Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0049800

Sequence Length

1968 nt

GC Content

0.4782

AUGUUUCAGAAAGAACAAGUGGAUCCUCUUCAGAUGAAAUUGCAGCAGGUGAAUGGACUUGGCCAGGGAUUAAUUCAGAGUGCAGGAAAAGACUGUGAUGUACAGGGUUUAGAACAUGACAUGGAAGAGAUCAAUGCUCGAUGGAAUACAUUGAAUAAAAAGGUCGCACAAAGAAUUGCACAGCUACAGGAAGCUUUGUUGCAUUGUGGGAAGUUUCAAGAUGCCUUGGAGCCAUUGCUCAGCUGGUUGGCAGAUACCGAGGAGCUCAUAGCCAAUCAGAAACCUCCAUCUGCUGAGUAUAAAGUGGUGAAAGCACAGAUCCAAGAACAGAAGUUGCUCCAGCGGCUCCUAGAUGAUCGAAAGGCCACAGUAGACAUGCUUCAAGCAGAAGGAGGCAGAAUAGCCCAGUCAGCAGAGCUGGCUGAUAGAGAGAAAAUCACUGGACAGCUGGAGAGUCUUGAAAGUAGAUGGACUGAACUACUCAGUAAGGCAGCAGCCAGGCAAAAACAGCUGGAAGACAUCCUGGUUCUGGCCAAACAGUUCCAUGAGACAGCUGAGCCUAUUUCUGACUUCUUAUCUGUCACAGAGAAAAAGCUUGCUAACUCAGAACCUGUUGGCACUCAGACUGCCAAAAUACAGCAGCAGAUCAUUCGGCACAAGGCUCUGGAAGAAGACAUAGAAAACCAUGCAACAGAUGUGCACCAGGCAGUCAAAAUUGGGCAGUCCCUCUCCUCCCUGACAUCUCCUGCAGAACAGGGUGUGCUGUCAGAAAAGAUAGACUCAUUGCAGGCCCGAUACAGUGAAAUUCAAGACCGCUGUUGUCGGAAGGCAGCCCUACUUGACCAAGCUCUGUCUAAUGCUAGGCUGUUUGGGGAGGAUGAGGUGGAGGUGCUCAACUGGCUGGCUGAGGUUGAGGACAAGCUCAGUUCAGUGUUCGUAAAGGAUUUCAAACAGGAUGUCCUGCACAGGCAGCAUGCUGACCACCUGGCUUUAAAUGAAGAAAUUGUUAAUAGAAAGAAGAAUGUAGAUCAAGCUAUUAAAAAUGGUCAGGCUCUUCUAAAACAAACCACAGGUGAGGAGGUGUUACUUAUCCAGGAAAAACUAGAUGGUAUAAAGACUCGUUACGCAGACAUCACAGUUACUAGCUCCAAGGCCCUCAGAACUUUAGAGCAAGCCCGGCAGCUGGCCACCAAGUUCCAGUCUACUUAUGAGGAACUGACCGGGUGGCUGAGGGAGGUGGAGGAGGAGCUGGCAACCAGUGGAGGACAGUCUCCCACAGGGGAACAGAUACCCCAGUUUCAGCAGAGACAGAAGGAAUUAAAGAAGGAGGUCAUGGAGCACAGGCUGGUGUUGGACACAGUGAAUGAGGUGAGCCGUGCUCUCUUAGAGCUGGUGCCCUGGAGAGCCAGAGAAGGGCUGGAUAAACUUGUGUCCGAUGCUAACGAGCAGUACAAACUAGUCAGUGACACUAUUGGACAAAGGGUGGAUGAAAUUGAUGCUGCUAUUCAGAGAUCACAACAGUAUGAGCAAGCUGCCGAUGCAGAACUAGCUUGGGUUGCUGAAACAAAACGGAAACUGAUGGCUCUGGGUCCAAUUCGCCUGGAACAGGACCAGACCACAGCUCAGCUUCAGGUACAGAAGGCUUUCUCCAUUGACAUUAUUCGACACAAAGAUUCAAUGGAUGAACUCUUCAGUCACCGUAGUGAAAUCUUUGGCACAUGUGGGGAGGAGCAAAAAACUGUAUUACAGGAAAAGACAGAGUCUCUAAUACAGCAAUAUGAAGCCAUUAGCCUACUCAAUUCAGAGCGUUAUGCCCGCCUAGAGCGGGCCCAGGUCUUAGUAAACCAGUUUUGGGAAACUUAUGAAGAGCUCAGCCCCUGGAUUGAGGAAACUCGGGCACUAAUAGCACAGUUACCCUCUCCAGCCAUUGAUCAUGAGCAGCUCAGGCAGCAACAAGAGGAAAUGAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-600.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -639.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 504.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((......)))))(((((.(((((((((.(((.........(((((......)))))(((((((((((((((...((((..........(((.((((.(........).)))).))).......((((.....((((((.....)))))).......))))))))...)))))((((((((......)))((((((((((((((.....((((.(((.((((((((((....))))..(((((((((..((...(((...))))).)))))))))...(((((.((((((((((((...(((((.........((((.......((.((((((....)))))).))....)))).....))))).......))))))..)))))).))))).......(((((((((((...))))))))............((.((((((((.(((.(((((..((((........(((((.....)))))..(((....)))((((.....((((((.......((.(((..(((......)))..))).))..)))))).)))).)))).))))).))).))))).))).)).......(((((((.........)))))))....((((((............)))).))....))).))))))))).))))....)))).......))))))))))))))).((((.((((......((((((.((((((((((((((.......(((((((....((((...(((((......))))))))).))))))).(((((((((((...........))))).)))))).((((((((......