCAGCUGGGAGUACUGAUCUCAGUGUGAUUUUAUCAGACUAUGUUUCUUUUGAGCCUUACUGUUUGGAACAAAGGACCCUCUGUUAAGAAUGCAGAGAGCUGGUGUGAUUGGAUAGCUAGCAUAUACAUACAUGGUUCCUAUGGGAAAAAAACAGACAUAAAUUAUGCUAUAGCCCUCUAAAAUUUUCAUCUCCAAAAUGAUUUCCUGACCUUCUGUCUGUAUUCACAGUUCUUUCUGUAAGUGCUUAUCCUUCCCCCAAAGCAAUUCGAAGGCCAUCUGAUCUGAUAAAUGGUUGUAUCCUUCAGAACUAGCCUAUUUCUGUGUCUCCAGUCUUGGAUGUAUUUGAUCCCCACUAUCUUUCCAGUGUUAUUUCCUAUAUAGACCAUACACUACAUCCAGUUACCCCAGACACUCCUUAUACAUUUUAGGUAUUUGAUUUCUGAAGUCAUAGCUCAAGUCCACUUCUUUAUAAAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAUUCUGGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAAUUUCUGACUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-579.57 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -615.65

Frequency: 0.0000

Diversity: 395.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.............)(.(((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.(...((((((.((((((((((((((((((((((((((.(......).))))..))).))))...........................(((((....))))).............(((((((....(((((((..(((((..((((.(((.(((...((((..((((...((((((((((.(((...(((..(((((((((.......((((((((((.((((((......(((((((.........)))).)))......)))))).))...........((((((...((((((.((....(((....((((((((((....((((((((((..(.((((.(((...(((((((((((..((((.(((((((((...(((((.............))))))))))).........(((((...((((....))))...((((((.((((((...)))))).)))))).......)))))............((((((((((((.((((.....(((..(((((((.(((((.......(((((...)))))))))))))))))..((((((.........................................))))))((((((........))...))))((((((((.((....)))).)))))).)))..))))))))))))))))(((((((..((((.............))))..)).)))))((((((.((..((((((((((((........)).......(((((....(((((.((....(((..(((((....))))))))...)))))))......))))).....((((((((...))).))))).....)))))))).))..))))))))))).))))....)))))))))))))).)))).)..)).)))))))).......((.(((.(((.((.((((((.........((((..((.((((.((((((..(((((((((....(((((.((...)).))))).((((.(((((............))))))))).......(((((....(((((......))))).(((((.((((((((((((((.((((((((............))))))))....)))...)))...))))))))))))).)))))((((((((((((((((...((((((......(((.(((((.(..((.(((....))).))..)))))))))))))))...((((((((((((..((....)))))))........))).)))).......(((((.((((((((((((((((((((...(((((((.....(((((((((((((((.......))))(((.((((...)))).))).....(((((((..((.........))..)))))))..((((((.......)))))))))))))))))...))).))))...)))).))))))....))))))))))......((.((((...)))))).))))).............(((........))).)))))))..)))))))))......)))))))))))))))(((((............))))).......)))).))...))))......)))))).))...))).))).))...)))))))))))))...))))))))..))))))...((((........))))..............)))))))).....)))))))))...)))...))).......)))))).))))...)))).))))..))))))...)))))))))..))))))))))))))..))))))))))))))).))))))...).)))).))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.............)(.(((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.(...((((((.((((((((((((((((((((((((((.(......).))))..)))},)))...........................(((((....))))).............{((((((....(((((((..(((((..((((.(((.(((...((({..((((,..{{{(((((((,(((...(((..((((((((({(((((.,.((((((({.((((((......(((((((.........))))}}))......)))))).))))))}..}))))|,(((...,.|||({(({..((((..{((((((({(({....((((((((((..(.((((.(((...(((((((((((..((((.((,((((((...(((((.............))))))))))).........,,,(({{.,,,(,..,|||,,(,(({({{,(((((,...}}||||,||}}}}......,)))))}........{{{({(((({(((({.((((,,..,{({..((((({{{(((((.......(((({...})))))))))))))))),,|||||},}},.)},,.,,.},,,........................,|,...,,,.,,.......{||{..|,,{((((((((.((....)))).))))))))))}.))))))}))))))}))|},,||,..||||.,{{{{..,....),,)}})).....{((((((.((..(((((((((({{........}}.......(((((....((((((((....(((..(((((....))))))))...)))))))......))))).,,,,,(((((((...))).))))),,...)))))))).))..))))))))))).))))....)))))))))))))).)))).)..)).)))))))),,,,||.{{.,||}|||.,,.,{,,{,......,{{(((((,{{.((({.((((((..(((((((((....(((((.((...}}.))))).(((,,(((((............)))))))))..,....,{{,|.},.|{{{{......})))}.(((((.(((((((({{{,(({(((((({{............}))))}}}....}}}.,})).,.,))))))))))))).}},,,((((((((((((((((...((((((......(((.(((((,{...(,(((....))),..},}))))))))))))))..{((((,.(((....}}}....},)))))........(((((,|{.....}}}}))).((((((((((((((((((((...(((({{{..,,.(((((((((((((((.......))))(((.((((...)))).))).....(((((((..((.........))..)))))))..((((((.......)))))))))))))))))..,)}}.)))).,,))})})))),,....))))))))))......{{.((({...)))))).,}},............,,{(,......,,)),.)))))))..)))))))))......})))))))))))))){((({............))))}....,,{|||,.||,{{||,|,,....))))}}.}),,})})}},,.))}}.,))))))))}|||,....}))}}}}}}}}}.}}}}.}}}},......{((({....,,......,)}....)))))..)))))))))...)))...))).......}}))))))))).,,)}}}.})))..))))))...)))))))))..)))))))))))))}..))))))))))))))).))))))...}.)))).))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))).)