(((........)))........)))))))))))))))).)))).))...)))))))))).))))(((((((((((..((((((.(((((...........(((((.((......)).)))))(((..((((((.((((((((.(((..((((((............(((((((...((..........))...)))))))...((((..(((((((((...((...((.(((((((.(((....((((.(((.((......)).)))))))......))).))))...(((......))).((((((((..(((.(((.........)))...))).)).))))))(((((.((((((..((.......)))))))).....)))))))).))...))...)))))))))....))))((((.(((...))).)))).((((........)))).(((((....)))))........)))))).))).))))....(((....)))(((((((((((((((........(.((((.((((((((.((.((....)).)))))))))......).)))).)....)).)))))))))))))....((((((........((((((..(((((((........))))).))..))))))))))))......................)))).))))))..))).))))))))))).....(((........)))...(((.(((.(((((.(((..(((.....)))..))))))))))))))))))))))))).....(((((.(((.((((((((.(((............))))))))))).))).)))))..((((....)))))))))))))).))).)))))))))........((((((((.(((...........))).))))))))..........)))))......((((.(((.....((..(((..((((.((((((((..((.(((((((...(((....)))...)))....)))).))..)))).((((..((((.((((.(.((.......)).)))))..))))))))(((((.....))).)).)))))))).))))).....))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,(((((......)))}}..,,.,|((((((,...{{...{{((.{(,(((.(((((|{,{{((((((((((.,{((...((((.,....,,,{({({,,,{.|}.,|||,....},|,||},.,,,,,{,{{..,,.((((((.....)))))).......|||}|||}...,,,,|||{{{(((......))){(((((((((((((.....((((.{((.((((((..(((..{({{,.((((,(((((((...,.(((,.{{{,..,))},,}|||...(((((.(((((((((({{...(((((.....,...((((.......{(.((((((....)))))).}}....)))).....)))})..}....,)))}}|.}))))).))))),......}},((((((((...)))))))).....,,.....||.||||{{{|,||{|{{{{|,,|,,|||,,.,..(((((.....)))))..(((....))){(({.....{{{{{(.......{|,{||,,(((,,,...|||,,|}},||,.}|||}|,||}}.||||,|||,,,,,..}}))).))),))....}))||||{,|,,,,,,.,})))))),}}).},)))))}.....}})))))}||....,,))).)))))))))}))),....)))).......}))))))))}||))),((((.((((......((((((.((((((((((((((,......(((((({....((((..,(((((......))))))))).))))))).(((((((((((...........)))))},))))).{(((((((,{{,..(((........)))....}.,})))))))))))))))).)))).)),..)))))))))).))))(((((((((((..((((((.(((((.,,........{((((.((......)).)))))(((..((((((.((((((((.(((..((((({.........{{.(({{(((...((,,......,,||...}}}}}},..,}||||,,|{||||||...,,...,,...,((((.(((....((({{(((.((......)).)))))))......))).))))...{,{....,,|||.((.,(((((...((((({{........,|...{({{{|{||}|||{{,||,{(({{(,,{{..,....}.))}}))).)}})))}})))})))...)))})}}))))))),...,,.(((({((....}))})))).((((........)))).(((((....)))))........}))))).))).)))),...{{{....)}|(((((((((((((((...,....(.((((.{(((((({,((.((....)).)))))))))......}.)))).}.,..))}})))))))))))),...(((((({,,,....,((({{..((((,((.....,,.))))}.)),.})))})))))))....................,,)))).))))))..))).))))))))))),{({.{{{........}}}..,|((.(((.((({({(((..(((.....)))..))))))))))))}}))))))))))),,,}.(({{|.|{{,((((((((.{{{.,,.......,.))})))))))).))},))))).,|{{{....)))))))))))))).)).,|(((((((,,,......((((((((.{({....,,,...,))),)))))))).........(({,,,{{,,..((((((((((.(.{{,..((((((.....))))))..((.(((({((,..(((....}))...))),,,.)))).)).,))},))))))))))....,|.,))}..,,,,.}}..,))}..)))))))},))))}.))).||{|}.})))}.)).))},.,,,,,))...}}),